雞的特性，其鳴也知時刻，其棲也知陰晴。不同的雞肉，藥物價值不同，有丹雄雞、白雄雞、黃雌雞、烏骨雞、反毛雞、泰和老雞等，各舉其主治與附方。對於雞頭、雞血、雞子（蛋）、卵黃等的藥用價值無不詳加論述。
又如《本草綱目》介部所列生物有水龜、綠毛龜、蟹、蚌、貝子、蛤蜊等。關於珍珠（真珠）的生成情況有詳細記載：珍珠為蚌腹中特產。蚌之孕珠，如懷胎，謂之珠胎。
中秋無月，則蚌無胎，左思《吳都賦》中"蚌蛤珠胎，與月虧全"是正確的記載。珍珠有大小，顏色各異。李時珍引《格古論》雲：南番珠，色白圓耀者為上，廣西者次之。北海珠，色微青者為上，粉白、油黃者下也。西番馬價珠為上，色青如翠，其老色夾石粉青，有油煙者下也。
《本草綱目》對於462種動物的記載，堪稱當時世界上最完備的動物學著作，它不隻論述了這些動物的藥用價值和經濟價值，同時描述了許多動物的形態、生理特征、繁殖情況及病症等。當這本書傳入西方後即引起許多生物學家的重視，對世界生物學研究無疑作出了貢獻。
第三、對農學的研究
《本草綱目》關於草木、穀菜、禽獸等藥物的論述，包含著不少的農業生產技術知識。當我們抱著探討古代生產技術發展的目的來研究《本草綱目》時，發現其中包含的生產技術知識相當豐富。《本草綱目》是百科全書式的著作，對不同的科學家具有不同的科學價值。藥物學家從中汲取藥物學知識，生物學家從中汲取生物學知識，農學家們能夠從中汲取農學知識，這是十分自然的。
《本草綱目》中的草、穀、菜、果等部，論列了許多果木和糧食加工產品。所載農作物，有數十種之多，今天農業生產中的主要作物差不多應有盡有。
糧食作物有：小麥、大麥、稻（糯米）、粳、秈、玉蜀黍、大豆、綠豆等。
經濟作物有：胡麻（芝麻）、大麻、芸苔（油菜）、甘蔗、桑等。
蔬菜有：蔥、蒜、萊菔（蘿卜）、生薑、菠菜、苦瓜、絲瓜等。
果類有：李、杏、桃、梨、桔、柑、荔枝、龍眼、葡萄、獼猴桃等。
《本草綱目》對於糧食作物，詳載其不同品種、生長的季節、耕種、收藏的技術，以及這些作物的病蟲害。
以粳為例，可知其梗概。
關於粳的品種："粳乃穀稻之總名也，有早、中、晚三收。""粘者為糯，不粘者為粳。"
三收的時間："粳稻六七月收者為早粳（止可充食），八九月收者為遲粳，十月收者為晚粳。""諸本草獨以晚粳為粳者，非矣。"
關於水稻與旱稻："粳有水、旱稻。南方土下塗泥，多宜水稻。北方地平，惟澤土宜旱稻。西南夷亦有燒山地為佘田種旱稻者，謂之火米。"
栽種方法古今有別："古者惟下種成畦，故祭祀謂稻為嘉蔬，今人皆拔秧栽插矣。"還有特種稻和兩熟稻："真臘有水稻，高丈許，隨水而長。南方有一歲再熟之稻。""香粳，長白如玉，可充禦貢，皆粳之稍異者也。"
茶葉，是我國的一種特產。曆代所產名茶甚多，遠銷國外。《本草綱目》對明代各種名茶的主要產地作了記載："昔賢所稱，大約謂唐人尚茶，茶品益眾。有雅州之蒙頂、石花、露牙、穀牙為第一，建寧之北苑龍鳳團為上供。蜀之茶，則有東川之神泉獸目，硤州之碧澗明月，夔州之真香，邛州之火井，思安黔陽之都濡，嘉定之峨嵋，瀘州之納溪，王壘之沙坪。楚之茶，則有荊州之仙人掌，湖南之白露，長沙之特色，蘄州蘄門之團麵，壽州霍山之黃牙，廬州之六安、英山，武昌之樊山，嶽州之巴陵，辰州之淑浦，湖南之寶床、茶陵。吳越之茶則有湖州顧諸之紫荀，福州方山之生芽，洪州之白露，雙井之白毛，廬山之雲霧，常州之羨池州之九華，丫山之陽坡，袁州之界橋，眭州之鳩坑，宣州之陽坑，金華之舉岩，會稽之日鑄。皆產茶有名者，其他尤多。"關於茶的經濟價值，《本草綱目》稱："茶之稅，始於唐德宗（780—805年），盛於宋、元，及於我朝，乃西番互市易馬。夫茶一木爾，下為民生日用之資，上為朝廷賦稅之助，其利博哉。"這都是研究茶葉發展史的有用史料。
《本草綱目》記載了常見的糧油加工產品，豆腐、醬、醋、燒酒、飴糖、神曲、紅曲、豆豉、豆油、芝麻油、糕等，有的記載了加工的技術操作過程，有的分析其營養價值。例如對紅曲的製作技術，有甚詳細的記載。紅曲具有"消食活血、健脾燥胃、治赤白痢、下水穀"的功效。"本草不載，法出近世，亦奇術也。"
《本草綱目》的果部和木部記載了常見果木、林木的生長環境、形態、嫁接、移植技術、蟲害的防治等，保留了許多古代林業知識。
《本草綱目》研究了這些果、木的根、莖、花、葉、果實、寄生物、分泌物，保留了不少有價值的林業生產資料。