沈陽故宮創建三百年來，經曆了清入關前和入關後兩個曆史時期，到清末留存建築為一百三十餘座，但其中有些建築因多年失修，毀壞程度很嚴重。以後成立的博物館，為管理和開放需要，對大部分建築不斷進行保養和維修，使之避免了更大範圍的損壞。沈陽解放前後，少數坍塌建築被拆除，又於不同年代增建了一些近現代建築，近年來對個別單體建築有所複建，於清末遺留下來的建築群狀況有所變化。
第一節 新增管理、服務建築
斯文門 民國十六年（1927年）建，位於西路圍牆西南角處，為黃琉璃懸山式建築，麵闊一間，進深四檁，簷下檁枋繪蘇式彩畫，裝有鳳穿牡丹紋飾金漆雀替，中柱間辟門兩扇，與前後簷柱均髹紅漆。
水泥庫和文溯閣西值房 1935年奉天圖書館為保管枟四庫全書枠，在文溯閣前西側重建新庫。其為二層中西合璧式建築，坐北朝南，鋼筋混凝土結構，硬山式屋頂上覆以綠琉璃瓦，東山牆開有鐵皮包門，南北牆麵安置百葉窗十六扇，以便通風。稱之為“水泥庫”。1937年建成後，將文溯閣內枟四庫全書枠和枟欽定古今圖書集成枠全部移入貯存。解放後，沈陽故宮博物館（院）曾做文物庫房使用。與水泥庫同時修建的還有位於文溯閣西側的值房，該建築為卷棚硬山式，坐西麵東，麵闊三間，綠琉璃頂，簷下檁枋柱及門窗飾綠漆，房後西南角，由地麵起附建有方形煙囪。時為圖書庫管理人員值班處。
東、西掖門 原址為隨牆門。20世紀80年代末拆除後改建為琉璃宮門形式，並根據其位置命名。
博物館舊辦公樓 20世紀20年代，在南院原候朝區域被東北長途電話局占用期間修建。磚混結構，二層，為仿古建築。位於大清門南部正中，屋頂類似歇山式，門前出廊，木構屋架，望板之上鋪瀝青油氈防水，門窗簷柱飾紅色塗料。1988年由沈陽故宮博物院收回並加以修繕，現為辦公用房。
博物館新辦公樓 1996年沈陽故宮博物院在南院東朝房和東朝樓南側新建的一棟現代式辦公樓。該建築為三層，磚混結構，平頂，房簷周圍貼黑色筒瓦，建築門窗均為鋁合金材料製，樓門外設有單層卷式雨棚，樓北側另建有二層設備房一棟，總麵積1166.25平方米。
除此之外，還有東路西五亭後值房及南側服務用房、後苑遊廊、景亭、後宰門，南院辦公樓前東、西二處廊房，以及東、西大門、售票房等仿古建築，也屬近數十年內增建。
文物庫房 沈陽故宮博物院於2001年至2003年，在轎馬場西側修建的一座內部設施現代化的文物庫房。建築麵積2404.8平方米，其中地下麵積1750.7平方米，地麵建築為硬山式，鋼筋混凝土框架，剪力牆結構。屋麵布板瓦，石柱礎、階條、踏跺，台明以方磚十字拚鋪。廊間各構件，如柱檁、枋椽、雀替等彩畫，門窗簷柱為紅油飾。
第二節 殘毀古建築的拆除和複建
轉角樓 位於中路西側、西七間樓之南。始建於清太宗天聰年間（1627~1635年）。初為十一間硬山式樓閣建築，原為存儲宮內雜物之所，民國時期已嚴重倒壞，隻剩間架四間、破碎山牆二道。1947年，籌備沈陽博物院進行館址修繕時，將其拆除。建國後又將其基址加以清理，於其地新建管理用平房。
民國時期與轉角樓同時拆除的建築，還有繼思齋前東、西值房各三間、東所頭進院東、西值房各三間、嘉蔭堂東、西牆外配房各三間、扮戲房南值房三座十七間、清寧宮後碾房三間、磨房三間、倉房二十八間、井亭一座、迪光殿西配殿三間，以及中路與西路間更道內北側的值房、圍牆數處。這些建築大部分是乾隆時期所建，或為皇帝東巡盛京時隨行人員守值之所，或為平日用以存放宮中雜物等用。雖非宮內主要宮殿，但如此大批量的拆除，不僅破壞了各組建築的布置格局，也使沈陽故宮建築群的整體麵貌受到一定的影響。
井亭 位於盛京太廟後牆東北角，其內之“八寶琉璃井”是當年盛京皇宮內唯一生活飲水用井，後廢毀，1987年在原址上參照同類建築複建。井亭呈四角形，頂用黃琉璃瓦加綠剪邊，麵闊進深均一間，內頂部開有小天井。
