傍晚，嘉慶因中暑，勞累過度等原因病逝於熱河避暑山莊寢宮，終年61歲。
1820年（嘉慶二十五年）八月二十七日，曼寧在太和殿登基，以明年為道光元年，39歲的曼寧成為清入主中原的第六位皇帝。
九月初十，道光帝正式宣布位於易州太平峪的嘉慶陵定名為昌陵。十月，道光給嘉慶上尊諡：“受天興運敷化綏猷崇文經武孝恭勤儉端敏英哲睿皇帝”，廟號“仁宗”。至此，欲力圖重振聲威，扭轉中衰之勢的嘉慶一朝結束，道光帝在內綱紀紊亂，在外列強虎視中登上了大清王朝的帝位。
道光剛剛繼位，駐節新疆喀什噶爾的回疆參讚大臣斌靜的緊急奏折便傳到京城。奏報稱：回疆圖舒克塔什卡倫以外的衝巴噶什愛曼布魯特比蘇蘭奇與薩木薩克之子張格爾，結眾反叛。
其實，隨著乾隆朝平定準噶爾部的叛亂，統一新疆後，回疆贏得了半個多世紀的安定。但好景不長，在嘉慶朝，隨著吏治的腐敗，清政府派駐官員逐漸與當地伯克相互勾結，對廣大回部橫征暴斂，甚至魚肉回民，欺男霸女，任意奴役回部，至使階級矛盾日益突出，到了不可收拾的境地。回部上層分子張格爾乘民情激憤而煽動叛亂，響應的回民很多。
道光聞報，急忙指示當地清官吏予以製止，並派伊犁將軍慶祥親赴南疆處理。時張格爾叛亂被領隊大臣色普征額率軍擊潰，張格爾逃脫，道光將駐喀什噶爾的參讚大臣靜斌逮捕入京，因靜斌在回疆魚肉回部、奸宿回婦等名譽掃地被道光處以斬監候（即死刑緩期執行）。
逃往浩罕汗國的張格爾在其國王伊列汗的支持下，於1825年（道光五年）再次竄入回疆，並在邊境處打打逃逃，遊移不定。第二年，張格爾在兩次被打敗後，糾集四千餘人，屯兵邊界，伺機入侵，並勾結喀什噶爾附近的白山派信徒，於六月將新疆喀什噶爾參讚大臣慶祥圍在城內。此時，浩罕汗國國王伊列汗親率一萬軍隊奔赴喀什噶爾，中外反動勢力勾結在一起。
八月，喀什噶爾被攻陷，慶祥自殺身亡，同時，叛軍又攻陷英吉沙爾、葉爾羌、和田三城，回疆西半部落入叛軍之手。
道光在此之前1個月左右，派陝甘總督楊遇春赴新疆，同時令伊犁將軍長齡派兵兩千分路進軍南疆，並令長齡為首，楊遇春為副，調集二萬餘人赴南疆。
入冬，道光應長齡之請，又調集甘陝、吉林、黑龍江、四川等地大批清軍及京師火器營共計三萬六千餘清軍，駐軍阿克蘇，並令陝甘兩省大員調集物資供應，保障後勤的供給。
道光在平叛中始終堅持出奇製勝的思想，主張兵分兩路進剿，但長齡等前線將帥根據現有的兵力配置和實際的地理條件，委婉地否定了道光的想法，道光欣然尊重，使君臣意見相統一，推動了平叛進程。
隨後，以長齡為首的平叛清軍經過阿克蘇保衛戰，柯爾坪戰役等九次大捷，收複了南疆被叛軍攻陷的四城，將張格爾叛軍基本上消滅。在道光的嚴厲催促下，長齡等想盡辦法追擒叛首張格爾。1827年（道光六年），長齡用回民實施反間計，謊稱清大軍已退，誘騙逃往卡外布魯特部的張格爾重新進入回疆，並設埋伏於黑山，大敗張格爾叛軍，清軍隨後出卡窮追張格爾至喀爾鐵蓋山，在山頂將張格爾生擒。
1828年（道光八年），道光在加賞眾平叛官員後，於五月初十在故宮午門西側舉行隆重受俘典禮，然後，將張格爾綁赴市曹，寸磔（即千刀萬剮）處死，梟首示眾。
張格爾叛亂曆時八年之久，三起三落，終於被平定。事後，道光以浩罕汗國屢次幫助張格爾入侵而停止互市貿易，並初定了回疆善後章程。但素來窺視回疆的浩罕汗國不甘心。於1830年（道光十年）入侵回疆，但廣大回部在善後章程中得到了穩定，於是與當地清軍協同作戰，擊退了的罕汗國的入侵，道光同時調整了對浩罕汗國的政策，允許再次互市通商，並免征貨稅，遂換來清的一段和平時期。