除劉寅、趙本學外還有鄭靈、陳天策、李貴、周國雝、何守法、郭良翰、黃華暘等人的注本。由於這時期《武經七書》係統占主導地位，注《孫子》者多以《武經》為底本，《十一家注》本在相比之下，是被冷落了，但其刊本還是有的。這裏值得特別提及的，則是戚繼光的《紀效新書》和《練兵實紀》，以及茅元儀的《武備誌》。戚繼光根據自己在浙東長期抗倭的實踐經驗對孫子思想多有發揮。例如他要求將帥“常察士卒饑飽、勞逸、強弱、勇怯、材技、動靜之情，使之如依父母”，如此才能“氣和”、“心齊”，“指呼如一人”。論賞罰，他說：“如該賞者，即與將領有不共戴天之恨，亦要錄賞，患難亦須扶持；如犯軍令，便是親子侄，亦要報施恩仇。”論軍紀，他又說：“殺敵隻是萬人一心，強者不得先進，弱者不得後退。如臨敵敢有一人非令進，即斬賊首得馬而還，亦以違令，軍法從事。”凡此種種顯然都是對孫子思想的新發揮。在其《止止堂集?愚愚稿》中，又對十三篇文字做了若幹解釋，如謂孫子“詭道”之說乃反映“詭其形以示敵，非在我治兵為將、存心製敵、發號施令俱要詭也”，就很有見地。他對孫子所抱的“師其意不泥其跡”的態度，無疑也是正確的和可取的。至於茅元儀，他在《武備誌?兵訣評》中對《孫子》也發表了一些有價值的意見。如謂《九地篇》“四五者”乃“此三者”之誤，就頗有見地。他對《孫子》的評語“前孫子者，孫子不遺；後孫子者，不能遺孫子”，也可謂至理名言。
明代還有一部仿《孫子兵法》的軍事著作，即嘉靖萬曆年間何守法的《投筆膚談》。該書本《孫子》“遺旨”，也寫成十三篇，篇名與《孫子》相參，而文義則別，是以《孫子》思想為指導，結合曆代戰例，提出了自己的見解。他看出了戰爭有“義”與“不義”之分，而且注意到了士卒的作用。雖然其中也夾雜一些“天命”之類的東西，但總的說，它在明人的軍事著作中也不失其為一部有價值的作品。
（六）清代孫校《十家注》的問世與孫子兵學的進一步繁榮
清乾隆時期修《四庫全書》，世人多以其為文化史上的盛舉。其實，它與秦始皇的焚書相同。秦始皇的焚書、曆代皇帝的聚書，清修《四庫全書》，其目的都在於統治思想，僅僅是變換手法而已。清修書時曾大肆搜索民間的藏書，而收入四庫的《孫子》隻有白文本(《武經》本)一種；收入《四庫》各書，凡被認為有“違礙”者都被刪改；不收入的，也有的被抽毀，有的被全毀。我們由此可以明白：為什麼明代的《孫子注》有那麼多，而失傳的數量也很大；甚至有些書外國有而我們本國倒沒有，有的書還要從外國倒傳回來。可見清代修《四庫》也是孫子兵學史上一大厄運。
《武經七書》(清康熙以後隻用三書試士)流行最廣的時候，也就是它流行最濫的時候；它流行最濫的時候，也就是它快要停止流行的時候。這個轉變的契機，就是孫星衍校《十家注》的問世。孫星衍以《道藏?孫子集注》為底本，以《通典》、《太平禦覽》為主要根據，對傳本各注家在編排時代上的混亂現象做了訂正，對十三篇文字也做了許多校改，並據《宋誌》改稱《孫子十家注》。孫校本乃近世流傳最廣、影響最大的孫子書，其成就和貢獻自不容抹殺。其校說也頗有善者，如謂《虛實篇》的“出其所不趨”應改為“出其所必趨”，《勢篇》的“以碫投卵”之“碫”應從“段”作“碫”等，都是有價值的校說。孫校刊本，當以嘉慶二年究州本為最早，後又收入《岱南閣叢書》，鹹豐、光緒間也有幾種刊本，再後又有中華書局《四部備要》本、世界書局《諸子集成》本等。
除孫校本外，這時期的注本還有多種，如鄭達《孫子附解》、鄭端《孫子彙征》、魏源《孫子集注》等。王念孫、牟庭、淩堃、汪宗沂等也都有校本，惜多不傳。清末注家，可堪稱道者，唯黃鞏與顧福棠兩家耳。黃氏《集注》對十三篇文字提出不少校釋，雖不乏牽附之處，但善者亦頗有注。顧福棠的《孫子集解》多引外國戰史，並試圖用資產階級的觀點來解釋《孫子》，這也是前所未有的。而值得特別注意的則是於鬯，他在所著《香草續校書》中對十三篇文字共校訂了六十多條，其中有價值者頗不少。如解《作戰篇》“兵聞拙速，未睹巧久”雲：“孫子之意不過欲極言久之無巧，而非敢言速之無拙；蓋久必拙速必巧。然因過速而取敗者亦有之矣，是拙速也。而卒無因過久而巧者。兩者相較，究貴速不貴久，而豈有貴拙之意乎！”此實道前人之所未道，又如同篇“近於師者貴賣，貴賣則百姓財竭”，曆來注家皆隨文衍義，故上下文意多有不通。而於說則謂“百姓”二字乃衍文，此雲“財竭”乃指軍中，非指百姓。如此，則問題遂得以完滿解決。不過，於說也有牽附之處，如謂《九地》“入深則拘”之“拘”應訓“健”，就是不對的。此外，葉大莊的《退學錄》(卷二)也校有十餘條，但較之於說，則不達遠甚。這裏需要補充的還有：王念孫校的抄本雖不可得見，但他的名著《廣雅疏證》卻多次引用《孫子》之言以釋古訓。古音韻學家江有誥的《音學十書》和姚文田的《古韻譜》，也均辟有《孫子韻讀》。這都是前所未有的。據上可知，由於以孫星衍、於鬯、王念孫、孫治讓等大師為代表的學者們的努力，清代的孫子兵學在文字校勘和訓詁上是有重大突破的，這是這時期的重大成就。這種成就就其對孫子兵學在其發展的意義上說，並不亞於漢代的編訂與宋代的“欽定”。同時，我們也可以看到，孫子兵學的發展既不能脫離各個時代的環境條件，也就帶著各個時代的特點。