十年內亂給黨和國家的各項事業帶來了深重災難，其中文化教育係統更是首當其衝，成為這場災難的“重災區”。文化大革命把教育為政治服務、為階級鬥爭服務的極左原則，推到了頂點，它以“空白”論全盤否定建國17年以來的教育及教師隊伍，企圖利用胡亂編造的各種條條框框，來“改造”逐步完善的社會主義教育體係，在理論上和實踐上給社會主義教育事業造成了極其嚴重的損害。
1966年5月，“文化大革命”在全市各級各類學校相繼展開。蘭州教育界先是“停課鬧革命”，使學校教育秩序陷於混亂，接著開展“奪權鬥爭”，批“反動學術權威”，揪“走資派”，學校領導及教師遭到批判，使教育機關陷於癱瘓。幾經“鬥批改”、“反回潮”、“學朝農”等所謂“教育革命”的折騰，使許多教師、幹部蒙冤受辱，正常的教學活動趨於停滯。在“階級鬥爭為綱”和被扭曲的教育思想支配下，各級各類學校的教育教學改革、高等學校教學、科研、生產三結合的教育體製，遭到嚴重破壞，整個教育事業備受摧殘。
1966至1970年，全市高等學校和中等專業學校一律停止招生，廢弛招生、考試製度，否定了學校教育的職能，延緩了教育事業發展的曆程，使各種建設上的人才結構嚴重失調，形成巨大的斷裂層。1971年開始從工農兵中選拔學員。由於“群眾推薦，領導批準，學校複審”的標準難以把握，並流於形式，不僅使培養的大學生質差量少，而且帶來了“走後門”的不良社會風氣。文化大革命造成國家建設人才缺乏，科研和教師梯隊斷層現象，是從1977年以後的新時期才開始逐漸顯露的。後來雖然對部分工農兵大學生采取“回爐”、補課的補救措施，但一部分人仍難以勝任科研和教學工作。
文化大革命期間，各級各類學校的學習年限普遍縮短1-2年，搞亂學製，給教育教學活動造成了困難。實踐證明，學製縮短後的學校教育，尤其是基礎教育，既不利於人才的成長和培養，更不利於各級學校的相互銜接。因此，“文革”結束後，撥亂反正，勢在必行。但由於十年動亂搞亂了學製，給各級學校的恢複工作造成了許多困難。要延長學製，首先必須解決教材，重新編寫中小學教材的任務相當巨大，隨著年級、班級的增加，必須增加任課教師。十年動亂，教師隊伍青黃不接，給教學造成了很大壓力；學生人數增加，必須擴大校舍。動亂過後，百廢待興，教育經費有限，給學校修繕和後勤工作造成很大負擔。總之，學製的轉換引起了教育係統難以協調的連鎖反應。
除縮短學製外，當時各大中專學校還盲目撤並機構，合並專業。中學課程設置的變化，首先引發了中等師範和高等師範專業設置的反響。從“專業對口”出發，中等師範學校拔高教學培養目標，將數學與物理合並為工業基礎知識，化學與生物合並為農業基礎知識，音樂、美術合並為“革命文藝”，體育改設為軍事體育。高等師範學校將政治與曆史合並為政史，生物與地理合並為農基，體育與藝術合並為軍體藝術。甘肅農業大學將畜牧與獸醫專業合並為牧醫，園藝與森林合並為林果，並在校內進行場、係合一的試驗，將教學實驗農場的畜牧站、農作站、園藝站等分別與牧醫係、農學係、林果係合並。中專課程的合並，無非是把兩個教研組並在一起，按專業課程內容分配課時，並各自按照自己的學科係統授課。高等學校的專業合並，也是貌合神離，兩個係表麵上合在一起，其實仍然是兩套人馬，兩個學科體係，隻不過是減少專業課程，壓縮教學時數而已。顯然，大中專學校的係科壓縮、專業合並，不僅破壞了學科體係的完整，給管理、教學造成諸多不便，而且忽略了基礎知識和基本技能的培養、訓練，使教育質量嚴重下降。
在對林彪、“四人幫”的倒行逆施進行抵製的同時，廣大教育工作者，忍辱負重，以黨的事業為己任，頂著壓力，克服困難，堅持工作，在教學和科研兩個方麵，做出了力所能及的成績。蘭州大學在基礎理論研究和應用科學的研究上，首先取得了可喜成績。化學係教師黃方魁，白天挨批鬥，晚上支持搞試驗，終於於1974年5月在實驗室合成具有世界先進水平的三尖杉脂堿，對藥物抗癌做出了新貢獻。物理係教師段一士，在完成電容感應式引信研究的同時，與葛墨林合作研究規範場理論與磁單極子，獲得重大理論性突破。除了有機化學、理論物理的研究外，到20世紀70年代末，蘭州大學在原子核物理及核技術、磁性材料、細胞生物學、植物生理學等方麵，已經形成了自己的學科特色，為進入20世紀80年代的科研騰飛打下了基礎。
