在與“五個廟”石窟相對的黨河東岸上，存有4個殘窟。從“五個廟”上溯約5千米處，存有1個石窟，俗稱為“一個廟”。
“五個廟”4個殘窟的石窟繪塑風格與莫高窟同時期藝術一致。第1窟北魏時鑿建，西夏重修，中心柱窟形，壁畫有熾盛光佛、黃道十二官、二十八宿、水月觀音像，以及彌勒變、文殊變、普賢變、壇城圖等。其餘3個窟為五代、宋時鑿建，西夏、元重修，塑像均毀。壁畫內容有維摩變、說法圖、文殊變、普賢變、水月觀音、勞度叉鬥聖變、彌勒變、藥師變及十六臂、四臂觀音等漢密圖像。
昌馬石窟位於甘肅玉門鎮東南90千米處的祁連山北麓，源於祁連山的昌馬河經窟崖前北流，故名昌馬石窟。
昌馬石窟群包括大壩千佛洞和下窖兩處。洞窟開鑿在下窖村西的崖壁上，距地麵40米至50米。兩處共有窟龕11個，依山勢分南、中、北3段。窟形為中心柱。壁畫內容有坐佛、菩薩、騎獅文殊、騎象普賢、經變故事、供養天女、飛天、纏枝團花圖案等。
馬蹄寺石窟位於甘肅肅南臨鬆山中，計有北寺、南寺、千佛洞、金塔寺和上、中、下觀音洞等處，為一規模宏大的石窟群體，計有北寺、千佛洞、金塔寺等處。各處洞窟相距數千米至10餘千米不等，綿延近30千米。
每個小窟群，多的達30餘窟，少的僅有2窟，總共70多窟。民間傳說這裏的一塊岩石上留下天馬的一隻蹄印，寺窟由此得名。因其山崖石質屬粗紅砂岩，不便雕刻，故絕大多數造像為泥塑。
馬蹄寺石窟大量洞窟為北魏至明清曆代營建或重修，其中北朝9窟、隋1窟、西夏3窟、元19窟、明2窟、清36窟。
北寺有三十三天洞、藥王殿和藏佛殿，計21窟。除底層隻有壁畫而無塑像外，其他各層都有石胎泥塑觀音。一層至三層均開5窟，四層3窟，五層1窟。窟門排列整齊，間距越往下越疏，外觀呈寶塔形。每層之間都有隧道相通，隧道鑿在岩壁內部，由第一層北邊入口，呈“之”字形，迂回而上。
這21個洞窟形製可分為兩種，一種是平麵方形，頂做成“人”字披；另一種是平麵方形，頂作覆鬥式四麵坡。窟正中都開一大龕，龕內坐佛均為石胎泥塑，壁畫繪有影塑千佛。
藥王殿，又稱南坐佛殿，鑿於元代，有泥塑藥師坐佛像一尊。藏佛殿位於三十三天洞北側，為北寺洞窟中最大的一個，窟形平麵呈“凸”字形，總深33.5米，寬26.3米，分前堂拜殿、甬道，形成內外兩陣。
千佛洞存餘10餘窟，北朝窟居多，位居馬蹄寺東北約3千米處。第2窟、第8窟中心塔柱式，塔柱四麵分4層造像。南寺和上、中、下觀音洞各有4窟至6窟不等。
金塔寺位於馬蹄寺的東南麵，為中心塔柱窟。洞窟坐北朝南，開鑿在山穀中高約60米的崖壁上。
金塔寺的東窟中心柱座基上分3層造像，下層開圓券形龕，塑坐佛、脅侍弟子、菩薩，龕楣上方各懸塑飛天6身至8身。中層每麵開3個小龕，塑交腳彌勒、坐佛、釋迦苦修像、脅侍天王、菩薩立像。
上層北東南三麵均塑10尊佛、10尊菩薩，西麵為元代補塑的5尊佛。四麵壁間以影塑的手法塑有坐佛、供養菩薩，以作為填補。
金塔寺西窟形製與東窟相仿，中心柱四麵僅下層各開一個大龕，龕外兩側塑菩薩、天王。中層四麵居中分別塑倚坐佛、坐佛、半跏菩薩和交腳彌勒，其兩側除北麵塑4尊菩薩4尊弟子外均為8尊菩薩。上層塑5尊佛、供養菩薩等。
金塔寺佛像造像臉型豐圓、鼻高唇薄、肩寬體健、莊重安詳，菩薩華麗俊美。懸塑的飛天身軀扭曲，略顯古樸稚拙，真切感人。
整窟造像結構嚴整，統一和諧，富麗堂皇，以圓雕、高浮雕、影塑和彩繪相結合的手法，層次分明地塑造了眾多的佛教人物形象，充分顯示出5世紀前後我國早期石窟雕塑藝術的高度成就。
除了這些石窟外，祁連山北麓石窟還有文殊山石窟、天梯山石窟、水峽口下洞子石窟等，各窟不同程度保存了不同時期佛教洞窟形製、塑像造型、壁畫手法等，具有重要的史料價值。