2000年，全縣連續遭遇幹旱、冰雹等災害，尤其是旱災，為多年來所罕見。祁連、旦馬2鄉糧食幾乎顆粒無收，草場未能返青；大紅溝、東坪、西大灘等鄉的糧食作物大部分未能出苗。7～8月份，打柴溝、西大灘、賽什斯等14個鄉鎮又連遭冰雹襲擊和霜凍。全縣因災造成糧食作物減產2767萬公斤，油籽減產368.6萬公斤，死亡大畜1150頭（匹），小畜5952隻，洪水衝壞民房和牲畜棚圈3672間，造成各類經濟損失3781萬元，受災人口18.6萬人，成災人口12.64萬人。縣上先後下撥救災款185萬元，救災糧75萬公斤，麵粉15萬公斤，重點安排了重災區的群眾生活。
2001年，全縣遭受特大旱災，春播前後的60多天無降水，致使部分耕地無法下種，下種的農作物出苗期推遲，大部分鄉鎮農作物出苗率隻有50%～70%，旦馬、大紅溝、祁連、哈溪尤為嚴重。水庫蓄水量占曆年同期的60%，大部分河流來水量減少3～5成，部分人畜飲水管道、機井和水窖已斷流幹涸。秋季鬆山、大紅溝、哈溪、天堂、東坪、朱岔、賽什斯、炭山嶺、石門、柏林、安遠等11個鄉鎮的42個村先後遭受嚴重冰雹、洪水災害。全縣農作物受災麵積29.56萬畝，絕收9.86萬畝，大小畜死亡4.2萬頭（隻），全縣農牧業直接經濟損失6652萬元。受災人口17萬人，成災人口16.2萬人。省地安排天祝縣救災款151萬元，縣上下撥各鄉鎮救災款280萬元對災區進行救助。
2002年，石門等鄉鎮遭受了特大洪水、大麵積病蟲害、高溫幹旱、強冰雹等災害，農作物受災麵積達28.96萬畝，占總播種麵積的90.21%。洪水衝毀倒塌民房244間。各類經濟損失5531萬元。受災人口16.2萬人，成災人口14.2萬人。災情發生後，上級部門安排救災款125萬元，縣上下撥各鄉鎮口糧救災款180萬元，動員社會力量籌措資金164萬元，省慈善總會向受災嚴重的大紅溝鄉捐贈麵粉5萬公斤，解決了災區群眾生活困難。
2003年，朱岔、柏林、賽什斯、打柴溝、東大灘等15個鄉鎮遭受多次冰雹、暴洪、雪凍、青秕等多種自然災害，致使39540戶168417人受災，農作物受災麵積24.83萬畝，成災麵積22.7萬畝，造成直接經濟損失6011萬元。上級下撥救災款210萬元，縣上下撥各鄉鎮救災款220萬元。同時，安排災民建房補助款66萬元，使5個鄉鎮220戶災民建房842間，當年遷入新居。
2004年，遭受了雪凍、霜凍、幹旱、暴雨、洪水、冰雹、山體滑坡等多種自然災害，19個鄉鎮的農作物均遭損失，道路、農田、渠道、人飲工程和學校、民宅等程度不同受損，全縣共受災18.4萬人，農作物受災31.6萬畝，成災31萬畝。凍死牲畜2030頭（隻）。其中，大畜688頭，小畜1342隻。房屋受損934間（倒塌27間）。山體滑坡致2人死亡。造成直接經濟損失1.14億元。共下撥各鄉鎮救災款240萬元，安排建房資金30萬元，確定建房對象100戶，新建房屋459間。
2005年，全縣遭受嚴重幹旱、霜凍、洪水等多種自然災害，造成農業經濟損失5099萬元，致使4.1萬戶18.4萬農業人口人均減收277元，群眾生產生活受到嚴重影響。縣上累計下撥救災資金410萬元，對9名農村癌症患者免費發放價值5萬元的藥品，對50多名因病、因災致貧的特困戶、殘疾戶解決救助款4萬多元。發放救災衣物3萬多件。完成災民建房179戶。
（二）抗震、抗洪救災
1.天祝、古浪、景泰6.2級地震救災
1990年10月20日，天祝與古浪、景泰3縣交界處發生了MS6.2級中強度破壞性地震，使天祝的鬆山、東大灘、錢寶3鄉的33個村、3450戶、17588人受災，造成經濟損失總額5749.9萬元。
縣抗震救災指揮部及下設後勤組現場辦公室、社會治安組、醫療組、物資供應組、災情調查組等，分頭展開抗震救災應急工作。共搭設帳篷245頂，防震棚791間，修複牲畜棚圈1690間，無償發放獸醫藥品價值1.05萬元，災民醫藥品2000多元，救災麵粉13075公斤，煤炭186噸，洋芋8000公斤，油渣4000公斤，竹簾子410捆，毛氈322條，棉毯1269條，發放應急賑災皮大衣、棉大衣、棉褲、棉鞋等2921件（雙），舊衣物35000件，各類捐款16.28萬元，使災民生活初步得到了安置，迅速恢複了自救生產能力。隨後，國務院撥專款748萬元，用於災區重建家園。