這時，清軍已從四麵八方進逼東川，總統川陝軍務的陝甘總督宜綿、廣州將軍明亮、都統德楞泰、提督慶成等，共同領兵彙合於東鄉一帶。惠齡和侍衛舒亮也從陝西趕來，形成三麵夾擊之勢。義軍雖有數萬人，但由於地處人煙稀少，地瘠物竭的東川，無法解決補給，而且川楚兩部義軍在聯合問題上存在分歧，把地方利益放在首位。川軍處處提防王聰兒和姚之富，怕被謀並。鑒於這種狀況，王聰兒等決定由李全、樊人傑、王光祖等部繼續留在四川，而主力重返湖北，經萬縣、雲陽、奉節、大寧，沿江而下，各地白蓮教徒紛紛響應。王聰兒與姚之富以聲東擊西之計，佯攻荊州，詐走陝西巧渡漢水，再返陝西，在興安與從四川全部撤出的李全部會師。半年多的時間，、襄陽白蓮教起義軍行程數千裏，迂回流動，始終保持著運動作戰，實力未減反而大增。就連湖廣總督勒保也不得不承認：“以言兜剿，即數十路難以圈圍；以言堵禦，雖數十萬兵亦不敷分布。”
鑒於這種形勢，明亮、德楞泰建議清政府責成地方政府和豪紳組織鄉勇，用堡寨深溝對付流動的義軍，斷絕其與群眾的聯係，但這個比較有效的方法卻未被采納。
嘉慶迷信清兵的力量，命清軍中最有戰鬥力的明亮、德楞泰一路專門追剿王聰兒、姚之富義軍。同時責成宜綿率清兵對付四川王三槐、徐天德、羅其清等諸部義軍；再遣派其他清軍對付各地白蓮教餘部。
1797年（嘉慶二年）底，襄陽各路義軍會師於漢中以西，連營二十餘裏，聲勢浩大，後折人川北。
裹陽義軍與川省起義軍配合，利用老林山區的有利條件，甩掉清軍，搶渡漢水，奔襲西安，東出河南，進一步發動群眾，壯大隊伍，逐漸變被動為主動。兩路義軍兵分三路，由王聰兒、姚之富吸引明亮、德楞泰，另一路高均德部搶渡漢水北上，兵鋒直指西安。明亮隻好撇下王聰兒，尾追高均德，其實高均德部人少勢單，根本無力攻取西安。這時，義軍大部主力得以乘虛強渡漢水，兩個月後與高均德會師，但德楞泰、明亮緊緊咬住王聰兒，致使義軍失去合圍西安的時機，在山陽與清軍激戰幾次均告失利。起義軍被迫退到湖北鄖西的三岔河，進入山溝。這時，鄖西縣知縣孔繼擀率鄉勇數千人攔住了義軍的去路，德楞泰、明亮部亦尾追而至。起義軍隻好奔向山頂，幾次欲衝擊而未突破清軍防線。清軍探知王聰兒、姚之富被困於名為卸花坡的左山梁之上，於是全力攻山，起義軍三千餘人以滾石火槍奮力抵抗，但由於清軍加上鄉勇人數數倍於義軍，多次抵抗均告失敗。王聰兒與姚之富等攀上山頂，誓死不做俘虜，相繼跳崖，壯烈犧牲。當時王聰兒年僅22歲。兩年多來，她領導數萬群眾，馳騁疆場，轉戰萬裏，與強敵搏戰，樹立了一位起義女英雄堅貞不屈的光輝形象。
這時，四川起義軍中最強大的冉天儔、羅其清、王三槐、徐天德等與湖北義軍餘部利用地勢險峻抗擊清軍。襄陽義軍李全高均德率湖北餘部再入四川，起義軍實力和聲勢有所增大。但清軍主力亦尾隨而至。1798年（嘉慶三年）初，清軍與起義軍大戰於雲陽、開縣之間，大敗清軍。六月，清軍再敗，於是便一邊調集兵力，一麵以高官顯爵誘降東鄉王三槐，王三槐中計被擒，解往北京處死，東鄉義軍失去首領。
同時，川北義軍羅其清、冉文儔兩支主力於七月被清軍圍困於營山縣的箕山。羅其清與冉文儔不睦，不允許在大神山戰敗的冉文儔上山。九月，德楞泰引誘義軍下山，伏兵而擊，羅其清中計戰敗。德楞泰怕徐天德等北上入陝，舍棄羅其清、冉文儔，分路追擊徐天德部義軍。羅其清與王廷詔、李全等部退踞大鵬寨。清額勒登保、德楞泰、惠齡、恒瑞四路清軍接踵而至，團團圍住大鵬山。
大鵬山地勢險要，易守難攻，義軍在寶珠寺囤積糧食，在山寨周圍分立卡隘，並派隊伍在營山、儀隴、巴州等地截斷清軍糧道。這時，徐天德、冉文儔分別攻打大竹、梁山等地以為聲援。
十一月，清軍發動總攻，晝夜轟擊，縱火焚寨。經過近一個月的激戰，清兵以南、西兩麵攻入山寨，羅其清率部退至方家坪被俘，英勇就義。
羅其清部失敗後，冉文儔退踞通江，清軍集中優勢兵力圍攻，冉文儔在戰鬥中被槍擊傷，落入清兵之手，因傷重而犧牲。清統治者大肆渲染勝利。但同時也認識到起義軍久撲而不滅的主要問題是各路清軍“畏賊遠避”，“領兵將領懦弱無能，互相推諉”等。於是嘉慶帝於1799年（嘉慶四年）正月初三，乾隆帝死去後不久，為迅速撲滅白蓮教起義，在用人、行政、戰略等方麵都做了重大整頓。其中，最重要的措施就是罷黜權傾朝野的和珅，賜令自盡。並發諭令指出軍事上的腐敗，指令勒保為經略大臣，節製川、陝、楚、豫、甘五省軍務。明亮、額勒登保均以副都統授參讚大臣，分領官軍，各擋一路，將惠齡、宜綿解任回京；同時令勒保會同各督撫建立地方團練，並在地方推行“堅壁清野”政策，同時大力推行招撫政策，以圖瓦解義軍。