北京大學要建設成世界一流大學，需要一個長期的過程，而任何一所世界一流大學的建立首先在於現代大學精神的健全與完善。在二十世紀初，北京大學便開始建設自己的獨立辦學事業，嚴複、蔡元培、陳獨秀、蔣夢麟、胡適，等等，都曾為北大獨立的精魂的確立而思索、奔波和呐喊。然而，由於種種複雜的曆史和政治原因，他們開創的精神傳統曾幾度麵臨斷層的痛楚。而後來社會主義市場經濟的風起雲湧又使北大屈從於社會環境的壓力，變得日趨浮躁、短視和功利。北大人如何走出思想依附與急功近利的思維怪圈，而逐步走向理性和成熟，行動更加理智，思考更加全麵，心態更加平和，這無疑是北大必須解決的重大課題。
北大精魂的誕生
北大精魂的開創者首先歸功於蔡元培先生。蔡元培曾在德國萊比錫大學研究大學教育，深受現代教育之父洪堡的思想影響。他認為，大學是人格養成之所，是人文精神的搖籃，是理性和良知的支撐，但不是道德楷模，不是宗教之所。大學者，研究高深學問者也。囊括大典，網羅眾學之學府。
【蔡元培提倡的“思想自由，兼容並包”原則成為北大的精魂】他還說，大學並不是販賣畢業證的機關，也不是灌輸固定知識的機關，而是研究學理的機關。
蔡元培認為，學與術可分為兩個名詞，學為學理，術為應用。治學者可謂之“大學”，治術者可謂之“高等專門學校”。
他說，一個民族或國家要在世界立得住腳——而且要光榮地立住——是要以學術為基礎的。尤其是在這競爭劇烈的20世紀更要依靠學術。所以學術昌明的國家，沒有不強盛的。反之，學術幼稚和智識蒙昧的民族，沒有不貧弱的。
教育有隸屬於政治者，有超軼乎政治者，前者是專製時代的產物，後者是共和時代的產物。
大學教員所發表之思想，不但不受任何宗教或政黨之拘束，亦不受任何著名學者之牽掣。苟其確有所見，而言之成理，則雖在一校中，兩相反對之學說，不妨並行，而一任學生之比較而選擇，此大學之所以為大也。
學術上的派別，是相對的，不是絕對的。所以每一種學科的教員，即使主張不同，若都是“言之成理，持之有故”的，就讓他們並存，令學生有自由選擇的餘地。(《蔡元培教育文選》，人民教育出版社)
在蔡元培心目中，大學是社會的特區，文化建設的實驗場。他在北大倡導進德會，戒酒，戒賭，戒嫖，培養正直的德行。
學校的腐敗，是因為把求學當做做官發財的手段——許多人為了將來做官，多選擇法科而不重視文科和理科。知識分子要成為社會的棟梁，但不是做官吏、議員；要在社會墮落、政治腐敗的濁世中做伸張正義的清流之士，做勇敢的人，與鄙俗鬥爭。
蔡元培以兼容並包的原則治校，延聘當時不同傾向、不同主張的文化精英薈萃北京大學，有傳統的，也有反傳統的，有受英國、法國、德國、美國、日本及蘇俄等不同國家文化思潮影響的學術名流，北大很快形成了全國文化中心，蔡元培把20世紀中國現代文化運動推向了高潮。
北大中文係的一位教授，曾在一篇文章中對蔡元培先生開創的北大精神傳統給予了總結。他認為，北大傳統是以培養具有獨立批判意識的思想家型的人才為主，著眼於民族的、人類的長遠利益，培養為未來國家、人類的發展提供新理想、新思維的思想家、人文學者。它所培養的各類專家，也不是操作型、技術型的，而應該是思想者，是本專業新的學術思想、新的研究領域、方向，新的技術、方法的開拓者。北大的教學與學術研究更注重於基本學理與基礎理論，更注重原創性、開拓性與超前性，更注重自然學科、社會學科與人文學科的相互吸取與綜合。為此，他特別強調思想自由，強調作為北大傳統的兼收並蓄、容納多元思想文化的寬容精神，強調拿來人類文化寶庫中的一切遺產的寬闊胸懷，為更大膽的，更解放的，更富有創造力的思想學術開辟道路。