第二次是武帝時楊仆“紀奏兵錄”。張、韓所定三十五家兵法，至“諸呂用事而盜取之”。武帝以“書缺簡脫”，“於是建藏書之策”，因而有楊仆“紀奏兵錄”之舉，其時間據餘嘉錫先生的考證，是在元朔五年(前124)至元狩四年(前119)之間，司馬遷開始撰寫《史記》則在太初元年(前104)，即在楊仆奏錄之後不久，司馬遷既曾大量檢閱金匱石室的藏書，故必得見楊錄；司馬遷又說：“世俗所稱師旅，皆道《孫子》十三篇。”所以，我們也可由此推知：楊仆奏錄當是在張、韓序次的基礎上進行的，它的體製也是十三篇。
第三次是成帝時任宏“論次兵書”。當時朝廷“以書頗散亡，使謁者陳農求遺書於天下”，《孫子兵法》亦在搜求之列。由劉向任校書的總負責人，任宏以步兵校尉負責專校兵書，並分類為四即“權謀”、“形勢”、“陰陽”、“技巧”。《孫子兵法》被列為“權謀”之首。劉向死後，其子劉歆就把任宏所校錄入《七略》之《兵書略》，其分類亦仍任宏之舊；此外，班固又采《七略》而刪其要以入《漢書?藝文誌?兵書略》，《孫子》題曰：“《吳孫子兵法》八十二篇，圖九卷。”
本書是十三篇，這時卻成了八十二篇，圖九卷，其原因何在?有人說這是“兩種傳本”，也有人說這八十二篇是由十三篇“擴充”而來，究竟哪種說法更接近事實呢?看來，最大的可能是：八十二篇乃是以十三篇為主體，另合其後學所衍繹，附益的六十九篇而成；原來十三篇的基本體製似乎並未打亂而保存於八十二篇之中了。《通典》、《太平禦覽》以及張預、何氏等家注文所引《孫子兵法》逸文，從其內容多係補充、解釋十三篇來看，可以都是屬於這六十九篇的東西；至於陣圖，亦當如此。
我國古代典籍的體製，原來大都比較繁亂，至劉向，始各標篇目，厘定次序，並命以書名，從此始成定製。我們現在所見十三篇的篇名和順序，很可能就是劉向、任宏確定下來的。而臨沂漢簡，由於寫成於校書之前，尚未形成定製，所以無論是篇目或次序，與今本相較，都有許多出入。
（二）三國時期曹操注解《孫子》的開始及其影響的擴大
三國時代，由於中國曆史由統一走向分裂，又由分裂走向統一，戰爭的勝負關係著各自的命運，所以，同東漢時期形成鮮明對比，《孫子兵法》又受到重視。諸葛亮因街亭失守而斬馬謖，蔣琬曾深表惋惜，諸葛亮揮淚說道“孫武所以能製勝於天下者，用法明也”。孫權也曾教其大將呂蒙與蔣欽“急讀《孫子》”。司馬懿老謀深算，常常引用孫子之言以指揮戰爭。袁紹、張郃、鄧艾、鍾會自不用說，連袁煥、滿寵、丁奉、和洽、陳群與辛毗等人的傳記或傳注中都保存有關於他們如何運用孫子的原則去指揮戰爭，或評論戰事的資料。但他們都偏重在實用，對孫子兵學理論的發展並沒有作出多大貢獻。既能創造性地運用《孫子兵法》，又對孫子兵學的發展作出重大貢獻的人則是曹操。三國時，去先秦年代已遠，某些古語，不加注解則難通其意，且經過東漢時期的衰落，故對《孫子兵法》作注便成了必要。而曹操其人，眾所周知，不但行軍布陣“仿佛孫吳”，“因事設奇，請敵製勝，變化如神”，而且“博覽群書，特好兵法”，對《孫子兵法》備加讚賞，說“吾觀兵書戰策多矣，孫武所著深矣”。不僅如此，他又在戎馬倥惚之際為《孫子兵法》作注，從而使孫子兵學進入了注解的新時代。他的注解簡明質切，最為後世所推重。他還常常根據“禦軍三十年”的經驗，提出自己的體會和見解。如說“安不忘危，常設備也”，“禮不可以治軍也”，“以十敵一則圍之，是將智勇等而利鈍均也；若主弱客強，不用十也，操所以倍兵圍下邳生擒呂布也”，以及“城小而固、糧饒，不可攻也，操所以置華、費而深入徐州得十四縣也”，等等。這就不但更好地解釋了孫子的原意，而且又豐富和進一步開發了孫子的思想。不過，他的注也並非沒有缺陷，有時往往失之過簡，言不盡意，而且也有失誤，如謂《形篇》“九天”、“九地”之“天”、“地”乃實指天時、地利等即是。
曹注《孫子兵法》最早見於《三國誌?魏書?武帝紀》注，以後，隋、唐、宋的官私書目也多於著錄，《宋史?藝文誌》又錄有《魏武?王淩集解》、《曹蕭（吉）注》、《曹杜（牧）注》與曹、杜、陳（皞）、賈（林）、孟氏《五家注》等好幾種合刻本，而且都是以曹注為首。這說明在宋代以前，《孫子》主要是靠曹注流傳的，同時，也標示集注的開始。到了宋代，曹注本被收入《武經七書》，又與其他十人之注彙集於《十家注》和《十一家注》，形成了《孫子》書的兩大傳本係統。
（三）隋唐時期杜牧等注家的蜂起與孫子兵學的初步發展
隋唐時期，隨著統一帝國的再建和封建經濟文化的恢複發展，孫子兵學開始進入注解的繁榮時期。