（二）財權與財力上收，削弱了地方財政的收入能力
在1994年分稅製改革中，為改變中央財政收入占財政總收入比重過低的局麵，中央政府大大提高了財政集中程度，這種做法符合分級財政體製的要求，然而地方政府紛紛效仿中央政府的做法，省、市級政府也都提高了本級政府的財政集中程度，財力層層向上集中，基層財政運行困難。地方財政收入占全國財政收入的比重由1993年分稅製之前的78%下降到1994年的44%；中央財政收入的比重則由1993年的22%上升到1994年的56%。同時省級政府的集中程度也在不斷加大，由1994年的16.8%提高到2000年的28.8%，年均提高2個百分點。中央政府主要通過以下兩個手段上收財權和財力：
1.增加共享稅種，提高中央分成比例。1994年分稅製改革時，將全部稅種劃分為中央固定收入、地方固定收入和中央與地方共享收入。當時共享稅隻有增值稅、資源稅和證券交易稅三種，占稅種總數的10%。近年來，中央根據分稅製運行情況和宏觀調控的需要，對收入劃分又作了一些調整，將共享稅種擴大到12個，共享稅收入占全國稅收的比重也由1994年的55%增加到2003年的70%左右，增加了15個百分點。同時，共享稅的分成比例也進行了調整，降低了地方分成比例。增值稅的分享比例一直沒變，地方分享25%。證券交易稅原定中央與地方各分享50%，後調整為中央分享97%，地方分享3%；2002年新增的企業所得稅和個人所得稅的收入分享，當年分享比例定為五五分成，2003年以後改為六四分成，並延續至今。營業稅雖名義上是地方稅種，實際上也是共享稅，在中央和各級政府之間共享。因此，收入穩定且數額較大的稅種不是被列為中央固定收入就是被列為共享收入，留給地方的多是稅源分散、征收難度大、零星小額的稅種，地方稅占全國稅收的比重不足20%。地方稅收體係中嚴重缺乏支撐各級政府收入持續穩定增長的主體稅種，對上級政府的轉移支付資金依賴性增強，地方收入的一半左右來自轉移支付資金，形成了“大轉移支付、小地方稅”的不合理格局。地方政府尤其是省以下政府財力匱乏，赤字不斷增大，造成財力與支出責任脫節，財權與事權不對稱。
2.稅權高度集中到中央。分稅製的核心是劃分中央與地方的權力邊界，為各級政府履行職能確立製度基礎，與之相比，收入的劃分（分稅）隻屬於從屬層次。然而我國的分稅製偏重收入的劃分，稅權卻高度集中在中央，與真正意義上的分稅製不符。我國稅收立法權和管理權幾乎全部控製在中央手裏，沒有給地方政府一定的設稅權、必要的稅種選擇權、稅基和稅率的調整權。省級財政所擁有的權限是：（1）選擇是否開征筵席稅和屠宰稅。筵席稅在絕大部分地區沒有開征，而屠宰稅於2000年以後已隨農村稅費改革被取消。（2）城鎮土地使用稅、車船使用稅、城市維護建設稅等地方稅實施細則的製定權與解釋權；（3）在中央規定的稅率幅度內確定本地具體稅率的權利；（4）在中央製定的稅收法規允許的範圍內確定本地增值稅、營業稅的起征點。因此，地方政府沒有任何實質上的稅收自主權。在我國區域差距如此之大的情況下，立法權的高度集中顯然不利於地方政府因地製宜安排收支活動、滿足地區經濟社會綜合發展的需要，逼迫地方政府向預算外、製度外尋求資金來源，擾亂正常的分配秩序。
（三）非稅收入增長差異拉大了地區間財力差距
分稅製改變了原財政包幹製下中央與地方的分配關係，把一些原來由地方支配的收入劃歸中央政府所有。在財政包幹製下，地方政府負責大部分財政收入的籌集工作，完成上繳中央的任務以後，其餘部分可以自行支配。而在分稅製下，一些重要稅種被劃為中央稅或共享稅，地方稅所剩無幾。在巨大的支出壓力下，地方政府為了彌補財政收支缺口，不得不向稅收以外的途徑，甚至預算外、製度外的途徑去尋求資金來源。一時間預算外收入迅速膨脹，甚至出現“費大於稅”的局麵。非稅收入的迅速膨脹，成為地方財政增收的重點。