任何一個人都不能否認，奧朗則布對他的宗教信仰是絕對誠心誠意的。但是他的虔誠卻讓他忘記了這樣一個事實，在他的帝國中，生活著的居民並不是完全一樣的，自古到今，大家都有著各種不同的宗教傳統。你想要治理好自己的國家，那就一定需要同情心和寬容心，你絕不能讓所有的人都千篇一律地跟著你而拋棄自己的信仰。
聰明的奧朗則布糊塗地把國家利益與他本人的宗教信仰等同起來，把與他的宗教信仰不同的人都給得罪了。他的政策在許多臣民中引起了不滿，這也成為莫臥兒帝國衰落和崩潰的原因之一，換句話說，這位政治強人損壞了他的祖先好不容易培養起來的帝國根基。
賈特人、本德拉人和薩特納姆人的反抗
後來，莫臥兒王朝各地發生的反抗活動就多了起來。在馬土臘地區，賈特人進行了反對奧朗則布的暴動，起因是他們認為，當地的王朝軍事長官阿卜杜勒·納比的統治太殘酷，這種壓迫讓他們再也無法忍受了。1669年，賈特農民們在他們的領袖戈克拉領導下起義了。起義的民眾殺死了阿卜杜勒·納比，由於沒有了首腦馬土臘地區就陷入到了混亂之中，這種混亂狀態長達一年之久，直到奧朗則布派出的新任長官哈桑·阿利汗到來。哈桑·阿利汗來了，他還帶來了一支強大的帝國軍隊。
哈桑·阿利汗帶著奧朗則布給予的任務，命令軍隊向起義的民眾發動攻擊，直到把起義鎮壓下去為止。最後起義領袖戈克拉被處死了，他的家族成員們則被強迫改宗伊斯蘭教，如果不信仰伊斯蘭教那就隻有去死。這可真夠殘酷的，但即使這樣也沒有壓服賈特人。1685年，他們在羅闍拉姆的領導下又起義了，再次向帝國軍隊發起進攻，這些反抗者把平日裏積累起來的怒火都發泄在莫臥兒王朝官員的身上，還在1688年劫掠了位於錫坎達拉的阿克巴陵，在多年之後奧朗則布竟然無法讓他的祖先安靜地休息。
震怒的奧朗則布立即加派軍隊，向叛亂者進行反擊，在戰鬥中羅闍拉姆戰敗被殺了。在1691年，賈特人的反抗堡壘也被帝國軍隊攻陷了。但是，賈特人不久就又找到了一個更加強硬的領袖朱拉曼。朱拉曼把被打散的賈特人再次結合成為強大的軍事力量，把武裝抵抗持續下去。
對奧朗則布的另一個武裝反抗力量，是本德拉的王公查特拉薩爾率領的。在奧朗則布剛剛登基時，查特拉薩爾的父親查姆帕特·拉伊就曾經率領他的武裝進行反抗，但在奧朗則布的打擊下兵敗自殺。後來查特拉薩爾在德幹地區，看到了那裏希瓦吉領導的反抗活動，他就在1671年，利用本德爾汗德和馬爾瓦地區印度教民眾的不滿情緒，組織了起義武裝，他宣稱維護民眾們的宗教信仰和本德拉人的自由。查特拉薩爾在戰鬥中幾次戰勝了莫臥兒軍隊，並且成功地在馬爾瓦東部創建了自己的國家，他的國家把潘納作為首都。
薩特納姆人的反抗是1672年3月爆發的，薩特納姆人本是印度教中一個與世無爭的宗派，他們的中心在納爾諾爾和梅瓦特地區。他們的自律性很強，由於十分在意自己的名聲，他們隻準許通過合法的職業獲得財富。這些老實人也不是任人欺負的，薩特納姆人起義的直接原因，就是一個莫臥兒軍隊的步兵殺害了他們的居民。老實人被逼急了也會造反，他們就起兵打跑了莫臥兒軍人，占領了納爾諾爾。
作為皇帝，奧朗則布也被帝國各處的造反給逼急了。當他得知納爾諾爾的形勢也變得嚴重時，就命令他最信任的將領，率領軍隊馬上前往鎮壓。在奧朗則布的嚴格命令下，一支帝國大軍立即出發了，到達之後，就對這些沒有經過訓練的薩特納姆農民進行瘋狂的進攻，很輕易地就擊敗了起義者。在清剿中，能夠逃脫的人很少，甚至可以說，經過殘酷的鎮壓，在那塊土地上再也沒有薩特納姆人了。
阿克巴王子與拉其普特人
