1797年（嘉慶二年）二月，起義軍分三路進入河南。一路由王廷詔等率軍圍清兵於裕州，折西入陝西；一路李全等活動於信陽、應山，轉奔浙川、盧氏；一路由王聰兒、姚之富等襲南陽、攻嵩縣，折回湖北鄖西。義軍隊伍十分靈活，攻能聚，走則散，忽南忽北，使清軍疲於應付，而且義軍所到之處，群眾紛紛響應、參加，隊伍不斷壯大。
同年春，起義軍移至秦嶺山區活動。五月，王聰兒、姚之富與王廷詔、李全等會師於鎮安，在表帶伏擊清軍，接著又重創清軍於王家坪。六月，起義軍強渡漢水。時任清軍統帥的惠齡告急，並領軍尾追，但義軍已渡過漢水，為進軍四川鋪平了道路。嘉慶氣急無奈，降惠齡銜、世職、花翎，易宜綿為統帥。
渡過漢水的起義軍於七月分兵三路進入四川，穿越大巴山區，與四川白蓮教共同擊敗包圍四川白蓮教的清軍，勝利會師。
在湖北白蓮教起義不久，四川達州白蓮教首領徐天德首先在亭子鋪舉起義旗。接著，東鄉王三槐、太平黃富才等相繼響應，義軍據占川東大部州縣。四川總督英善、成都將軍勒禮善雖率兵進剿，但懾於起義軍的聲勢，畏縮不前。清軍小股部隊皆被義軍所敗。同時，陝西各地白蓮教也聞風而動，一些地方的白蓮教首領也紛紛舉起義旗。
年底，清軍進逼徐天德後方營壘東鄉，義軍乘其紮營未定，發動猛攻，激戰三晝夜，恰值西安總兵何元卿率兵增援，重慶總兵袁國璜才脫離險境。兩路清軍遂於老營灣四周布巨木柵欄，挖長壕，每日黃昏黎明，例出百人放槍三遍，喊號三聲，以圖自保。起義軍於大霧黎明發動突然襲擊，擲火球於清軍營內，用長鉤鉤倒巨木櫥欄填平長壕，衝入清營。結果袁國璜、何元卿皆被擊斃，起義軍大獲全勝。
第二年（嘉慶元年），巴州白蓮教首領羅其清及苟文明等起義於方家坪；通州首領冉文儔及冉天元等起義於王家寨；太平首領龍紹周及徐萬富等起義於南津關；此外，還有雲陽林定相，奉節龔文玉等紛紛起兵響應。一月底，徐天德、王三槐等攻克東鄉城，擊斃哈密辦事大臣佛住。至此，四川白蓮教起義也如火如荼地發展起來。
但起義軍雖獲得了最初的勝利，卻重蹈了湖北起義軍的覆轍，他們也株守山寨，沒有主動出擊，逐漸陷於被動。清軍得以喘息，清大隊人馬陸續調至四川，悍將明亮、德楞泰在攻滅苗民起義後移師四川，氣勢很盛。同時，地主武裝也呈抬頭之勢，其中以南充知縣劉清組織的鄉勇聞名。劉清為官清廉，民間素有“劉青天”之譽，而且劉清又隻身進入起義軍營寨中，招撫勸降，至使一部分義軍放下武器。其他一些民練鄉勇，由於熟悉地形，與官軍協同作戰成為起義軍的勁敵。
1897年（嘉慶二年）春，四川起義軍的重要領導人孫士鳳犧牲，各地白蓮教義軍均遭清軍圍剿。七月，徐天德、王三槐等與清軍苦戰，屢遭失敗，就在情況萬分危機的時候，恰逢襄陽白蓮教數萬人三路入川，解被困之圍，局勢出現了轉機。
兩路義軍於東鄉彙合後，王聰兒、姚之富等駐開縣南天洞，李全與徐天德等駐溫湯井。各路義軍決定重新按青、黃、藍、白分號，並設掌櫃、元帥、先鋒、總兵等職，確立各路義軍建製。