工科院校的教學和科研，也取得了一定成績。甘肅工業大學從工業生產發展的需要出發，在原有專業的基礎上，增設了液壓傳動、工業企業自動化、金屬熱處理工藝及設備專業。從1970年到1976年，共招收七屆工農兵大學生，培養工程技術人員2064人。1975年，為適應廠礦企業的需要，還舉辦了“老工人進修班”和“農技進修班”，共培訓學員162人。在科研與教學的結合上，師生共同承擔了177個科研項目的任務。在設備設計、工藝設計、建築設計的169項中，完成153項，直接運用於生產的有44項。蘭州鐵道學院以“教改連隊”和“教育革命小分隊”的形式，組織師生分赴工廠和鐵路現場搞教學。1969年11月，他們承接了從陝西勉縣至漢中40公裏鐵路施工的技術指導，隨後又承擔了包括9座大橋、2孔隧道在內的長9.2公裏鐵路的修建任務。教師在現場組織教學；學生在實踐中邊幹邊學，取得了在當時條件下所能取得的科研和教學的好成績。
農業、醫學、師範和民族院校雖然受到了很大幹擾和破壞，但是，在教學實踐和科研方麵也取得了一定成績。甘肅農業大學先後組織“教育革命小分隊”分赴農、林、牧場及農牧區搞“現場教學”，在酒泉、張掖、武威、蘭州、天水、武都、甘南、天祝等地和一些農林牧場建立“三結合”教學基地，開展結合本地區生產實際的教學和科研活動。蘭州醫學院從1971年恢複醫學和藥學兩個專業的招生後，其招收工農兵大學生6屆，畢業2359人。此外，還招收了醫療、婦幼、兒科短期進修班學員775人。盡管在“左”的思想影響下，基礎課和臨床課的教學受到很大衝擊，但很多教師還是盡了很大努力，力爭較好的效果。甘肅師範大學從恢複招生以後，在組織教學的同時，開展了有關學科的實驗研究。生物係著名植物分類學家孔憲武教授承擔了省計委重點課題，先後完成《甘肅野生植物豬飼料介紹》、《甘肅野生油料植物》、《甘肅野生澱粉植物》的編寫任務。對本省植物資源的研究、開發和利用，做出了有益貢獻。
在市屬中小學校，廣大教師始終盡心竭力，在逆境中堅持教學，為培養青少年兒童做出不懈努力。1972年後，被立案審查的絕大多數教師重新回到教學工作崗位，並成立聯校教研組，開展教學研究。蘭州市城關區舉辦教師培訓班，提高教師文化基礎知識水平。七裏河區召開教師代表大會，總結經驗教訓，鼓勵教師鑽研業務，改進教學，使教學教育質量有所回升。此外，工農業餘教育也有所恢複和發展，但大都以政治學習為主，真正達到要求的不多。
1978年12月，具有深遠曆史意義的中共中央十一屆三中全會重新確立和恢複了正確的思想路線、政治路線和組織路線，開始了全黨工作中心的轉移，蘭州教育事業由此步入恢複、調整、改革、發展的新曆史時期。三中全會全麵地認真地糾正文化大革命中及其以前的“左”傾錯誤，審查和解決了黨的曆史上一大批重大冤假錯案和一些重要領導人的功過是非問題，加快了從中央到地方平反冤假錯案的步伐。各級政府認真貫徹中共中央十一屆三中全會精神，進行了重大冤假錯案的平反工作，推動揭、批、查鬥爭的進一步深入。從1978年至1983年，平反了大量冤案錯案，清理、銷毀了數以萬計的不實材料，在平反過程中，先後對為數眾多的蒙冤受曲人員補了工資或補助費，對在曆次政治運動中受到錯誤批判的同誌陸續恢複了名譽，並重新調整或安排了工作。蘭州大學共複查各類案件2100多件，1500多件全部平反結案；對錯劃的“右派”全部改正；對其他類型的100多件錯案也作了妥善處理。此外，還清理了1500多名非黨知識分子的檔案，凡屬不實之詞和不恰當的結論、評語都作了改正。1981年2月，據蘭州大學、甘肅師範大學、甘肅工業大學、蘭州鐵道學院、西北民族學院、蘭州醫學院6所院校統計，文化大革命中教職工被“立案”審查的共1450人，已平反糾正1447人，占99.8%，反右中劃定的“右派分子”共784人，已改正777人，占99%，使受冤同誌恢複了本來的麵貌。