在清前期，我國傳統的醫藥學也有所發展，這表現在醫學理論的研究、藥物、方劑學的進步，尤其是溫病學派的形成以及臨床各科的成就等方麵。
在醫學理論研討方麵，清代的許多醫學家對《內經》、《難經》、《傷寒論》、《金匱要略》等醫學典籍注釋和闡發方麵做出了貢獻。其代表張誌聰的《素問集注》、《靈樞集注》以及徐大椿的《難經經釋》和喻昌的《尚論篇》等著作，從各方麵對《內經》、《難經》、《傷寒論》等古代的醫藥典籍加以闡述和補充，而且綱目分明，條理井然，對於臨症治療具有指導意義，對祖國醫學寶庫的發掘與整理及傳統醫學理論的發展大有裨益。
藥劑學方麵，繼明李時珍的《本草綱目》之後，清人趙學敏著成《本草綱目拾遺》。其著中所載921種藥物，有700餘種是《本草綱目》所未載的，而且《拾遺》分類方法更趨合理。在趙學敏之後，吳其浚著成《植物名實圖考》，該書是一部藥用植物學專著，在對曆代本草中的謬誤加以匡正的同時，將收錄的1700餘種植物合理分類，並詳記其形、色、性、味、產地、功用，並附圖，重點闡述其藥用價值，頗具創見。此外，汪昂的《醫方集解》，吳儀洛的《成方切用》等，選錄有效良方，本經按證，闡述其方劑理論，是指導臨床的實用著作。還有，趙敏學刪訂的《串雅》（內外編）一書，搜集了大量的民間秘方、驗方，包括內治外治等法，這些處方大多具有藥價賤、奏效快等特點，很適合人民群眾需要，為整理並保存民間醫療經驗做出了可貴的貢獻。
清前期，對傳染性和非傳染性等多種熱性病統稱溫病，在醫學領域應運而生的同時，也產生了較有體係的溫病辨證論治的理論，即溫病學派。影響較大的代表人物是葉桂。
葉桂（1667—1746年），字天士，江蘇吳縣人。祖父兩代俱是醫生，葉氏先後從學於17人，潛心研究醫學，終於成為當時名滿天下的名醫。葉桂理論經驗很豐富，處方不拘成法，治病經常出奇效。對於疑難雜症，或根據平日積累用藥，或用他人醫方，略有變通，或者競不給醫藥，令其以飲食而消之，每每奇驗。葉桂的主要成就是進一步總結了前人的經驗，發表了《溫熱論》，為溫病學說的發展提供了理論與辯證的基礎。
在臨床各種方麵，清前期各科均有所成就，而且還出現了中醫探索人體髒腑部位的著作。
清前期不少醫學家，內外婦兒諸科兼通，編纂了一些綜合性醫學著作。如張璐的《張氏醫通》乃取曆代各家方論，引諸家之說，最後附以治驗醫案，將內外婦兒諸科綜合論述，是清臨床學的範本之一。另外，由吳謙等主編的《醫宗金鑒》，共90卷，包括：《訂正傷寒論注》、《訂正金匱要略注》、《刪補名醫方論》及“四診”、“運氣”、“傷寒”、“雜病”、“婦科”、“幼科”、“痘疹”、“種痘”、“外科”、“刺灸”、“眼科”、“正骨”等心法要訣。對各科的辯證治療係統論述，內容全麵，有圖、有說、有訣，使學者易於考求，便於誦習，是一部圖文並茂的臨症重要參考書籍。
在清代臨床學的成就中，王清任值得一提。
王清任（1768—1831年），字勳臣，河北玉田人。他深感了解髒腑情況對醫生的重要，他說：“著書不明髒腑，豈不是癡人說夢；治病不明髒腑，何異於盲子夜行。”他對古籍中有關生理和病理的論述大膽提出懷疑，為此曾親至義塚刑場，觀察屍體的五髒六腑。還與動物內髒相比較，發現了古籍中所繪髒腑圖形與實際負責多有不符，遂將42年的觀察所得繪成《親見改正髒腑圖》，連同其他醫學論述，一同收載於其所著《醫林改錯》中。在該書中，王清任提出“靈機記性不在心在腦”的觀點。此外，他在書中還訂正了古人關於髒腑記載的錯誤，並根據他對氣血的理解，就內科的血瘀和其他雜症，創用了一些補氣活血和逐瘀活血的方劑，具有良好療效。
在清前期臨床醫學成就中，較有影響的還有外科的王維德、婦科的傅山、兒科的夏鼎及陳複正等。
由於印刷技術的進步，清前期刊行了許多醫學類書和叢書。其中《古今圖書集成》的《醫部全錄》，共有520卷，輯錄了以《內經》到清前期的醫學輯要100餘種，內容豐富，敘述係統，各科論證有方，是一部具有較高參考價值的醫學文獻彙編。