孤兒院的開支非常節省。1865年，除江南教區，中國各天主教教區共撫養孤兒1322名，開支187588法郎，人均103.86法郎。江南教區撫養孤兒1312名，開支86000法郎，人均65.55法郎史式徽著，天主教上海教區史料譯寫組譯：《江南傳教史》第二卷，上海譯文出版社1983年版，第293頁。原文計算人均10386法郎有誤，應為14190法郎。。
3土山灣孤兒院與相關人物和事件
慈雲學校由馬相伯出資建造。1920年，馬相伯退居學校三樓，稱樂善堂《馬相老行述》，《申報》1939年11月16日第10版。。樓有電梯，為蔡元培等贈建。張若穀：《我所見聞的馬相伯先生》，原載《文藻月刊》第1卷第5期，1937年5月。轉引自朱維錚等著《馬相伯傳略》，複旦大學出版社2005年版，第250頁。堂有五間,一為會客廳,二為臥室,三為小聖堂,四為秘書處,五為廚房。每天清晨由教區派神父來做彌撒、送聖體林騶：《土山灣樂善堂舊聞》，原載《文藻月刊》第1卷第5期，1937年5月。轉引自朱維錚等著《馬相伯傳略》，複旦大學出版社2005年版，第257頁。。馬相伯雖已屆耄耋，仍揮毫書匾額堂幅屏條,偶爾亦作畫，又筆耕不輟，痛斥軍閥、反對內訌，培養民德、促進民治，尤熱心教育事業。他推動中國天主教會本土化，著力於教會文化建設。親自翻譯《四福音書》，1949年才以《福音經》（對譯羅馬監本聖史）的書名由商務印書館出版。資助陳垣等人研究明清耶穌會士的中文著作，因為他認為這些著作尊重中國文化，嚴謹而可行。李天綱：《信仰與傳統——馬相伯的宗教生涯》，見朱維錚等著《馬相伯傳略》，複旦大學出版社2005年版，第136—137頁。“九一八”事件後，號召人民自救，委派代表出席國難會議，還發起民治促成會、不忍人會等組織，直到1937年才離開土山灣，轉赴內地。
抗日戰爭期間，教廷要求各國在華傳教士中立。侵華日軍對天主教“一體保護”。1941年太平洋戰爭後，英美傳教士或撤退，或進集中營；因視法國僑民為非敵性僑民，法國神職人員可在各地自由行動。1942年，天主教會與侵滬日軍商妥，在華的美國、加拿大等籍傳教士集中到上海徐家彙，分住土山灣、耶穌會住院和大修道院，他們可以在徐家彙教堂區自由行動；隻有個別美國傳教士入集中營。因此，土山灣孤兒院一度集中了大量傳教士。
在曆次戰亂時期，土山灣孤兒院往往成為臨時難民收容所。1937年8月至1939年底，與徐彙中學、聖母院等教會機構同設徐家彙難民所，共收容難民2萬人《上海宗教誌》，上海社會科學院出版社2001年版，第379頁。；1949年4月，收容難民2000多人。
二、孤兒的來曆及在院中的生存狀態土山灣孤兒和聖母院女孤兒俗稱均為“堂囝”。1851年，孤兒院中有孤兒66人，其中男43人，女23人。同年，女孤兒被送到浦東的唐墓橋孤女院，從此，孤兒院隻收男孤兒阮仁澤等主編：《上海宗教史》，上海人民出版社1992年版，第720頁。。1855年，孤兒院有孤兒122人史式徽著，天主教上海教區史料譯寫組譯：《江南傳教史》第一卷，上海譯文出版社1983年版，第354頁。，1867年342人，1936年320人，1949年200多人，年均收孤兒數十人據高龍鞶《江南傳教史》第五冊卷二第二章第六節記載，1848—1900年間所收孤兒數如下：1848—1849年度：249人，1849—1850年度：43人，1850—1851年度：66人，1851—1852年度：27人，1852—1853年度：66人，1853—1854年度：64人，1854—1855年度：44人，1855—1856年度：33人，1856—1857年度：79人，1857—1858年度：27人，1858—1859年度：4人，1859—1860年度：43人，1860—1861年度：35人，1861—1862年度：164人，1862—1863年度：176人，1863—1864年度：240人，1864—1865年度：289人，1865—1866年度：69人，1866—1867年度：84人，1867