等五篇重要的學術思想論著，這是韓愈新儒學思想形成的重要標誌。
第三階段39-53歲，即從憲宗元和元年(86年)到元和十五《答竇秀才書》。
李翱《韓吏部行狀》。
年，主要是作為學官和朝官，反對宦官幹預政事，反對軍閥進行封建割據，努力維護國家的統一。
韓愈《石鼓歌》詞雲：“憶昔初蒙博士徵，其年始改稱元和。”元和元年六月，韓愈被召自江陵歸，任權知國子博士，這是轉回京師任職政治上多次起伏的開始。他不願在京師受謗被排斥，自請以權知國子博士分司東都，以便照顧堂兄的遺屬。從事其職3年，始改為真博士。韓愈把教育青年視為極有意義的事業，樂意加以接待和引導。
《舊唐書韓愈傳》說：“而頗能誘厲後進，館之者十六七，雖晨炊不給，怡然不介意。大抵以興起名教、弘獎仁義為事。”記述了他當時教育活動的情況。
以後幾年，官職或升或降，相繼遷調為都官員外郎、河南縣令、職方員外郎、國子博士、比部郎中、史館修撰、考功郎中、中書舍人、太子右庶子等。
元和四年，“為都官員外郎分司東都判祠部，中官號功德使司京城觀寺，尚書斂手失職，愈按《六典》，盡索以歸，日與宦者為敵，怨言詈辭，狼籍公牒”堅決與宦官鬥爭，盡職履行國家的製度。
元和五年，“改河南縣令，日以職分辨於留守及尹，故軍士莫敢犯禁。”韓愈忠於職守，政紀嚴明，有犯必究，因此能維護社會秩序。
他在任河南縣令期間，青年從其問學者不斷，如楊之罘，自中山來，“館置使讀書”，還為他提供學習生活條件。楊之罘歸家後，韓愈作詩招之，請其複來共學。
元和七年，由職方員外郎降職為國子博士。仕途的挫折，產生懷才不遇之感，為不平之鳴，因作《進學解》，以師生問答的形式，在自我解嘲之中，誇述自己的學業行事，批評當政者用人不公，沒有因材洪興祖：《韓子年譜》卷二。
李翱《韓公行狀》。
《招楊之罘一首》，《韓昌黎集》卷五。
使用。這篇著作公開傳播後，引起當政者的重視，成為改變任用的一個因素。
元和八年，改任為比部郎中史館修撰，其任命書說：“太學博士韓愈，學術精博，文力雄健，立詞措意，有斑馬之風，求之一時，甚不易得。加以性方道直，介然有守，不交勢利，自致名望。可使執簡，列為史官，記事書法，必無所苟，仍遷郎位，用示褒升。”對韓愈的學術修養和為人品德，都作了高度評價。
元和十一年，統治集團內部對淮西吳元濟叛亂采用何種對策，意見不一。韓愈上《論淮西事宜狀》，獻議用兵淮西，指出最高統治者對形勢缺乏認識，不能及時決斷，如朝廷斷然用兵，勢必取得勝利。
韓愈的主張與裴度一致，這是他維護統一的中央集權統治的實際體現。
元和十二年，新受命的宰相裴度，統兵討伐割據淮西的吳元濟，請以韓愈兼禦史中丞、充彰義軍行軍司馬。韓愈視此行是為唐王朝統一大業效力的關鍵時機，多所謀議。他先行出發，勸說汴軍都統韓弘聽命於朝廷，並獻乘虛奔襲蔡州之策，為裴度所倚重。不久，淮西平定，因立功升遷為刑部侍郎，加入了高級官員的行列。