第二，處士橫議。士人對社會以及統治者指手畫腳的風氣由來已久。當周天子大權旁落之時，天下處士就開始議論滔滔了，孟子認為這些邪說歪理，是無父無君，不異禽獸。隨著秦國勢力的漸趨強大，這些處士開始以攻擊秦國為快事，稱秦國為“嫂秦”（“嬡”是輕視、侮辱之意）、“暴秦”、“虎狼秦”、“無道秦”，各種侮辱斥罵的詞語無所不用其極，隻恨語言不夠豐富。這個時候，秦始皇剛剛統一六國，六國的貴族正處於國破家亡的痛苦之中。正因為如此，秦始皇對這些妄議者隱忍未發。
第三，機緣巧合。秦始皇三十四年（前213），博士淳於越在鹹陽宮殿上那一番要求秦始皇分封子弟的話成了導火索。妄加議論，以古非今，禍機一動，李斯上言，燒毀百家之說，而詩書也隨之俱焚。
第四，李斯是荀子的學生，也曾經學過仁義之說，怎麼會以焚燒詩書為快呢？其實，他所深惡痛絕的是百家之邪說，而非聖人之言。與此相關的是，秦始皇坑殺的是亂道之儒，而非聖人之徒也。
第五，廢除百家邪說時，為什麼還要連帶詩書呢？主要是因為擔心不一塊兒焚燒，百家邪說又會借詩書之體還魂。而諸生若議論不止，勢必使法律不能整齊劃一。秦始皇憤然焚書而不顧的原因就是懼怕議論法製措施，喪失權威，影響貫徹。
在條分縷析之後，朱彝尊得出結論說，當初秦始皇焚書，主要是因其重法，而百家邪說紛擾不止，從而使秦始皇下定決心，毫不猶豫地“焚書坑儒”。這是邪說造成的禍害，所以，不是秦始皇願意焚書，而是處士橫議者迫使他這樣做。從這個意義上講，是這些處士燒的書。
朱彝尊沒有跟隨前人對秦始皇詬罵不止，而是從秦國的統治政策、治國思想與處士橫議之間的矛盾出發，具體分析秦始皇“焚書坑儒”的緣由，從而以更加客觀的立場對“焚書坑儒”進行評價。到朱彝尊這裏，對“焚書坑儒”的評價才漸趨擺脫了強烈的主觀色彩或一味的標新立異。
對秦始皇焚書所造成的後果，前人過於誇大，從鄭樵、範浚開始，對經書的消亡是否是秦始皇焚書造成的這一問題進行了重新探討，這成為一個被不斷議論的焦點。這與對秦始皇的評價密切相關，如果秦始皇焚書對典籍造成的損失沒有後人想象得那麼嚴重，將秦始皇斥責為暴君的一個重要證據就失去了說服力。
關於這個焦點，後來者一直在討論。清代前期桐城派代表人物劉大魁作《焚書辨》也提出，“六經之亡，非秦亡之也，漢亡之也”，“書之焚，非李斯之罪，而項籍之罪也”。劉大魁認為，漢軍進入鹹陽的時候，蕭何隻知道取律令圖籍之書，對秦博士所藏之書卻摒棄不問，項羽的一把大火使之消亡殆盡。所以秦始皇的焚書沒有使圖書消亡，後來典籍損失殆盡的狀況是蕭何與楚霸王項羽的責任，和秦始皇沒有關係。
此種觀點到康有為那裏得到了進一步的強化。康有為在，《新學偽經考·秦焚六經未嚐亡缺考》一篇中鮮明地指出“秦焚書，六經未因此而亡；秦坑儒，儒生未因此而絕”；而造成“後世六經亡缺，歸罪秦焚”，是因為大家“不知此劉歆之偽說也”。康有為又把責任加在西漢劉歆的頭上，也與秦始皇沒有關係。
上述不同時代的學者從不同角度對秦代的“焚書坑儒”進行了深刻剖析。他們的研究繼往開來，從而使得這樁存在兩千多年的曆史公案漸漸褪去神秘麵紗，從而逐漸揭去強加在秦始皇身上的對古代典籍消亡負有首要責任的重大罪名。而在這個曆來導致對秦始皇進行負麵評價的證據的力量漸趨縮小之時，對秦始皇的評價亦趨客觀。
圍繞秦始皇評價的第二個重要議題是郡縣製與封建製的爭論。當年，這場爭論引發了震驚世人的“焚詩書”事件。
明末清初的大學者王夫之在《讀通鑒論》一書中指出：“夫封建之不可複也，勢也。”這說明秦始皇廢封建行郡縣是曆史的大趨勢，不是哪一個人可以決定的。
王夫之並沒有進一步解釋為什麼郡縣代替封建是曆史的大趨勢，但是，我們完全可以理解這一點。
周朝施行封土建國的封建製之始，周天子力量強大，完全有能力擔當天下共主；各諸侯國之間因為血緣關係親近也不會相互征伐。但是，隨著時間的推移，後世各諸侯國的血緣關係越來越疏遠，因此，相互之間以強淩弱的現象屢屢發生，不可禁絕。而且，一旦出現這種情況，周天子天下共主的地位一定會削弱，周天子無法行使自己的權力。諸侯國中最強者必然會出麵收拾殘局，打著維護周天子的旗號彰顯自己的實力。這幾個強者就是霸主。春秋五霸因此而出現。
但是，稱強稱霸者最終並不會滿足於霸主的地位，一旦它們能夠控製局麵，有了機會，必然會兼並小國，擴大自己。諸侯國之間的這種相互兼並發展到極致，天下就隻剩下最強的幾個。這些諸侯國繼續進行兼並，最終一國戰勝他國，形成天下一統。
所以，天下一統的大趨勢是無法逆轉的。當最終兼並所有諸侯國統一天下的一國取得完全勝利之後，它仍然麵臨著施行封土建國的封建製還是郡縣製兩種選擇。封土建國最終必然導致霸主爭霸、諸侯兼並，兼並成功者如果想避免周朝的悲劇，隻能選擇一種新的可以避免重蹈曆史覆轍的辦法，這種辦法就是在全國範圍內施行郡縣製。所以，施行郡縣製是大勢所趨，是曆史的必然。
王夫之認為廢除封建而實行郡縣還有兩大好處：一是可以減少百姓負擔，二是可以實行選舉。封建製下的官員是世襲製，貴以承貴，賤以承賤。
隻有廢除了世襲的封建製，才有可能施行科舉製，才能使平民百姓有可能進入官員隊伍。再者，封建製下官員是世襲的，子子孫孫都是官員的繼承人。
所以，封建製下的繼承人大大多於郡縣製下任命的官員。官員數量多，百姓的負擔自然加重。
清初學者顧炎武作有《郡縣論》九篇，首篇就說：“封建之廢，非一日之故也，雖聖人起亦將變而為郡縣。”顧炎武提出了兩點：一是封建製演變成郡縣製是一個過程，二是封建製為郡縣製所代替是曆史的必然。可見，認為郡縣製代替封建製是曆史必然的是一批學者的共識。
顧炎武進一步研究封建製和郡縣製各自的弊端，得出了“封建之失，其專在下；郡縣之失，其專在上”的結論。
在中國兩千多年有關封建製和郡縣製的討論中，以顧炎武的思考為最深。
顧炎武之所以能夠看出封建製與郡縣製二者各自的弊端，是因為他生活在明清兩代極度專製的皇權製度下。因此，他更能看出作為皇權專製政治基礎的郡縣製的缺失。