漢唐兩代的學者都從當時的現實立場出發、基於現實需要對秦始皇作出了適合時勢的評價。唐代以降，及至民國，對秦始皇的評議並沒有消歇，而且基本評價都是負麵的。但是唐代以後對秦始皇的評價與漢唐相比有了異樣的聲音，出現了讚揚秦始皇的觀點。當然，讚揚者有之，批評者也曆代不乏。總之，對秦始皇的評價成了一種獨有的文化現象。有正統的官方評價，同時也出現了山寨版的民間的聲音。自宋代到民國，在這一跨度頗長的時間裏，有關秦始皇的評價集中在哪幾個方麵呢？他們作出了怎樣的有別於漢唐的評價呢？
在所有有關秦始皇的評價中最具爭議的問題是“焚詩書坑術士”，但是，唐代之後，“焚詩書”的“詩書”變成了所有的書籍，“坑術士”的“術士”演變成了儒者，“焚詩書坑術士”變成了“焚書坑儒”。所以，“焚書坑儒”成為後期評議的重點之一。
第一個涉足這一熱點的是南宋初年的大學者鄭樵（1104-1162）。鄭樵是南宋興化軍莆田入（今福建莆田），是中國古代著名的曆史學家、目錄學家。鄭樵一生不應科舉，努方著述。《通誌》是其最具特色的著作。在這部專門以研究中國古代典章製度為專題的史書裏，在《校讎略》一略中，鄭樵寫下了《秦不絕儒學論》兩篇文字。這兩篇文章不長，但是，它提出了一個重大議題，秦始皇坑殺的儒生隻是“一時議論不合者”，“秦時未嚐廢儒”，“秦時未嚐不用儒生與經學”。鄭樵的依據有六點：一是漢初大儒陸賈即是秦朝之人；二是劉邦手下另一重臣酈食其也是秦朝儒生；三是為劉邦議定朝儀的叔孫通是秦朝中央政府的“待詔博士”；四是秦二世在坑術士之後曾經召集博士三十餘人商議朝政；五是叔孫通降漢王劉邦之時手下有儒家弟子百餘人；六是項羽死後魯地百姓為項羽守節，直至劉邦將項羽的人頭示眾，魯地才降漢。可見，秦朝宮廷並沒有廢儒學，所以大秦帝國有儒生，有儒學，有儒學之風。
鄭樵_之論，幹係甚大。他首先說明秦始皇坑儒並不是有計劃地廢儒學，而是“一時”衝動。秦始皇對儒家學士、儒家學說，都未廢止。這是對秦始皇“坑儒”的重要新釋，也是自兩漢以來對秦始皇“焚詩書坑術士”的一次重大翻案。
鄭樵提出的另一個重大課題涉及“焚詩書”。
鄭樵認為，劉邦進入鹹陽，蕭何人秦宮收秦律令圖書，證明秦始皇並未焚書。世傳的焚書事件，隻是“一時間事耳”。所謂“一時間事耳”即是指一個短期之間發生的事，不是持續不斷地焚書。而且，真正導致經書毀滅的不是秦始皇焚書，而是另外一大原因——學者窮經而經絕。“自漢以來，書籍至於今日，百不存一二，非秦人亡之也，學者自亡之耳。”
什麼叫“學者窮經而經絕”？鄭樵的意思是，學者繁瑣的注經方式導致通一經必須皓首終生。這樣的經書必然滅亡，因為它需要人一生為之獻身而又缺乏實用，這才導致了經學的衰微。
與鄭樵同時代的另一個著名學者範浚（1102-1150）也認為詩書之亡並不是秦始皇焚書導致的。在《對秦問》中，他承認秦始皇焚過書，但是秦始皇的焚書並沒有導致詩書的消亡。範浚提出了兩點證據：第一，現在仍然有六經傳世，難道現在看的六經不是詩書嗎？所以秦始皇焚書並沒有導致詩書的消亡。第二，經之所以為經，並不僅僅依靠簡牘的傳播方式而存在，它可以有多種傳播途徑。被秦始皇燒成灰者不過是些枯竹罷了，漢代不是從房屋牆壁中發現了詩書嗎？因此，詩書不會因為秦始皇的焚燒而消亡。
範浚的觀點與鄭樵不謀而合，秦始皇確有焚書之舉，但是對書籍造成的影響並沒有後人誇張得那麼嚴重。範浚與鄭樵二人的目的不盡相同，鄭樵意欲為秦始皇焚書翻案，範浚則想說明秦始皇通過焚書的辦法來控製天下言論，是不可行的，焚書最終導致了焚國（其焚詩書，非焚詩書也，焚其國也……吾今乃知天下之不可愚，又知詩書之不為秦焚亡矣——《香溪集》）。