賈特人、本德拉人和薩特納姆人的反抗規模並不算大，因為大的還在後麵，而且更難對付。
奧朗則布沒有認識到，以前曾經對莫臥兒帝國的發展進程產生過巨大影響的拉其普特人，現在仍然可以在印度呼風喚雨。因此他在決定對拉其普特人開戰之時，考慮得並不周全。
征服馬爾瓦爾，這是奧朗則布考慮很久的一個想法。馬爾瓦爾是控製從德裏通往西部地區和港口的交通要地，因此在戰略上占著非常重要的地位。此外，這個軍事上比較強大的土邦，其首領就是從前達拉·舒科王子的部下賈斯萬特·辛格將軍。奧朗則布懷疑賈斯萬特·辛格會在某一個時候，站出來反對他。
現在，奧朗則布有了解決馬爾瓦爾的好機會，賈斯萬特·辛格於1678年12月10日，在賈姆魯德去世了。聽到這個消息，他馬上就想到實施徹底占領馬爾瓦爾的計劃。他就指派官員到馬爾瓦爾去出任行政長官，把那裏直接置於中央王朝的統治下。
當時馬爾瓦爾的拉其普特拉托爾部族，由於首領的去世而陷於一片混亂中。1679年5月，納戈爾的酋長、賈斯萬特的侄孫因陀羅·辛格·拉托爾，想借此時機當上馬爾瓦爾的首領，他就向奧朗則布上繳了360萬盧比的“繼承費”，收到錢之後奧朗則布就承認了對方的首領地位。但是，卻在他的周圍安排了好多莫臥兒官員，把他變成了一個掛名的統治者，實際權力還是操縱在奧朗則布的手中。
馬爾瓦爾任何一個拉其普特人都不滿意這個結果，他們不想要一個莫臥兒人操縱的傀儡作為自己的首領，就向德裏提出了一個要求，請準許賈斯萬特的遺腹子，1679年2月在拉合爾出生的阿吉特·辛格為已故首領的繼承人。拉其普特人提出的這個要求並不過分，奧朗則布找不到一個合適的理由拒絕，但卻提出了一個要求，就是阿吉特必須得改宗信仰穆斯林。這個要求嚴重地傷害了拉其普特人的感情，他們發誓絕不接受這條件，並且在部族中找到了一個新的首領，帶領著大家一起抗爭。這個人名為杜爾加達斯，他是賈斯萬特手下將領阿斯卡蘭的兒子。
杜爾加達斯非常忠於拉其普特人的事業，被看做是部族曆史上一個相當重要的人物。
奧朗則布聽說拉其普特人不接受他的要求，就決定抓住賈斯萬特的兒子阿吉特。他派去捉拿的官兵與護衛孩子的拉其普特人發生了衝突，在一片混亂之中，杜爾加達斯帶著阿吉特騎馬逃走，莫臥兒軍隊則在後麵緊緊追趕，他們不想放過這個將來可能成為王朝對手的孩子。杜爾加達斯跑了不遠，就被追兵趕上了，情況十分危急。好在一位拉其普特將軍蘭喬爾達斯·焦達率領的一小隊士兵及時趕來，阻擋住追兵，因此杜爾加達斯得以把阿吉特帶回喬德普爾。
雖然阿吉特被救走了，但奧朗則布判斷拉其普特人那裏還是處於混亂之中，仍然是徹底消滅對手的好時候。他就馬上從各省征召來大量的部隊，分別交給穆阿紮姆、阿紮姆和阿克巴這三個王子指揮。然後，他又在1679年8月，親自指揮攻占了喬德普爾。
莫臥兒軍隊的大規模行動雖然打擊了馬爾瓦爾的反抗者，但也極大地引起了梅瓦爾地區西索迪阿人的不安，他們與危急中的馬爾瓦爾地區拉托爾人都屬於拉其普特家庭，梅瓦爾的拉那·拉傑·辛格還是馬爾瓦爾阿吉特·辛格的親戚。事實擺在那裏，如果馬爾瓦爾被莫臥兒人兼並了，梅瓦爾就有可能被莫臥兒人順藤摸瓜，一同征服。就這樣，拉托爾人與西索迪阿人共同抗擊奧朗則布的聯盟建立起來了。
對於二者的聯合，奧朗則布並不害怕，一隻羊是趕，兩隻羊也是趕，他立即發兵攻入梅瓦爾。
梅瓦爾的統率拉那並不懼怕莫臥兒軍隊，但他並不想和具有優勢兵力的敵人直接麵對麵較量，他想保存力量待機而動，因此就放棄了梅瓦爾，帶著他的部族退入了深山。輕而易舉地占領了梅瓦爾，這本來就是奧朗則布意料之中的事，完成了戰事之後，他就離開這裏到阿傑米爾去了，臨走時安排阿克巴王子率領他的軍隊留在奇托爾。
