太原路轉運使呂振、副使劉子振，因為貪汙而獲罪。太宗責備耶律楚材說：“你講過孔子的教導可行，讀書人是好人，為什麼還有這種人?”楚材答道：“君主、父親教導臣屬、子女，也不想讓他們去做不講道義的事情。三綱五常是聖人的教導，管理國家的人沒有不遵循的，好比是天上有太陽和月亮一樣。怎能因為一個人的過失，而使得萬世經常奉行的學說單單在我們這個朝代被廢止呢?”太宗的惱怒方才得以緩解。
富人劉忽篤馬、涉獵發丁和劉廷玉等人用銀140萬兩承包天下賦稅，楚材說：“這些都是貪圖財利的家夥，欺騙朝廷坑害百姓，為害很大。”奏請皇帝取消這種做法。他經常說：“興一利不如除一弊，多一事不如少一事。任尚以為班超的話平淡無奇，但是千年之後，自有定論。以後遭到譴責的人，才知道我的話不假。”太宗素來喜歡喝酒，每天與大臣們開懷暢飲，楚材多次勸阻，太宗不聽，於是就拿著酒槽的鐵口對太宗說：“酒能夠使東西腐爛，鐵尚且如此，何況是人的五髒呢?”太宗醒悟，對近臣說道：“你們這些人愛護君王，為國憂慮的心意，難道能比得上吾圖撒合裏嗎?”
自從庚寅年確定征稅規則，到甲午年平定河南，稅額每年都有增加，到戊戌年征收的白銀達110萬兩。有個翻譯名叫安天合，討好鎮海，率先招引奧都剌合蠻包買賦稅，又增加到220萬兩白銀。耶律楚材極力爭辯勸阻，以至於聲色俱厲，一邊說一邊哭。太宗說：“你想打架呀?”又說：“你想為百姓哭泣嗎?姑且讓他們試著做做再說。”楚材無法阻止，於是歎息道：“百姓困窮，將從此開始了！”
耶律楚材曾與宗王一起吃飯，喝醉後躺在車中，太宗在原野上看見了，直接來到他的營盤裏，登上車用手推他。楚材睡得正香，正為別人打擾自己而惱怒，忽然睜開眼睛一看，才知道是皇帝來了，慌忙起身謝罪，太宗說：“有酒一個人醉，不想跟我一起快活快活嗎?”笑著走了。楚材來不及穿戴好衣冠，趕緊騎馬前往皇帝的行宮，太宗為他擺開酒席，盡興而罷。
耶律楚材主持政務很長時間，不吝錢財，常把得到的俸祿分給自己的親族，從來沒有徇私情讓他們做官。行省劉敏嚴肅認真地向他提起此事，楚材說：“使親族和睦的道理，隻應是用財物資助他們。我不能為了照顧私人感情而讓他們去做官違法。”
辛醜年二月三日，太宗病危，醫生說脈搏已經不動了。皇後不知所措，把耶律楚材召來詢問，楚材回答說：“現在任用的官員不合適，出賣官職，打官司要賄賂，囚禁無辜的人很多。我請求赦免天下的囚徒。”皇後想立即去做，楚材說：“沒有皇帝的命令不行。”過了一會，太宗稍微蘇醒過來，於是上奏請求赦免囚犯，太宗已不能說話，點頭表示同意。當天夜裏，醫生測到脈搏重新跳動，正好是宣讀赦免令的時候，第二天病就好了。冬十一月四日，太宗將出去打獵，打獵五天，太宗在行營中去世。皇後乃馬真氏行使皇帝權力，重用和信任奸邪之人，政務都被搞亂。奧都剌合蠻因為包買賦稅而執掌大權，朝廷裏的人都害怕他、依附他。楚材當麵斥責，在朝廷中爭辨，說別人不敢說的話，人們都為他擔心。
癸卯年五月，耶律楚材上奏說：“將有驚擾發生，但最後會沒事的。”沒過多久，朝廷用兵，事情倉猝發生，群情紛擾，皇後於是下令將靠得住的人武裝起來，甚至想向西遷移以躲避麵臨的危機。楚材說：“朝廷是天下的根本，根本一旦動搖，天下將會動亂。我觀察天象，肯定沒有災難。”過了幾天就安定下來。皇後將蓋有皇帝大印的空白紙張交給奧都剌合蠻，讓他自行填寫辦事。楚材說：“天下是先皇帝的天下。朝廷自有法律規章，現在要攪亂，我不敢遵從命令。”這件事因而中止。又有旨令說：“凡是奧都剌合蠻提出的建議，令史如果不記錄下來，就砍斷他的手。”楚材說：“國家的典章製度，先帝都托付給老臣我來維護，跟令史有什麼關係呢?事情如果合理，自然應當奉命執行，如果不能照辦的，死都不怕，何況是斷手呢！”皇後很不高興。楚材仍然爭辨不已，並大聲說：“老臣我奉事太祖、太宗三十多年，沒有辜負國家，皇後又怎麼能沒有罪名而處死我呢！”皇後雖然恨他，也因為他是先朝的有功舊臣，對他既尊敬又畏懼。
甲辰年夏五月，耶律楚材死在官位上，終年55歲。皇後哀悼，贈賜非常豐厚。後來有人誣陷楚材，說他當宰相時間很長，天下進貢的賦稅有一半都落到他的家中。皇後命令侍從大臣麻裏紮前去查看，隻有十幾張琴、阮以及幾千卷古今書畫、金石和遺文。至順元年，贈官號為經國議製寅亮佐運功臣、太師、上柱國，追封為廣寧王，諡號“文正”。
元朝四傑之一——木華黎