於髯公始終是站在孫中山三大政策的立場上，為重慶和談而奔走呼號，終未能如願。重慶輿論界都支持於老。於右任是新聞界的老前輩，其書法又超人一等。當時重慶有 10多家日報，由他寫報頭的就有《新華日報》（中共機關報）、《國民公報》（民間報紙）、《新蜀報》（民間報紙）、《和平日報》（國民黨軍報）、《中國論壇報》等五家之多。
於右任在陪都時期，擬在重慶辦一所平民中學以紀念他父親。此事被他在上海大學時的學生川東嶽池人詹正聖、李楚才得知。詹對於說重慶的學校夠多了，嶽池卻需要個中學，何況辦學是為紀念老人家（於的父親），辦到嶽池最適當。於一聽立即同意，且定校名為嶽池縣新三中學，於的父親叫於新三。於右任自任董事長，聘當地民主人士柏被濃為副董事長，校長由詹推薦嶽池教育界名流何靈雅擔任，詹為副校長實際負責（後任正職）。先以嶽池城內萬裏街舊農會暫作校址，縣政府見這個學校來頭大，便同意先拆縣東門外原雁塔書院和西門外甘佛寺作新校址。新校修建教室、宿舍和禮堂。1943年又增設高中部，發展為完中。
新三中學的口號是“隻要讚成愛國，積極抗日，願為抗日民主教育事業服務並有一定教育能力的，都歡迎來校教學”。因此教學質量較高，學生成績好，日益得到社會的好評和家長的信任。學生由開辦時的 60人，經 5年時間就增至 1000多人。
由於教員中有不少思想進步的，還有中共黨員和民盟成員，因此為國民黨縣黨部所不容，曾多次發動攻擊，向川省教育廳告發。於是，校長詹正聖，教務主任、訓導主任張澤厚、黃玉及，副校長周奐若等人被逮捕。於右任聞訊，立即設法釋放。在於老這把大保護傘下，CC也莫可奈何。為了辦學，於老除拿出自己的積蓄外，還向重慶的大戶募捐集資。還請在重慶的陝西幫銀行家美豐銀行代表加入董事會，從經濟上保證學校正常行課；還請他的好友，時任四川省府秘書長的李伯申（巴縣人）當董事。
1948年，轟動一時的“嶽武起義”驚動了成渝兩地，國民黨部派人至嶽池。來人中有省參議會副會長何宗傑（CC派，嶽池人），他回到成都說 “新三中是共產黨大本營”，不久新三中被 CC接管，因早有準備，故原校有關人員均安全撤退轉移。解放後，人民政府將縣中和新三中合並，並請詹正聖整理接辦，後出任副校長。
於右任於南京解放前夕被國民黨迫使去了台北，仍當監察院長，一共幹了 30年，是國民黨政府五院中擔任院長最久的一人。1964年 11月 10日病逝於台北榮院，享年 86歲。