碾房、磨房、倉房 重建於清乾隆十一年至十三年。清末民初陸續毀壞拆除。1987年參照相關資料及原建築基址複建。東為碾房，西為磨房，均為麵闊三間的硬山式建築，明間置四扇門，倉房為東西兩棟，各為十一間，前後出廊，青布瓦頂卷棚硬山式建築，倉房僅複建南半部。
文德坊、武功坊 位於大清門外東、西兩側，建於崇德二年（1637年），是盛京皇宮標誌性建築。1974年因故宮門前改為無軌電車路線，由市政建設部門將兩座牌樓拆除，遷至北陵公園，1986年又遷回故宮原址按原狀安置。
五龍影壁 位於大清門南候朝區中軸線南端正中。建於乾隆十一年至十三年，與東西牌樓構成宮門前庭建築格局。1925年為在北側建造新樓，將其上半部拆除。2000年由沈陽故宮博物院對其基址部分進行清理，歸複原位。
戲台、遊廊 位於西路嘉蔭堂前東西兩側，乾隆四十六年至四十八年建成。20世紀二三十年代，這裏被用作奉天教育會會所並改建禮堂，對原建築有所改變。1969年因準備泥塑枟收租院枠展覽，又對建築結構有所改動。1986年參照北京故宮同類建築對戲台做了複原維修，2005年又將兩側建築恢複曆史原貌。
朝房、朝樓 自上世紀20年代起被東北無線電收發報台及電話局等單位占用。1988年經市政府批準收回，參照建築狀況和有關曆史記載重加修繕，成為博物館管理用房。
第三節 博物館陳列室及庫房
自東三省博物館時起，即在沈陽故宮內舉辦陳列對外開放。受各種條件的限製，當時僅設有崇政殿等七個陳列室，之後及奉天故宮博物館階段，在此前基礎上又有所增加，但數年中隻有中路一線開放。及至國立沈陽博物院時期，東、西兩路劃歸為博物館所有，始於東路增辟展廳。解放後成立的沈陽故宮博物館，初設陳列展室十處，後增至十三處，並從20世紀50年代起，經常於西路戲台等處舉辦臨時展覽和特展。但開放麵積仍很有限，觀瞻者無不為之遺憾。進入80年代後，這種現狀已不能滿足日益發展的博物館事業和旅遊業的需要。為了向觀眾充分展示沈陽故宮皇家宮殿的整體麵貌和提供更多陳列，進一步發揮博物館的社會功能，從1985年起，沈陽故宮博物館進行了連續三年的文物開發工程，以打開禁止觀覽地，向遊人開放。其間，先後完成西路文溯閣、中路繼思齋、太廟等部分宮殿維修項目，收回並開放被借占的轎馬場，複建了後苑，重建有倉房、碾房，恢複了通開向清寧宮東側的窨道。開發展區23140平方米，不僅恢複和重建了一些原有建築，又使多年來被列為待修的古建築及時得到保護和修繕，從而擴大了開放空間，為舉辦更多展覽提供了可行條件。三年中，博物館新開辟陳列室十一個，太廟、戲台、文溯閣、繼思齋、頤和殿、介祉宮等，於整修後以原狀陳列形式開放。至2003年又於申報世界文化遺產期間，對封閉多年的仰熙齋、九間房、敬典閣等庫房區古代建築進行修繕，新開辟展室十處，至此，沈陽故宮共有陳列展室三十餘處，與此前博物館曆史上最多的1959年時相比增加十七個，遊覽區麵積由50%擴大到95%，基本達到全方位開放。
在此次大規模擴大展區之前，沈陽故宮各處建築除博物館用做舉辦基本陳列展室之外，其餘建築大部分被用做文物藏品庫房或行政、服務設施用房。在從未開放的西路北部集中形成以文溯閣為中心的庫房區域，除水泥庫一級品庫房外，分別為文溯閣書庫，九間殿院藏明清家具庫，仰熙齋明清瓷器庫，其配房建築用作資料庫等。此外，另有位於中路東所的敬典閣為清宮武備儀仗庫房；西所崇謨閣為文物雜項庫房；霞綺樓為清宮繡品庫房等。其通風、溫度、幹濕度、紫外線強度及防火、防盜條件，均達不到國家有關文物庫房規定的標準和遺產保護規則的要求，而且嚴重影響著展區的全麵開放。為開辟陳列展廳的需要，改善文物貯藏環境，使其能夠得到更好的保護和長期利用，經國家文物局和地方政府批準，沈陽故宮博物院從2000年開始，在轎馬場院內西側新建文物庫房。地上一層為仿清建築，地下二、三層為設施現代化的庫房，經國家公安部、衛生局、人防質量監督站、消防檢驗所等檢測驗收合格，於2004年正式投入使用，各處館藏文物全部移入新庫，使之得到了更為安全、妥善、科學的管理和保護，禁閉的庫房區域也因此成為遊覽區，或被開辟為陳列展廳陸續開放。
