東部地區
1.耕地麵積大幅減少。農業的發展離不開耕地，但隨著東部地區工業化城市化進程的加快，大量耕地被占。例如，到2002年底，江蘇省人均耕地量僅為1畝，遠低於全國平均水平151畝，更低於世界平均水平336畝。江蘇省的一些經濟發達地區耕地減少更是令人咋舌。以太湖地區為例，隨著蘇州新加坡工業園區的建立，滬寧、滬杭高速公路的開通和新長鐵路的建設以及密集型城鎮群的大規模擴張，從1990年到1995年，5年內全區耕地麵積下降59％，共1595萬畝，人均耕地從068畝下降到062畝。在南京至上海一線，從20世紀60年代到90年代末期，短短30年內滬寧走廊地區城市麵積已經急速增加了400%以上。大多數被占耕地中將因為土壤中有機質受到破壞而無法恢複到原來狀態，耕地的減少是難以恢複的。
2.農村稅費製度改革後，鄉鎮村級基層政府人員精簡，導致基層政府管理能力下降。取消農業稅以後，縣鄉財政收入減少，債務負擔沉重。有限的財政收入不再能夠養活過去那麼多鄉鎮機構和鄉鎮幹部了，形成稅費改革倒逼鄉鎮體製改革。最近幾年農村撤鄉並鎮，合村並組，精簡機構，裁減人員的改革取得明顯成效，但新的問題又出現了，基層政府的人力、財力嚴重短缺使其無法管理那麼多的事務，隻能應付上級領導，對推進社會主義新農村建設是不利的。
3.農業生產規模不經濟導致農產品缺乏競爭力。東部地區的農業生產仍然是由分散的家庭經營為主體，帶來了小規模、高成本、低效率，這樣的規模不經濟導致農業生產標準化難以實施，農產品質量也缺乏競爭力。規模不經濟使得優勢農產品難以形成規模化生產。農產品規模化程度低是農產品進入市場、開拓市場的主要障礙，尤其在優質、無公害和特色農產品生產方麵表現更為突出。小規模生產使得農產品標準化難以實施，容易遭到外國綠色壁壘的製約。標準化是實現農產品質量安全必要的、充分的條件。不進行標準化生產，就生產不出符合要求的優質農產品的無公害、綠色、有機農產品，農產品加工也就失去了達標的原料。在農產品需要開拓國內外市場的情況下，標準化生產已到了非抓不可的地步。
4.農民文化水平較低導致對農業科技有效需求不足。農戶是實現農業科技向生產力轉化的重要一環，技術最終還須依靠農戶的使用才能推動農業的發展。農戶對農業科技的偏好受到農戶規模、農業自然條件、農業市場組織、農產品目標市場消費者的偏好、農戶文化水平等多種因素決定。在這些製約因素中，農戶文化水平是決定農業科技使用效率的決定因素。采用農業科技本身需要農民具有一定的科學文化知識。現代農業技術已不同於以往，很多結合了生物學、化學、信息科學的知識，同時農機用具也日益機械化、自動化。農業生產不再是簡單的體力勞動，需要勞動者能夠處理一些與生產相關的技術問題。
5.農民環境意識仍然較薄，難以自覺降低環境汙染和農產品藥物殘留。近年來，農民衣食住行發生了巨大變化，但同時由於農民的環保意識薄弱，自覺性低，造成農村環境嚴重汙染，如村前村後垃圾成堆，田間地頭廢棄的塑料製品飛揚，河流小溪汙濁不堪。農村經濟發展了，環境卻在惡化，亟須要通過社會主義新農村建設進行改善。
6.農村公共服務能力嚴重滯後。目前農村社會事業和基礎設施與城市的差距很大。農村上學難、看病貴、社會保障水平低、公共設施薄弱等問題相當突出。由於上學學費高、考大學難，很多農村學生初中畢業就輟學了。由於農村醫療設施差，看病收費高，農民往往是小病不治、拖成大病；大病看不起。除了蘇南開始進行農村社會保障試點外，全省大部分地區的農民還不能像城市居民那樣享受最低社會保障，嚴重製約農民生活質量的提高和農村社會的全麵進步。