分稅製改革以後，預算外資金的規模可能要占GDP的20%，其中2/3以上屬於地方政府。城市財政主要靠出賣土地來籌集收入，越是發達地區，土地收入占當地財政收入的比重越高。1994年以後，土地出讓金不再上繳中央財政，且與土地相關的收費和土地轉讓收入既不用納入預算內，也不必納入預算外，於是便成為地方財政一項重要的非正式資源。周天勇估計，2006年全國各地土地出讓金加起來有7000億元左右，大部分沒有進入預算。與此同時，縣鄉財政隻有靠收費和罰款來維持運轉，越是不發達地區對個體、中小企業的收費和罰款就越嚴重，這些市場主體就越是感覺到負擔沉重，於是當地經濟就越蕭條。2006年，地方政府各部門所收的預算外收費和罰款估計高達12000億元左右。非稅收入的不正常增長，扭曲了地方政府的籌資行為，助長了腐敗現象，不利於正稅的培植和穩定增長。而且由於發達地區非稅收入的來源多、征收渠道多，非稅收入增長快；欠發達地區非稅收入的來源少、征收渠道單一，非稅收入較發達地區要少，在非稅收入占地方財政較大比重的情況下，就會使地區間財政能力的差距進一步擴大。
二、轉移支付製度不盡合理
從轉移支付的組成項目可以看出，稅收返還、體製性補助和結算補助，是財政體製改革後對地方既得利益的補償；隻有一般性轉移支付和專項轉移支付才是適應市場經濟要求的規範化的轉移支付。因此這套新舊體製折中的轉移支付體係弱化了均衡地區財力差異的作用，還存在諸多有待完善之處：
（一）製度的總體設計與公平目標相悖
科學、規範的轉移支付製度以公平為主要目標，以均衡地區間財政基本保障能力和公共服務水平為己任。然而我國現行的轉移支付中有40%—50%是稅收返還，如2000—2003年，稅收返還和所得稅基數返還占中央轉移支付總額的比重分別為50%、41%、49%和43%。這種以1994年分稅製改革前各地區的稅收情況為基數的轉移支付形式，等於把原財政包幹製中已有的地區經濟增長狀況和公共服務水平的差異帶入新體製中，起著逆均等化的效果，經濟發達的東部地區得到的稅收返還最多，其次是中部地區，西部地區最少。2004年全部稅收返還中，東部占56.9%，中西部分別為22.7%和20.4%。結算補助主要是中央對因財稅改革而遭受損失的地區進行補償，實施的結果是衝淡了財稅改革帶來的效益，並不能起到均衡財政資源地區差異的作用。財力性轉移支付可用於彌補欠發達地區提供公共服務能力的不足，但是它在轉移支付體係中所占比重太小，2003年隻占中央對地方轉移支付總額的20%，因而難以起到縮小地區差距的作用。
（二）製度設計過於複雜且穩定性差
世界上大多數國家的轉移支付製度就包括一般轉移支付和專項轉移支付兩種形式，並以嚴格按公式測算的一般轉移支付為主，簡潔而實用。我國的轉移支付形式繁多，一些轉移支付起因於推動中央特定政策的出台，如農村稅費改革轉移支付、調整工資轉移支付、社會保障轉移支付、退耕還林還草轉移支付等，由於中央近年來不斷出台新的宏觀政策，與之配套的轉移支付種類也就不斷增加，資金安排隨意性大，各種形式的轉移支付缺乏相互協調機製，有的重複計算，效果相互抵消，難以最大限度地發揮轉移支付資金的整體效益，也不符合轉移支付製度穩定、規範的設計原則。
（三）轉移支付結構不合理，一般轉移支付比重低
世界上絕大多數國家轉移支付製度的構成，都以一般性轉移支付為主，專項轉移支付為輔。一般性轉移支付不規定資金的具體用途，也不要求地方政府拿出相應的配套資金，賦予地方政府較大的自由度，在促進財政縱向平衡和橫向平衡方麵能發揮主要作用。專項轉移支付規定資金的用途，往往也規定了地方政府拿出一定比例的配套資金，它對提高全國性的某類公共服務水平更為有利。而我國現行的轉移支付主要以稅收返還和專項轉移支付為主，一般性轉移支付和體製補助、結算補助為輔。以2005年為例，稅收返還占轉移支付總額的33%，專項轉移支付占31%，一般性轉移支付隻占轉移支付總額的10%。我國的實際情況是，中西部很多地區財政收支十分困難，縣鄉財政赤字較大，連“吃飯財政”都難以保障，迫切需要相當於自有財力的一般性轉移支付，然而政府撥付給這些地區的卻是專項轉移支付遠多於一般性轉移支付，因而就出現了專項轉移支付很大一部分被挪作彌補預算缺口了。一般性轉移支付規模太小、比重太低，難以扭轉地區間財力差距擴大的趨勢，實現公共服務能力均等化的目標，充其量也就發揮扶貧的性質，緩解財政困難地區財政運行中的突出矛盾、保障機關事業單位職工工資發放和機構正常運轉等最基本的需要。