光武帝劉秀格外崇信讖緯，甚至正式“宣布圖讖於天下”，確定圖讖的法定經典地位。讖緯的地位，從某種意義而言，甚至超過了經書。“白虎觀會議”對董仲舒以來儒學神秘主義哲學的總結，使得陰陽五行思想和讖緯之學的係統內容與今文經學融合為一體。
王充與《論衡》
當讖緯神學泛濫之時，也有少數學者對之進行批判，反對神學迷信，反對虛妄邪說。其中最著名的學者，莫過於王充。王充（27～約97），字仲任，會稽上虞（今浙江上虞）人。他自幼聰穎好學，後到太學學習，師從著名學者班彪。據說他經常到書肆中閱讀所賣之書，得以博通百家之言。他曾做過幾任小官，後來離職還家，閉門潛思，著書立說，寫作《論衡》一書。王充以批判的眼光對漢代及此前的學說、觀點加以衡量，評論是非，銓定輕重，批判讖緯神學。他自稱其思想違背儒家學說，符合黃老之義。他對自然作了唯物論的解釋：他吸收道家“自然無為”的思想，在繼承前人“元氣”的基礎上提出了元氣自然論。他認為天與地都是客觀存在的物質實體，元氣是構成天地實體和自然界萬物的最初物質元素。他指斥新儒學家“天人感應”學說是虛妄的，因為天道自然無為，如果譴責人，則是有為，顯然是非自然的了。他認為精神依存於形體，鬼神迷信是愚妄的欺騙。他在書中，甚至對儒家經典也敢於大膽提出質疑。他反對迷信聖人，反對崇拜偶像，在當時被斥為“妖變”。他的思想在當時沒有什麼影響，《論衡》到了東漢中後期才漸漸地流傳開來。
鄭玄遍注群經
鄭玄（127～200），字康成，北海高密（今山東高密）人。經學家們稱之為“後鄭”，以與“先鄭”—即東漢前期經學大師鄭眾相區別。鄭玄刻苦向學，曾到太學學習。他師從今文經學家，學習《公羊春秋》等；又跟從古文經學家學習古文《周官》、《禮記》等。後來他又拜古文經學大師馬融為師，勤奮治學不已。遊學十餘年後，他返歸故裏講學，學徒達數百人。黨錮禍起，鄭玄也被禁錮。兼通今、古文經的鄭玄，對當時傳經中的門戶之見、相互排斥的風氣大為不滿，因而想要打破壁壘，各取所長，融會貫通，自成一家之言。他閉門不出，遍注群經。鄭玄注經，多博采眾長，如箋證《詩經》時，以《毛詩》為主，兼采其他三家；注《尚書》用古文經，但又不同於馬融；注《儀禮》時則並存今、古文經。他以比較方法注釋儒家經典中所記述的典章製度，少有“微言大義”。而且，他從整體上把握經書源流，整理篇帙，辨析學術，確定編排。鄭玄注經，集漢代經學之大成，促進了今、古文經學的融合與統一，影響深遠，以至被後世稱為“鄭學”。他的著作號稱“百萬餘言”，在整理古代曆史文獻上貢獻很大。
黃巾起義之後，東漢王朝已經日薄西山，氣息奄奄；諸侯割據混戰不止，烽火相連。社會的動蕩與不安，使得儒學的社會功能大大減弱；而佛教的傳入及傳播，道教的創立及興盛，也對儒學形成前所未有的挑戰，經學的衰落成為曆史大勢所趨。儒學的統治地位日漸瓦解和士大夫個人自覺意識的進一步發展，直接推動了魏晉“玄學”的興起。