尤為嚴重的是，1946年3月1日至17日，國民黨在重慶召開六屆二中全會，全麵推翻他們簽字讚成的政協協議。在《對於政治協商會議報告之決議》中提出的五條修改憲法草案的意見，徹底否定了政協會議製定的議會製、內閣製、省自治製等民主原則，從根本上破壞了中國政治民主化的進程，為各黨派合作成立聯合政府蒙上了一層陰影。國民黨六屆二中全會破壞政協協議的行徑，遭到共產黨的強烈反對。3月18日，周恩來在重慶舉行中外記者招待會，嚴正指出：政協的一切決議不能動搖或修改。這是由五方麵代表通過的，應成為中國的民主契約。誰要破壞，誰就是破壞今天中國的民主和平團結統一。
在破壞政協協議的同時，蔣介石頻繁調兵遣將，繼此前占領北平、天津、上海、南京、山海關、錦州等戰略要地之後，從1946年2月開始，又借口從日偽手中“接收主權”，大規模進軍東北。3月，趁蘇聯從東北撤軍，占領沈陽，進攻四平。中共中央指示日本投降後開進東北的八路軍、新四軍和東北人民自衛軍組成的東北人民自治軍，改稱東北民主聯軍，於4月下旬進駐長春並集中兵力進行四平保衛戰，以劣勢裝備殲敵萬餘人，重創國民黨軍。之後，鑒於敵眾我寡，主動撤出四平、長春，向鬆花江以北地區和東滿、西滿轉移，建立和鞏固根據地。國民黨軍雖然占領了四平、長春等鬆花江以南地區，但由於戰績過長，兵力分散，無力北進，隻好同共產黨達成協議，自6月6日起在東北休戰15天，後延長4個月至10月底。此前，國民黨政府宣布從重慶還都南京，周恩來也率中共代表團移往南京、上海，繼續通過談判同國民黨進行鬥爭，特別是向全國人民揭露其假和平、真備戰，進而挑起全麵內戰的陰謀。
1946年6月26日，蔣介石撕毀政協協議和停戰協定，調集30萬軍隊大舉進攻以湖北宣化店為中心的中原解放區，目的是從陸路打開自西南運兵華東、華北的通道。中原軍區遵照中共中央“立即突圍”、“生存第一”的指示，用少量兵力就地堅持遊擊戰爭，以部分兵力佯裝向東轉移迷惑敵人，掩護2.5萬人的主力部隊分成左、右兩路越過平漢路向西突圍，粉碎了敵人的圍追堵截，於8月底分別到達陝西南部和湖北西北部，建立了陝南、鄂西兩塊根據地。此後，蔣介石又大舉進攻華東、晉冀魯豫、晉察冀、晉綏、東北南滿等解放區。全麵內戰爆發。
9月29日，蔣介石命令李宗仁、傅作義等調集7萬軍隊，從東西兩麵夾擊晉察冀解放區首府張家口。周恩來於第二天代表中共中央致函馬歇爾和孫科，要他們轉送蔣介石：如果國民黨不立即停止對張家口及其周圍的一切軍事行動，中共不能不認為政府業已公然宣告全麵破裂，並已最後地放棄了政治解決方針；其因此所造成的一切嚴重後果，當然全部責任均應由政府方麵負之。國民黨不顧共產黨的一再警告，於10月11日占領了張家口。利令智昏的蔣介石，遂在當日下午宣布於11月12日召開國民大會。共產黨、民主同盟發表聲明，堅決反對國民黨召開一黨包辦的國民大會。國民黨對此置之不理，於11月15日至12月25日，在共產黨和民主同盟拒絕出席的情況下，一意孤行，召開國民大會，通過了違背政協協議的《中華民國憲法》，踐踏了政協會議通過的《憲法草案案》確認的民主原則，用根本法的形式規定了總統即蔣介石擁有至高的權力。
盡管國民黨撕毀政協協議、全麵發動內戰，但國共兩黨的談判並沒有中斷。共產黨的談判代表繼續留在南京、上海工作，是為了利用這個合法講壇，進行有理、有利、有節的鬥爭。為了滿足全國人民對和平民主的要求，12月3日，周恩來致函馬歇爾，提出隻要國民黨立即解散非法召開的國民大會，恢複1月13日停戰令下達時雙方駐軍的位置，國共兩黨可以重開談判。國民黨對此非但執迷不悟，反而變本加厲策劃內戰。
在國民黨完成全麵內戰的部署以後，美國駐華使館於1947年1月29日發表聲明，宣布美方退出軍事三人小組和北平軍事調處執行部。
1月30日，國民黨政府宣布解散軍事三人小組和北平軍事調處執行部。
2月3日，美國撤走駐延安聯絡團全部人員。2月21日，國民黨政府強迫北平軍事調處執行部中共代表葉劍英和全體工作人員撤離北平。接著，又限令共產黨在南京、上海和重慶的工作人員於3月5日前撤回延安。至此，蔣介石最後關閉了和平談判的大門。