但袁世凱並非盲目信賴西方教官的人。為了控製軍中的西方教官，袁世凱跟他們簽訂有期限的雇傭合同。《紐約時報》刊登的一篇文章中曾有這麼一段對話：
“當你發現那些家夥不能勝任時，你怎麼做？”有人問袁世凱。
“發給他們工資。”一個諷刺性的的回答。
1901年11月7日，李鴻章去世當日，上諭“山東巡撫袁世凱署直隸總督兼北洋大臣，電飭迅速赴任”。袁世凱時年42歲。到任兩個月後，又受命“督辦關內外鐵路事宜”，並“參預政務處”。1902年又授“督辦商務大臣”、“督辦電務大臣”。這些重要職務使袁世凱迅速建立起了一個強大的政治集團。
1903年12月4日，光緒帝給內閣下發的一道上諭，讓袁世凱手中的實權更為強大。這道上諭說：
前因各直省軍製、操法、器械未能一律，疊經降旨，飭下各督撫，認真講求訓練，以期劃一。乃曆時既久，尚少成效。必須於京師特設總彙之處，隨時考察督練，以期整齊而重戎政。著派慶親王奕劻總理練兵事務。袁世凱近在北洋，著派充會辦練兵大臣。並著鐵良襄同辦理。該王大臣等受恩深重，務當任勞任怨，認真籌辦，以副朝廷力圖自強之至意。
兩天之後，《紐約時報》發表一篇文章寫道：“曾有報道說，尚武情緒在中國朝廷蔓延，對袁世凱的任命似乎支持了這一觀點。在所有高級官員中，袁世凱可能是這個職位的最佳人選。他已經證明，他不僅與很多其他清朝官員一樣有著進步的思想，他還擁有西方人一樣的執行這些思想的精力。”
但這篇文章同樣質疑袁世凱的政治立場。文章寫道：“作為一位政治家，袁因多變而備受指責。或者用更直白的話說，是不守信用，甚或是背叛。在年輕的皇帝將其信任壓在他的肩上之後，袁倒向了保守派那一邊。作為皇帝的寵臣，他又成為了慈禧太後的寵臣。在中國的外國人直到今天還把他叫做‘叛徒’（The Traitor）。”
帝王之學的要義之一是，要使臣下互相製衡，這種平衡一旦失去，就意味著皇權麵臨危險。隨著袁世凱勢力日大，在慈禧聽政的最後一兩年，已開始對他進行約束。而深諳帝王之術的袁世凱也自動放棄了一些兵權，以及類似郵傳大臣、商務大臣等職務，專任軍機大臣和外務部尚書。
1908年11月，光緒及慈禧太後相繼去世之後，不到3歲的溥儀登基為帝，其父載灃攝政。對於這個新生政權來說，袁世凱龐大的勢力不得不防。而袁世凱羽翼早成，無意爭一日之短長，樂得旁觀複雜之政局，於是以“足疾”請求回老家養病。1909年1月2日，攝政王通過幼帝給內閣下發一道上諭：
軍機大臣、外務部尚書袁世凱，夙承先朝屢加擢用，朕禦極後，複予懋賞，正以其才可用，俾效馳驅，不意袁世凱現患足疾，步履維艱，難勝職任。袁世凱著即開缺，回籍養屙，以示體恤之至意。
袁世凱在河南老家休養了兩年有餘。他再度出山之時，大清王朝的末日已進入倒計時。