1965年，張春橋已經在忙於搞批《海瑞罷官》的文章，沒有心思管《海港》了，才於年末把這副擔子推給了李太成同誌。
修改稿《海港》於1966年2月基本完成，可是江青突然叫劇組的編、導、演員停止排練，都去看新華京劇團演出的《龍江頌》，並和《海港》作比較，看看哪個好。
劇組同誌聽到這個消息都感到突然，並聽說打算把李麗芳調去主演《龍江頌》。何慢說，《龍江頌》的主角黨支部書記是男的，怎麼調李麗芳同誌去演？劇組同誌商量後還是向張春橋寫了一個報告，說《龍江頌》雖然很好，但《海港》是寫上海碼頭工人的題材，而且幾經劇組努力，日益完善，應該繼續進行。這個報告上去後沒有下文，對劇組工作確實有所影響，但依據聞捷的統稿，由章琴執導，排練工作仍在繼續進行。5月初響排後，整個工作組都認為有所提高。後經市領導審看又作了肯定，這一稿由於江青、張春橋忙於炮製對《海瑞罷官》的批判文章和部隊文藝工作座談會紀要，具體插手幹擾較少，因而進展也較順利。1966年10月，《海港》作為國慶獻演劇目由上海京劇院去北京參加演出，用的就是這一稿。
1966年6月，“文化大革命”開始，劇組黨支部書記李俐奉命宣布：《海港》修改告一段落，劇組解散。編劇除留聞捷、李曉民外，其餘人員各回原單位參加“文化大革命”。誰也沒有想到，一場急風暴雨，全國性的大災難就此降臨。不久，李太成、何慢、鄭拾風等都被戴上“走資派”、“修正主義分子”、“反革命”、“對抗旗手江青”等帽子，遭到批判、鬥爭、隔離審查。《海港》成為“樣板”以後
1967年春天，在“文化大革命”混亂中，突然傳來江青指令，為紀念毛主席《在延安文藝座談會上的講話》發表25周年，調集了八個優秀現代劇晉京演出，上海的《智取威虎山》、《海港》、舞劇《白毛女》都要赴京接受毛主席與黨中央的審查。
京劇《海港》5月中旬開始在北京民族文化宮劇場公演，這次演出的陣容是：方海珍由李麗芳扮演，高誌揚由趙文奎扮演，馬洪亮由朱文虎扮演，韓小強由周卓然扮演，錢守維由艾世菊扮演。其間還到解放軍總後勤部慰問演出。6月10日晚，周總理、江青等觀看了《海港》的演出，演出結束，周總理登上舞台親切接見全體人員，祝賀演出成功，並與大家合影留念。他說：“可以給主席看了。”接著表示是否請林彪先看一下。隔了幾天，林彪的秘書打電話來說：“林副主席問，主席什麼時候看？他跟主席一起看。”6月22日晚上劇組在人民大會堂小禮堂演出，毛澤東在林彪、周恩來、陳伯達、康生、李富春、董必武、江青、張春橋、葉群、楊成武、肖華、王力、關鋒、戚本禹等陪同下觀看了《海港》。演出結束，毛主席等領導人登上舞台祝賀演出成功，並與大家握手，合影留念。
1969年、1970年，張春橋、徐景賢、於會泳又抓《海港》的修改。據說是主要貫徹毛主席要加強敵我矛盾的指示。具體由上海市文化係統革籌會文藝革命組負責聯係。當時重新組織了一個班子，編劇中除李曉民外，還有王煉、黎中城和張士敏。當時創作組裏有兩種意見，一種認為要改成敵我矛盾，事情要搞大；另一種認為還是在原有基礎上修改。因此搞了兩個提綱，其中一個提綱事情搞大了，一船米包都沾上了玻璃纖維，後來被否定了。創作組又去碼頭深入生活，收集到一個材料，有一個洋奴出身的倉庫管理員對共產黨刻骨仇恨，曾說過“我看見共產黨員，眼睛都要出血”。創作人員不敢寫進劇本，張春橋、姚文元說可以寫。於是，把錢守維改成了階級敵人，他故意利用玻璃纖維製造事端，破壞我們的國際聲譽，事情敗露後，又妄圖逃到外輪上，最後被碼頭工人揪了回來。
1971年9月，經周恩來總理批示，劇組把改成敵我矛盾的戲帶到北京，在首都劇場江青看了後說，現在可以拍電影了，拍好電影再請主席看。1972年2月，《紅旗》雜誌發表《海港》劇本，稱為“一九七二年一月演出本”，即定稿本。然後投入拍攝電影，由上海組成謝晉、傅超武任導演的攝製組，但在北京借攝影棚拍攝。《海港》電影在北京拍了兩次，江青總是不滿意，弄得劇組大多數人員喪失了信心。由於反響較大，江青才不得不決定由攝製組對第二次拍的電影作局部改動，而後同意放映。
這時，江青自稱京劇《海港》是她“淌著心上的血寫的”，她成了“第一編劇、導演、作曲和舞台美術設計”。並反過來，要淮劇向京劇《海港》學習，移植時一個字也不能動。