第二個階段是20世紀90年代後期以來，稅收製度為配合區域協調發展戰略的實施而做出了相應的調整。國家先後做出了西部大開發、振興東北、中部崛起等戰略部署，這些地區也享受到了一定的稅收優惠政策。如國家明確規定，中西部地區不僅可以享受自西部大開發戰略提出後東部地區所能享受的所有稅收優惠，而且可以根據中西部地區自身特點製定本地區專享的稅收優惠政策。於是，中西部很多省份紛紛出台了本省的稅收優惠政策，如寧夏回族自治區規定，對生產性外商投資企業自開始獲利年度起1—5年免征企業所得稅，第6—10年減半征收企業所得稅；貴州省規定外資企業自開始獲利年度起，第1—3年免征企業所得稅，第4—5年減半征收企業所得稅。國家還在東北地區率先開展了增值稅轉型試點。因而，稅收製度的區域公平性明顯增強。
第二節財政政策在調控區域發展中存在的問題
通過對區域經濟發展中財政政策實施情況的分析，我們發現財政政策在調控區域發展中存在一定的問題，即財政政策在總體上擴大了地區差距。當然，這與國家改革開放初期實施的沿海地區優先發展戰略有關，在這段期間財政政策呈現出向東部地區傾斜的特點，在提升東部地區整體經濟實力方麵發揮了重要作用。雖然在20世紀90年代中期以後，國家調整了區域發展戰略，開始重點支持中西部地區的發展，但原有政策的慣性仍然在起作用，如分稅製對既得利益的保留、東部沿海地區稅收優惠政策的延續等，除了政府投資政策的重點確實轉向了中西部地區之外（政府投資的人均占有量上西部多，但政府投資的總量是東部多），其他財政政策基本上還是有利於東部地區的，也就是說，財政政策的“轉向”是滯後的。具體來說，財政政策在促進區域經濟協調發展中存在以下問題：
一、分稅製財政體製有待完善
分稅製對規範政府間財政關係、建立多級財政體製以及保持收入穩定增長都產生了積極效應。然而這一體製過渡色彩比較濃重，在運行過程中出現了一些問題，最突出的有兩大問題：一是基層財政運行困難。分稅製後基層財政收入隨全國財政收入的快速增長而增長，但與此同時，縣鄉財政的債務負擔也在加重，赤字日漸增大，工資欠發普遍，縣鄉財政成為自給能力最弱的一級財政。據不完全統計，全國2470個縣級單位中，40%以上是赤字縣。截止2000年底，河北省累計欠發公教人員工資12.9億元，安徽省累計拖欠工資總額14.4億元。鄉級財政的日子更不好過，有人估計，鄉級財政赤字可達3259億。二是加劇了地區間的差距。第三章的分析結果顯示，我國自1995年以來，地區間財力的絕對差距和相對差距都在增大，人均財政收入的變異係數總體上呈增長之勢，且人均財政收入的變異係數大於人均GDP的變異係數，說明除了經濟增長水平的差異對地區差距造成影響之外，財政體製的逆向分配效應加劇了各地財力的不均衡。而基層財政困難也是加劇地區差距的因素之一，因為基層財政捉襟見肘，尤其是中西部落後地區基層財政問題更加嚴重，在轉移支付製度不規範的條件下，對轄區內公共服務的供給嚴重不足，使地區投資環境得不到改善，經濟發展缺乏基礎條件，從而會加劇地區間的發展差距。具體來說，分稅製在促進區域協調發展中存在的問題有：
（一）支出責任層層下移，加重了地方財政的支出負擔
1994年分稅製改革的主要目的之一是適當提高中央政府的財政集中度，因而比較注重財權的調整，而忽視了各級政府間事權的劃分。中央與地方的事權劃分缺乏明確的法律規定，憲法對各級政府間事權劃分隻是作了原則性規定，在一些具體事務上，中央政府與地方政府的職責權限並不清楚，尤其是在經濟性事務的劃分上更加模糊，事權錯位和重疊現象十分突出。目前隻有少數事權是比較明確的，如國防、外交和各級政權的運轉經費等，其他事權多是上下同構，下級政府承襲上級政府的事權，使得大部分事權交叉重疊。在這種情況下，上級政府很容易利用權力將屬於本級政府的事權推給下級政府去辦，出現所謂“上級請客，下級買單”的現象，於是事權被層層下移，地方政府尤其是基層政府的支出責任過重。據統計，我國近70%的公共支出發生在省和省以下政府，其中55%以上的支出發生在市、縣、鄉三級，尤其是縣鄉兩級財政擔負著相當沉重的支出責任。例如，全國範圍內的收入再分配應是中央政府的職責，但從資金的構成來看，中央財政所占的比重很低，地方財政占據了絕對份額。拿國家財政用於縮小地區差距的支援經濟不發達地區支出為例，2005年國家財政共支出195.42億元，其中中央財政隻出資3.41%，地方財政拿出96.59%的資金。按照國際慣例，中央政府和省級政府應該是教育和衛生支出的主要承擔者，但在我國這兩項區域外溢性較強的支出主要由縣鄉政府承擔了，2005年中央財政對教育事業費的投入隻占國家財政投入總額的6.16%，衛生事業費的中央投入比例更低，隻有2.05%。主要的社會保障支出落在地縣兩級政府上，計劃生育任務被更多地分配給縣鄉政府承擔。因此，縣、鄉兩級政府要負責提供義務教育、公共衛生、社會治安、環境保護、行政管理等多種地方公共產品，絕大部分財政供養人員要由縣鄉財政負擔（劉國光指出，縣鄉兩級財政供養人員占全國財政供養人員的64.7%，不含軍警），轄區內工業化、城鎮化過程中配套基礎設施的完善要由地方政府負責（即使對於發達地區這也是一項沉重的負擔），在“政績”的壓力下還要在一定程度上支持甚至幹預地方經濟發展，並且這些事權剛性較強，難以壓縮，縣鄉財政困境由此可見。