中部地區
1.農業勞動力具有整體年齡偏大和文化素質偏低的共性，同時又表現出地區之間的差異性。農業勞動力年齡明顯偏大，文化素質明顯偏低，製約著農民接受新知識、新技術和新觀念，阻礙著新農村建設的順利進行。在提高收益和致富的路徑選擇中，越是貧困和資源稟賦差的地區，農村青壯年勞動力向外部轉移的“拉力”和“推力”的作用越大，而城郊等較發達的農村，從事農業和農閑非農產業的兼業勞動力相對較多，從而使得大部分的農村青壯年勞動力留在當地。文化的差異主要是山區的特種種養業的現實和預期利潤吸引了部分高中以上畢業創業者的視覺，而糧食主產區的大田生產對技術和文化的要求相對較低，缺少了對具有較高文化人力資源的吸引。
2.基層科技支農沒有形成有效的傳導機製和模式。調查地區科技支農運行機製沿襲“三級製”（縣、鄉、村）網絡體係，在“自上而下”的工作機製下，其農業科技服務的對象和目標更多的時候體現在上級領導的政績和各級政府自身的利益，而不是技術需求主體——農民的利益，因而存在較大的供需缺口。
3.基礎設施仍舊薄弱。表現在“五通”（通路、通水、通電、通電視、通通訊）的不通暢：一部分村沒有通公路，大部分村沒有實現鄉村道路硬化，造成農村農產品和城市工業產品交換的交易成本高昂，嚴重製約了農村經濟的發展和脫貧的步伐。二是人畜飲水和山區灌溉存在較嚴重的季節性缺水。在較長期的農業增產不增收和農業稅費取消帶來基層財政更加困境的情況下，大部分骨幹山塘和小型水庫以及渠道多年失修，抗旱功能大為弱化，一遇區域性幹旱，缺水問題隨之發生。三是農村電網改造不到位，偏遠地區電價過高。四是電視和通訊沒有解決“最後一公裏”問題：一部分村組沒有網絡等現代信息服務。
4.農村合作經濟組織建設滯後，農民缺乏與市場和政府的對話權。轉型時期農民合作賴以發生的誠信社會基礎弱化和可信賴的地方精英的流失，調查地區農民的組織化程度整體處於較低水平，在與市場和政府的交易中成本高昂，而且在諸如農業科技服務等公共產品“維利”中失去了與各服務主體之間平等對話的權利。在社會主義新農村建設的過程中，能為農民真正提供各種“維利”和話語權的集團滯後於市場經濟建設，製約了“小農戶”與“大市場”的有效對接，滯緩了農民的致富進程。
5.新農村建設投入嚴重不足，沒有形成多元化融資機製。地方政府財政收入遠遠不能滿足新農村建設的資金需求。並且，在新農村建設的資金來源上，除了財政支持外，其他形式的融資渠道量少而狹窄。這樣的資金投入，對新農村建設難以產生強的牽引作用和實質性的效果。
西部地區
1.人多地少，農民增收後勁不足。近年來，雖然各地加大了農業結構調整和科技推廣力度，但農村土地有限，加之農業生產方式落後，因此僅靠現有土地和種養方式很難實現農民收入的突破。與此同時，西部地區農村二、三產業發展緩慢，經濟效益普遍偏低，對農民增收的支撐能力弱，農民從事二、三產業收入較少，農民增收後勁不足。
2.農村基礎設施和農業生產條件改善投入嚴重不足。近年來，盡管隨著西部大開發戰略的大力推進，甘肅農村基礎設施建設投入力度不斷加大，農業生產生活條件不斷改善提高，但總體來看，農村基礎設施投入嚴重不足。調查顯示，由於受農村基礎設施投入不足的製約，部分行政村灌溉和生活用水利設施嚴重老化，導致水資源浪費。同時村上不存在進行科技服務活動的場所，沒有文化設施，村民一般不進行集體文化生活，也沒有生產和生活垃圾、汙水等處理設施，從而很大程度上影響了農村居民的正常生產和生活。
3.農產品粗放生產，加工能力低，產業化經營尚處在初級發展階段。目前西部地區部分地區在農作物種植和畜產品養殖過程中，更多地追求數量的增長，不注重質量的提高，更忽視了品牌效應，盲目效仿和低水平重複時有發生，且多以零散種養為主，尚未形成規模效應和集約效應。與此同時，農產品加工大多停留在初級生產和加工上，精深加工很少，因而農產品科技含量低，附加值不高，競爭力較弱。此外，農戶與加工或營銷企業沒有結成真正的利益共同體，合同不規範，訂單屢約率較低。