範浚的觀點在曆史上並沒有引起多大的反響，因為他想證明的“焚書亡國”論與以前對秦始皇的批判並沒有多大分別，隻不過借用了另外的一種論證方式而已。但是，鄭樵石破天驚、標新立異的觀點確實令人注目，但也引發了後人的激烈爭論。
明人孫承恩率先發難，他專門撰寫了《秦儒》一文，痛斥鄭樵之言是“不深考而妄為議論”。孫承恩為什麼這樣說呢？
首先，陸賈、酈食其雖然是秦儒但沒有被朝廷重用。叔孫通“待詔數年，獸畜而已”，根本沒有受到秦帝國的重用。如果非要對天下儒生斬盡殺絕才算廢儒，豈不是太苛刻了？
再者，秦帝國的博士相當龐雜，有占夢博士，有方士，即使留下來一些未殺的儒生，也未必是真正的儒生。
仔細比較一下鄭樵與孫承恩的看法，應當說孫承恩的話更有說服力。鄭樵過於傾向為秦始皇“焚詩書”辯護，反而顯得有些蒼白無力。但是，鄭樵的聲音反映了一個事實，當拉開一段時間距離之後再對秦始皇的作為重新審視時，人們對秦始皇功過的看法正在悄然發生變化。
距離產生美感。曆史評價必須有待時空距離的檢驗。距離太近，往往太功利太現實；隻有拉開距離，人們對曆史評價的視野才更廣闊，對曆史的認識才更深刻，才更具有曆史哲學的高度。
鄭樵對“焚詩書”的闡釋得到了晚清著名學者章太炎的大力支持。章太炎寫了《秦獻記》一文，他認為，“燒書者本秦舊製，不始李斯”。章太炎還引了《韓非子·和氏篇》“商君教秦孝公以連什伍設告坐之過，燔詩書而明法令”二句為證，說明秦國自商鞅之時就有焚書之議。章太炎此說明顯是為秦始皇“焚詩書”進行開脫。隻是章太炎的開脫比鄭樵聰明，因為秦始皇“焚詩書”是秦國一以貫之的做法，並非隻是秦始皇一個人的行為。這樣，秦始皇“焚詩書”的暴行就有了新的承擔者，不必由秦始皇一個人承擔了。
鄭樵之說的意義在於他對秦始皇的評價擺脫了傳統評價中隻罵不分析的傾向，明確指出即使是備受後人詬病的“焚詩書坑術士”也還有重新分析的必要。當然，鄭樵純粹是為秦始皇“焚詩書坑術士”進行辯解，不免有牽強之處。章太炎的言論意在說明秦國施行文化專製由來已久，並非自秦始皇開始。這些看法對我們認識秦始皇“焚詩書坑術士”有重要的參考價值。
魯迅先生指出：“不錯，秦始皇燒過書，燒書是為了統一思想，但他沒有燒掉農書和醫書。他收羅許多別國‘客卿’，並不專重‘秦的思想’，倒是博采各種的思想的。”（《華德焚書異同論》）
對秦始皇的“焚書坑儒”，清代的朱彝尊也提出了一個嶄新的觀點，他秦始皇陵跪射俑頭像認為秦國的“焚書”，是處士橫議者燒的。
為什麼這麼說呢？他認為有五個方麵的理由。
第一，秦國是以法治國的。通過三件事情可以看出秦國一直以來執法非常嚴格。一是秦孝公時期對公子虔的處置。自從商鞅變法以來，秦國的法製建設就被不斷強化。商鞅變法內容頒布執行之時，太子犯法，商鞅認為，法律之所以不能貫徹執行，是因為領導階層率先違法。因此，對太子的師傅施行了黥刑。幾年以後，公子虔又一次犯法，這次他的師傅被割掉了鼻子。二是秦孝公時期對國君之母弟的驅逐。範雎為相時，實行“固幹削枝”的政策，堅決剝奪親貴手中大權，於秦昭襄王四十一年（前266）收回穰侯的相印，令其回封地養老。接著又把華陽君、涇陽君、高陵君驅逐到關外，將宣太後安置於深宮，不準其再幹預朝政。而當時的秦昭襄王認為依法理當如此（衛鞅日：法之不行自上始也，刑則加於太子之師傅，而範雎為相，棄逐君之母弟，秦之君以為法在焉——《曝書亭集》）。三是荊軻刺秦始皇時大臣的表現。當秦始皇在鹹陽殿上被手持匕首的荊軻追得上躥下跳時，左右之臣除了給秦始皇呐喊助威外，無所作為，因為法律規定大臣不得攜帶兵器上殿，左右之臣眼巴巴地看著主子被追殺的醜態卻不敢操尺寸之兵上殿，在當時看來，“於法宜然，無足怪也”。由這三件事，可以看出秦國對法律的熱衷與依靠。