為使世人了解沈陽故宮在實現從皇宮到博物館轉變中的曆史麵貌，充分闡述博物館的社會功能和八十年來發展變化的全過程，下麵根據有關資料記載，將博物館建立以來，開放區域各處建築的使用情況，分述說明：
大政殿 1947年遼寧省民眾教育館管理期間開放，曾用作“中山堂”，陳列孫中山遺像等，1950年故宮陳列所在此首次舉辦清宮曆史文物陳列，自1953年後為清宮史跡原狀陳列。
十王亭 1947年作為東北各地鄉土展室與大政殿同時開放。從1959年後，用做清代兵器陳列及清代鹵簿儀仗陳列，1995年於左右翼王亭內改設清初史跡原狀陳列，其餘八亭陳列清朝兵器和禦用武備。
鑾駕庫 早期用作庫房，自1966年辟為陳列室，用來舉辦臨時展覽。之後曾作過供觀眾娛樂的遊藝廳和古建庫房，1986年後成為比較固定的臨時展覽場地。
太廟 偽滿時期為奉天陵廟承辦事務處辦公地點。1947 年博物館收回。1955年以後曾用作博物館裱畫室、考古隊庫房、圖書資料閱覽室等。1986年於重點維修後，正殿及東西配殿以原狀陳列形式首次開放。
大清門 1931年在此舉辦清宮藝術品展，後為臨時展覽場地及博物館會議室及經營用房等，1986年為開放需要改作觀眾出入口。
崇政殿 為博物館建立後最早一批開辟的陳列展室之一。早期多為清代禦容禦璽及寶座、鑾駕儀物等曆史文物綜合陳列，自1949年始做清宮史跡原狀陳列，之後不斷充實調整，保留至今。
翔鳳閣 1931年辟為展廳，曾舉辦清宮舊藏殿版圖書等展覽及短期專題文物展，1952年以後用作庫房，1986年辟為清代樂器專題陳列室。
飛龍閣 1947年10月辟為當代書畫展展廳，後用作庫房。1959年後用做清代樂器專題陳列館。
霞綺樓、日華樓 自博物館建立從未開放。霞綺樓自20世紀70年代至2003年，用為博物館織繡藏品庫房。日華樓用為博物館行政庫房。
師善齋 1931年辟為展室後，先後用作古碑、墓誌、磚額、銅器等綜合性展覽，以及清代漆器、清代服飾、家具陳設及臨時展覽等陳列室。
協中齋 1929年展出禦用瓷器展覽，後作為館藏琺琅、家具陳設等文物專題陳列室，20世紀90年代後用作臨時展覽陳列室。
鳳凰樓 自1931年開放，曾階段性舉辦過古代建築模型、清代鍾表、清代帝後畫像等陳列展覽。
清寧宮 1928年開辟為陳列室，用做館藏清代薩滿祭祀用具展覽，以及與祭祀有關的樂器、圖書文獻、佛經佛像等綜合性展覽，1953年後基本固定為清宮祭祀和帝後寢宮原狀陳列。
關雎、麟趾、衍慶、永福四宮 1928年博物館初建時辟為陳列室，展出曆代帝後畫像、清代帝後禦容禦璽類館藏曆史文物，及清宮樂器、禦用武備、清宮雜品、門神對聯等宮廷遺物。國立沈陽博物院曾於四宮中分別舉辦清代家具陳設、清代銅器、曆代陶瓷、清代樂器陳列。故宮陳列所時期，又在上述四宮舉辦萬曆至順治、康熙至雍正、乾隆、嘉慶至宣統時期綜合藝術陳列。1959年之後調整為瓷器、織繡、繪畫、雕刻專題藝術展。1996年全部改為清宮史跡原狀陳列室。
西配宮 原用作庫房和管理用房。1979年辟為陳列室，舉辦館藏清代琺琅器展覽，之後不斷更換展覽內容，舉辦諸如滿族風情展、滿族姓氏展、沈陽故宮建築藝術展等專題陳列並常年開放。
東配宮 原用作庫房和管理用房，與西配宮同時期開放，展出館藏清代漆器。1997年後於此舉辦清入關前都城變遷展等。
頤和殿、介祉宮 博物館建立前後為奉天省法學研究會等單位長期借用，後將其收回。1955年辟為清代綜合藝術陳列展室，1957 年在此舉辦清代繪畫陳列，1984年舉辦館藏珍貴文物特展，1985年舉辦了清代服飾與繪畫特展，1986年後為清宮史跡原狀陳列室。