比如柏樹，人所常見。《本草綱目》卻有一些有趣的記載。"萬木皆陽，而柏獨西指。柏之指西，猶針之指南也。"引寇宗奭的記載說："予官陝西，登高望柏，千萬株皆一一西指。"（《柏·釋名》）柏有許多變種，"柏葉鬆身者，檜也，其葉尖硬，亦謂之栝；今人名圓柏，以別側柏。鬆葉柏身者，樅也。鬆檜參半者，檜柏也。峨嵋山中一種竹葉柏身者，謂之竹柏。"
又比如竹，《本草綱目》將它列入苞木類。關於竹的繁殖及所宜肥料："根下之枝，一為雄，二為雌，雌者生筍。其根鞭喜行東南，而宜死貓，畏皂刺、油麻。"竹的病害："六十年一花，花結實，其竹則枯。"竹的種類甚多，其中皆虛，而有實心竹出滇廣；其外皆圓，而有方竹出川蜀。交廣由吾（梧）竹長三四丈，可作屋柱。竹大至數圍，可作梁棟。可以為箭矢者，謂之矛竹、箭竹。有的可供觀賞，有的可造笛，有的可織席，有的可織布，有的可作舟。
我國古代以農立國，曆代學者重視農業研究，寫過不少農學著作，留下豐富的農業、林業知識。李時珍廣搜博采，根據研究藥物的需要，同時積累了農業、林業的大量資料。《本草綱目》雖是藥學著作，從另一角度看，它夠得上是中國16世紀農林知識的彙編。
第四、對礦物學的研究
《本草綱目》金石部，記載金石藥物137種，分金，玉，石，鹵石為4類，比如金類關於銀的提煉："有礦中煉出者，有沙土中煉出者"。關於共生礦和植物找礦知識："《管子》雲：上有鉛，下有銀。《地鏡圖》雲：山有蔥，下有銀"。
關於銀的種類：銀有17種，分真銀、假銀。真銀有四種天生牙，生銀坑內石縫中，狀如亂絲，色紅者上；生銀，生石礦中，成片塊，大小不定，狀如硬錫；母砂銀，生五溪丹砂穴中，色理紅光；黑鉛銀，得子母之氣。"此四種為真銀"。假銀有13種之多，又分二類，水銀銀、草砂銀、曾青銀、雄黃銀、硫黃銀等，"皆是以藥製成者"。還談到所見域外銀四種，有波斯銀、新羅銀、林邑銀、雲南銀。
關於其他藥物對銀的特殊作用。"荷葉、蕈灰能粉銀。羚羊角、烏賊魚骨、鼠尾、龜殼、生薑、地黃、慈石，倶能痩銀。羊脂、紫蘇子，皆能柔銀"。還論述了用銀器辨別毒物的問題，指出："銀本無毒"。"今人用銀器飲食，遇毒則變黑；中毒死者，亦以銀物探視之"。
《本草綱目》金石部所列藥物中，都有關於金、銀、銅、鐵、錫、鉛等金屬的冶煉知識，雖然遠非化學分析，但對研究我國冶金科技史仍有參考價值。
鉛，又稱金公，乃五金之祖，能伏五金。"朱砂伏於鉛而死於硫，硫戀於鉛而伏於硇，鐵戀於磁而死於鉛，雄戀於鉛而死於五加。故金公變化最多，一變而成胡粉，再變而成黃丹，三變而成密陀僧，四變而成白霜。"
這些知識當然是從古代煉丹術總結而來的，卻充分揭示了鉛的各種化學變化。
《本草綱目》還論及鉛礦工人的職業病問題。指出："鉛生山穴石間，人挾油燈，人至數裏，隨礦脈上下曲折所取之。其氣毒人，若連日不出，則皮膚萎黃，腹脹不能食，多致疾而死。"
古代注重煉丹，多與鉛打交道，故對鉛的各種變化及毒性有較深了解。這些知識都是從長期科學實驗中積累起來的。
對我國石油的發現、開采、使用的曆史，《本草綱目》也有記載。《石腦油·集解》寫道：石腦油即石油，以前名石漆、猛火油、雄黃油、硫黃油。關於它的產地寫道："石油所出不一，出陝之肅州、鄺州、延州、延長、廣之南雄，以及緬甸者。"張華《博物誌》載，延壽縣南山產石漆，燃之極明。《酉陽雜俎》載，高奴縣有石脂，可燃燈。《昨夢錄》載，猛火油出高麗東。
李時珍說："此數說者，皆石腦油也。"關於石油的用處，土人多以燃燈；沈括曾掃其煤作墨，光黑如漆，勝於鬆煙。段成式說，石脂可采以膏車；康譽之說，猛火油邊人用以禦敵。關於我國從明朝開始由官家開采石油的情況，李時珍寫得很明白："國朝正德（1506：1521年）末年，嘉州開鹽井，偶得油水，可以照夜，其光加倍。沃之以水則焰彌甚，撲之以灰則滅。作雄黃氣，土人呼為雄黃油，亦曰硫黃油。近複開出數井，官司主之。此亦石油，但出於井爾。"《博物誌》為晉朝張華（232：300年）所撰，可見我國在公元3世紀已發現石漆；唐朝王冰稱它為"龍火"，其特性是："得濕而焰，遇水而燔，光焰詣天，物窮方止。"明正德末年，已由官家主持采用，比西方人於1859年首次發現石油的時間要早得多。
李時珍對古代金屬、非金屬礦物的論述，從采掘、冶煉、檢驗，明其變化，知其特性，標其有毒無毒，彙集了我國大量礦物學、冶煉學、化學知識，故《本草綱目》絕不能單純以本草學著作看待。
人類的自然知識是從生產實踐和科學實驗的實踐中不斷積累起來的。卓越的科學家取得成功的奧秘之一，就在其善於繼承古代文化遺產中的珍品，加以發揚、創造。《本草綱目》中包含的廣泛的博物學知識，以及他對古代博物學的貢獻，正是如此。