因此，朱熹堅決主張應該把《太極圖說》列於《通書》之前，認為若不如此排列哈“使先生立象之微旨，暗而不明，驟而語夫《通書》者，亦不知其綱領之在是也”。朱熹的這個看法著眼於周子思想形成的曆史順序，強調第一步是立象，第二步是為說，第三步才是作《通書》，主張應按照這個發生學的順序來把握他的思想體係的內在的邏輯結構。
後來《濂溪學案》改變朱熹的排列次序，把《通書》列於《太極圖說》之前，主要理由隻有一條，即有人懷疑《太極圖說》源於道教的傳授係統，在意識形態上比不上《通書》那樣純粹無疵。實際上，這個理由隻反映了一種狹隘的門戶之見，並不能推翻朱熹的看法。如果朱竟當年能夠擺脫意識形態的考慮，不去故意否認周敦頤出入佛老的事實，聯係到唐宋以來儒學發展的總的曆史線索，公開標榜理學的本質在於以儒為主，三教合流，也許不至於在考據上陷入被動，給後人的攻擊留下口實。
關於《太極圖說》是否直接源於陳摶的《無極圖》或《道藏》的《真元品》，這個問題是可以通過旁征博引的考據愈辯愈明的。但是，僅就周敦頤本人現有的著作而論，他的思想體係的形成曾經借助於佛道二教，確是一個不爭的事實。其《讀英真君丹訣》詩所說“始觀丹訣信希夷，蓋得陰陽造化機”，表明他是通過研讀道教的內丹典籍，開始領悟到《周易》的陰陽哲學的原理。其《讀易象》詩表明他對易象的重視。姑無論這個易象是他自立或是本於他人所立，總之是一個象征“陰陽造化機”的宇宙生成論的圖式，而“陰陽造化機”則是得力於道教的啟發。其《題大顛壁》詩表明他不同意韓愈排佛的思想，主張應對佛教有同情的了解。在《養心亭說》一文中，他公然批評孟子的“養心莫善於寡欲”的說法，認為“予謂養心不止於寡焉而存耳，蓋寡焉以至於無”。無即無欲，這是佛教的心隆修養的方法。
仔細玩味周敦頤的言論，其宇宙論的思想主要是汲取了道教的營養，其心注論的思想主要是汲取了佛教的營養。至於其對待佛道二教的態度，則表現得十分微妙，似乎是傾向於與道教結成聯盟來共同回應佛教的挑戰。他所說的“一部《法華經》，隻消一個艮字可了”，就是表明他是企圖用儒道所共同崇泰的《周易》來取代佛教。
佛教是一種外來的宗教，從南北朝到隋唐時期，迅速擴大了勢力。它以自己特有的一套精致的思辨哲學和超凡成佛的心注修養方法征服了玄學，不僅向儒學提出了嚴重的挑戰，也成了道教的一個勁敵。中國傳統的天人之學以及自然主義與人文主義相結合的文化價值理想麵臨著一場危機，儒學的正統地位也發發可危了。當時佛教對儒道二教的攻擊之勢是咄咄逼人的，特別是針對著儒道二教的理論基礎即宇宙和心注論進行攻擊，認為過於淺薄，是一種根本不能與佛教相抗衡的“執迷”之說。比如唐代華嚴宗大師宗密在《原人論》中指出，“儒道二教說人畜等類，皆是虛無大道生成養育，謂道法自然，生於元氣，元氣生天地，天地生萬物”，這種宇宙論隻相當於小乘佛教所說的空劫階段，“不知空界已前早經千千萬萬遍成住壞空，終而複始。故知佛教法中小乘淺淺之教，已超外典深深之說”。至於在心注論方麵，宗密認為，由於儒道二教不知“迷悟同一真心”，”。
已外的無別法，元氣亦從心之所變”，把“內四大”與“外四大”執為實有，不能“直顯真源”，揭示心注的本質，所以在理論上存在著一係列的破綻，難以自圓其說。最後宗密把問題提到究竟何為“本源”的哲學高度批評儒道二教說：“二教惟權，佛兼權實。策萬行，懲惡勸善，同歸於冶，則三教皆可遵行；推萬法，窮理盡性，至於本源，則佛教方為決了”。“哀哉寡學，異執紛然！寄語道流，欲成佛者，必須洞察粗細本末，方能棄末歸本，返照心源”。這意思是說，既然儒道二教以元氣為本源的思想如此淺薄，比不上佛教以本覺真。已為本源的思想，就應該用佛教來取儒道二教，用外來的宗教來取代中國的傳統文化。
這種思想鬥爭的形勢是極為嚴峻的。就儒家來說，如果不突破漢唐經學注疏的藩籬，在宇宙論和心注論方麵有所建樹，從天道性命的哲學高度為當時的人們提供一種足以取代佛教的新型的世界觀，就無法保住儒學的正統地位，而中國的傳統文化也將由此而淪喪。