與此同時，義軍在冷天祿部被清軍圍攻失敗後，各路首領將部隊帶入開縣、東鄉之間，決定進入川陝老林地區，不與清軍正麵衝突，各路義軍分別出擊迂回。至七月，基本上扭轉了被動挨打的局麵。嘉慶改派額勒登保為五省經略大臣，進剿義軍。
年底，通江藍號的冉天元部在蒼溪大敗由額勒登保親率的清軍。第二年，冉天元率義軍與清軍激戰於川西江油縣馬蹄岡，冉天元設伏，清軍被義軍團團圍住，清統帥德楞泰僅剩十餘名親兵，下馬登上山頂，以為必死無疑。恰在此時，援軍趕到，冉天元坐騎被射中，被清軍擒捕，不幸遇害，勝負咫尺相及，轉勝為敗。冉天元的犧牲給起義軍帶來了無可彌補的損失，四川白蓮教起義轉入低潮。
1801年（嘉慶六年），湖北白蓮教首領徐天德在陝西西鄉兩河口因舟覆不幸溺死。七月，額勒登保、德楞泰會攻三省邊界老林山區，起義軍屢次失利，被迫退到川邊集聚。清軍集中優勢兵力圍追堵截，許多白蓮教起義首領和支派被殺、被撲滅，局勢的變化越來越有利於清軍。起義軍雖已陷入困境，但他們仍與強大的敵軍作殊死戰鬥。
自1804年（嘉慶九年），義軍已大部分退到川陝楚接境的老林山區，清軍亦進入這一地區，對白蓮教做最後的鎮壓。但數縣範圍的深山老林對起義軍與清軍來說都是艱苦的。清軍日久皆生思鄉之念，普遍產生厭戰情緒，而義軍雖機動靈活，作戰英勇，卻嚴重缺糧，戰鬥又延續了一年多。這期間，姚之富之子姚馨佐、劉學禮、羅思蘭等義軍首領相繼陣亡。九月，義軍又一重要首領苟文潤被叛徒出賣遇害。最後，白蓮教後期主要首領苟朝九等也被俘犧牲。該年九月，清兵宣告凱旋，轟轟烈烈的白蓮教大起義被淹沒於血泊之中。
曆時9年的白蓮教大起義（嘉慶元年至嘉慶九年），以農民、小生產者為主體，洶湧澎湃，席卷湖北、四川、陝西、甘肅、河南五省的廣大地區，抗擊了清王朝十六個省征調的兵力，殲滅清軍提督、副將、參將以下四百多人，使清政府的腐朽統治受到了沉重的打擊。
當白蓮教大起義走向尾聲之時，1802年（嘉慶七年），福建同安人蔡牽率船隊攻克廈門海口炮台，掀起反清義旗。他與清軍周旋於海上，屢次大敗清軍水師。後蔡牽率船隊奪取台灣淡水、鳳山，圍攻台灣府城，未克。1806年（嘉慶十一年）十一月，蔡牽與清軍激戰於鹿爾門，敗退，又在漁山再敗，但起義軍勢力仍存。清軍調集閩、浙、粵水陸兵力合圍，蔡牽軍連續作戰，雖斃敵福建提督李長庚，但元氣大傷，加之其部中出現叛徒，清軍探知蔡牽行蹤，於1809年（嘉慶十四年）將蔡牽圍在定海的漁山海麵，蔡牽勢單力孤，自己舉炮裂自己船隻，沉於海底，東南沿海漁民反清鬥爭告一段落。
四年後，在山東、河南、河北等地又爆發了由李文成等人領導的天理教起義。
天理教又名榮華會，是白蓮教的一個支派，因天理教徒以八卦作為分股名目，故又名八卦教。
1811年（嘉慶十六年），天理教三省教首李文成、林清、牛亮臣、馮克善等商議起義，約定1813年（嘉慶十八年）十月起義。李文成在外，林清在北京城內發動，一佚李文成率起義軍攻至北京即行動，裏應外合，直搗禁苑，奪取北京城。
但天理教因人多勢眾，機密被泄露，李文成、牛亮臣被捕下獄，其部將宋元成遂率眾提前起義，聚集五千餘人，攻克滑縣城，從獄中救出二人。但起義軍北上的計劃卻由於清兵的阻止而未能迅速北上。林清仍按原計劃在北京大內外準備等待李文成部。但被發覺，僅10餘人衝入宮廷，很快被擒或被殺。林清事泄被捕，慘遭殺害。
攻打皇宮使清統治者提高了警惕，忙派重兵前往山東、河南等地鎮壓天理教。十一月初清軍七路攻克李文成所在大本營滑縣屏障道口，得以長驅直入。十一月，清軍進攻司寨，戰鬥激烈，最後李文成等被困於一碉樓，舉火自焚，“數十人相抱而死”。清軍攻克滑縣，牛臣亮等被解送京師，英勇就義，天理教起義被鎮壓。
與轟轟烈烈的白蓮教大起義同時期起義的還有陝西岐山縣三才峽木工的武裝鬥爭；趙金龍領導的湖南、廣東瑤民起義等，這些起義同樣沉重地打擊了清王朝腐朽的統治，使清王朝繼康雍乾盛世後，逐漸走向衰亡。