經學，是研究和注解儒家經典的學術。自武帝采納董仲舒的“罷黜百家，表章六經”的建議以來，太學的興建、郡國學官的設立，使得儒學之士成為國家著力培養的政治官僚人才，也使得儒學逐漸在學校教育中取代先秦諸子之學和漢初黃老之學，取得獨尊的官學地位，成為正統的文化學術形式和帝製時代的正統思想。在西漢甘露三年（前51）“石渠閣”會議上，宣帝曾同諸儒討論五經異同，親自稱製臨決，更表現出統治者對儒學的重視。
隨著西漢王朝的衰落，讖緯神學大肆泛濫，並取代今文經學在政治思想領域中的支配地位。與之同時，經學中的今、古文之爭，也更為激烈地進行。東漢以來，古文經學、今文經學和讖緯神學三足鼎立，並存紛爭。章帝建初四年（79），召開“白虎觀會議”，就是尋求“統一經義”的又一次嚐試。雖然未能如願，但經學統一、融合的趨勢不可遏抑。“熹平石經”的刊刻和鄭玄遍注群經，兼采今、古經文之說，之後二者趨於統一。
今古文經學之爭
西漢京師太學主要教授五經（《易》、《詩》、《書》、《禮》、《春秋》），郡國所立學校，也設置經師，甚至鄉聚也置有經師。為了講授方便，經書都用當時通行的文字—隸書統一書寫，所以叫“今文經”。後來西漢又有一批亡佚的儒家經典出現，與今文經有很多不同。因為這些經書是用戰國時期的篆文書寫，故稱為“古文經”。“古文經”雖然發現很久，但並沒有設立學官，隻是在民間私人傳授。今、古文經學的區別，並非僅僅是書寫文字和讀法的不同，隨著經師傳授的源流不同，家法與師法逐漸顯現，而對文字的訓詁和內容解釋也就有很大的差異，表現的政治觀念和曆史觀念也就有所不同。一般而言，今文經學喜講義理，闡明“微言大義”，視孔子為托古改製的“素王”，是政治家、哲學家、教育家；古文經學側重訓詁，考證典章製度，尊孔子為“先師”，是古代文化的保存者。經學今、古文之爭，有義理和訓詁的學術分歧，也有狹隘的門戶之見，但核心則是經學正統之爭和如何統一經學思想。究其實質而言，是爭立學官的權利、利祿之爭。西漢末年，古文經學派興起，向今文經學的官方壟斷地位公開挑戰。王莽當政後，古文經學被立為博士，成為官學；而古文經書《周禮》更成為王莽托古改製的工具。但隨著王莽新朝的敗亡，古文經學的官學地位也被廢除。但是，古文經學在士人中間廣泛傳播開來。至東漢初年，古文經學、今文經學和讖緯神學形成鼎足而立的狀態。
讖緯之學
“新儒學”中所宣揚的“天人感應”的神學思想，使得儒學自身講究陰陽災異和符瑞之說的迷信色彩更濃重，也使得今文經學的《易》和《春秋》等儒家經典成為附會災異迷信的淵藪，讖緯的泛濫和儒學的神學化，成為東漢前期經學的顯著特點。“讖”是以神秘預言對人間吉凶禍福的啟示，或附有圖，故又稱圖讖；“緯”是假托孔子之言，以經學作神學的解釋與比附。讖緯內容相當複雜，或解經，或述史，或說天文、地理、曆數等，更多的是將經學與神學迷信融合於一體，使之更加神秘化，但其中也或多或少蘊含有一些科學意義。漢代儒生為了迎合上意，追求利祿，大都兼習讖緯。