奧朗則布走後，拉其普特人就又回來了，他們還是不願意與帝國軍隊正麵較量，而是利用遊擊戰來消耗敵人，不停地襲擊莫臥兒人的外圍部隊，以致強大的帝國軍隊雖然人數多，裝備好，卻陷於被動之中，在這種情況下，許多將領都以種種借口放棄承擔軍隊的指揮權。
看來，平時趾高氣揚的帝國將軍們是真的害怕了，他們被神出鬼沒的拉其普特人給打得沒了脾氣。在勝利的鼓勵下，拉其普特人的動靜也是越來越大，1680年5月，他們突然集中兵力，襲擊了阿克巴王子所統率的莫臥兒軍隊，不僅進一步打擊了阿克巴王子的信心，還搶走了軍隊的大部分給養。奧朗則布對這次失利非常不滿，一支虎狼之師竟然給欺負成這樣，他認為阿克巴王子要對這次失敗負主要的責任，於是把奇托爾地區軍隊的指揮權交給了阿紮姆王子，把阿克巴王子派往馬爾瓦爾地區。
對於奧朗則布的處理，阿克巴王子感到很懊惱，加上從前就對奧朗則布不滿，他就動了一個極為大膽的想法。他的想法是與拉其普特人結成聯盟對付奧朗則布，奪取王位，然後按他自己的想法來治理這個國家。
阿克巴王子是在與拉其普特人打仗期間，認識到了對手的長處，他非常佩服拉其普特人的毅力和勇氣。在與拉其普特酋長們接觸之後，他更加喜歡這些人，並且願意把對方當成共命運的夥伴。拉其普特人也開誠布公，指出了奧朗則布所推行的政策實際是破壞了莫臥兒帝國的穩定，他們希望把阿克巴王子扶上德裏的寶座，並承諾用拉其普特人之中最強大的兩個部族西索邊阿人和拉托爾人的全部力量來支持阿克巴王子的計劃。
阿克巴王子和拉其普特人都是出於真心，都想把奧朗則布拉下馬。於是就兵合一處，在1681年1月15日，組織起一支大約7萬人的部隊，由阿克巴王子率領直接殺到阿傑米爾。這樣一來奧朗則布的處境就十分危急了，因為忠於他的軍隊都駐紮在奇托爾和拉傑薩穆雷拉湖地區。如果阿克巴王子能夠利用這個時機，迅速進攻，就很有可能抓住奧朗則布。但是上天沒有把好運交給他，就在他按部就班地進行戰鬥部署時，奧朗則布已經作好了準備。
奧朗則布畢竟比阿克巴王子老辣，他對自己調教出來的兒子是非常了解的。他首先寫了一封名義上是給阿克巴王子的信，然後沒法使這封信落到拉其普特人的手中。對了，奧朗則布是在使用離間計，他用這樣的方法，成功地使拉其普特人認為阿克巴這位莫臥兒王子正在欺騙他們。
奧朗則布成功了，拉其普特首領們懷疑阿克巴背信棄義，就拋棄了他，率領自己的軍隊迅速離開了戰場，而阿克巴王子得知情況後，已經無法控製局勢。他的父親不隻是寫了一封離間信，還對他手下的將軍們做了工作，使他們不再跟隨阿克巴王子造反。老辣的奧朗則布運籌帷幄，化解了阿克巴王子的進攻，失勢的王子就隻好跟著拉其普特人一同逃脫了。
還好，不久後拉其普特人就發現了騙局，杜爾加達斯相信王子是無辜的，並沒有欺騙他們。因此就繼續與阿克巴王子站到一起，即便王子已經失敗也不放棄支持他。
為了不使王子遭到奧朗則布的報複，杜爾加達斯就把他護送到馬拉塔國王沙姆布吉那裏。但是馬拉塔人已經沒有了希瓦吉那樣的領袖，希瓦吉的繼承者目光短淺，不能為阿克巴提供任何真正的幫助，阿克巴王子想要建立“印度教徒和穆斯林友好共處國家”的夢想，在這裏也找不到有力的支持。大約在六年之後，這個失意的王子就到波斯流亡去了，1704年，他在波斯去世。
阿克巴王子組織的叛亂雖然沒有成功，但卻給梅瓦爾等地的拉其普特人很大的幫助，給奧朗則布帶來的麻煩也是相當的大，他需要花費好多精力去消除後果，受此影響，對拉其普特人的戰爭也不可能像先前預期的那樣順利。