—1868年度：118人，1868—1869年度：61人，1869—1870年度：66人，1870—1871年度：48人，1871—1872年度：37人，1872—1873年度：38人，1873—1874年度：49人，1874—1875年度：71人，1875—1876年度：101人，1876—1877年度：77人，1877—1878年度：32人，1878—1879年度：45人，1879—1880年度：57人，1880—1881年度：37人，1881—1882年度：84人，1882—1883年度：117人，1883—1884年度：129人，1884—1885年度：45人，1885—1886年度：77人，1886—1887年度：73人，1887—1888年度：66人，1888—1889年度：55人，1889—1890年度：49人，1890—1891年度：27人，1891—1892年度：29人，1892—1893年度：23人，1893—1894年度：24人，1894—1895年度：52人，1895—1896年度：37人，1896—1897年度：50人，1897—1898年度：60人，1898—1899年度：63人，1899—1900年度：54人。52年中共收兒童3808人，平均每年73人。。
1孤兒的來源
孤兒院開始隻收孤兒和流浪兒，20世紀，兼收貧困兒童和教徒子弟。20世紀40年代後期，逐漸變化，職工子弟或教徒子弟占多數，有的是從北方逃離解放區到滬的富家子弟，甚至有法國軍官的子弟，但這些兒童入學要繳學費。新生孤兒由聖母院收養，僥幸存活的男孤兒，到六七歲送入孤兒院。
大部分兒童7—14歲入院。兒童入院後，家長即失去監護權，生死由命清朝光緒年間的《送徒習藝據》：立送徒習藝據。
今具到天主堂藝院，為因欲令年歲學習手藝，以資營生。懇蒙準收院中，派師教授。自送之後願遵後開院規各條，決無異言，欲後有憑，立據呈執為照。
藝院規條
學藝期以六年為限。
期內倘學徒逃走或棄業回家，家中認還膳資，計每月製錢一千五百文、英洋二元五角。
學徒應受師管教，遵守院中各規。如有違拗，任憑訓責懲儆，如怙終不改，或有大犯規任憑辭歇。
學徒所需衣服鞋襪等件，家中備給。
學徒倘有不測，聽從天主上命，家中不得枝節生言。
光緒年月日立送徒習藝據
保送
中證
民國時期的《保送據》：
立保送據茲有男孩，因孤苦堪憐，特保送土山灣孤兒院撫養教育，以至成人。悉遵定章。倘該孩不服訓教，托詞潛逃，則仍由保送人尋獲送院，否則該孩在院之衣食等費，按年月結算，由保送人備償，決不推諉，恐後無憑，立此保送據是實。
中華民國年月日
立據人
中證人
保送人通訊處。孤兒院給以初等教育，並教以手藝。習藝期一般為6年。孤兒中有一支銅管樂隊，逢教會重大節慶，每每吹奏助陣。
2孤兒的生存狀態
兒童平時穿較舊衣服，逢星期日和節日，或有貴賓參觀，換上製服，小班兒童冬天還有一套漂亮的呢製服。兒童吃菜靠菜圃自種及自養，每季常吃一種菜，有時吃鹹菜。抗戰期間，部分孤兒轉至鬆江佘山和泗涇，孤兒常吃麩皮粥、玉米飯，因營養不良，不少孤兒患浮腫病，有的逐步腫到心髒而亡。死亡孤兒由院方提供一口薄皮棺材，葬於土山灣孤兒院河對岸三角地邊上的“小聖地”。這些小棺材都是孤兒們在木匠間學藝時用廢料做的。
兒童工讀班畢業後，升為學徒。學徒期3年，與大班生一同生活，仍需接受初等教育。每天晚上工作結束後，讀書1小時。部分孤兒被送到社會上投師學藝。學徒如係家長出膳費（抗戰前每月2.5元，約合白米3鬥），院方發少量津貼；否則，隻供食宿。抗戰後，學徒工資分三等，每月可得30—40元，但需自付膳費，餘款由院方代為保管，成家時發還。兒童如中途離院，要按年向院方賠衣食費用。學徒3年期滿後，由院方根據各人表現決定出路：有的可滿師；有的不準滿師，也不講明還需延長多少時間；有的強迫離院。
孤兒院院規極嚴，兒童稍有違犯，即受處罰。不少人不堪忍受，或潛逃，或由家長領回；死亡率很高。據教會記載，1875年1月至1885年1月10年中，共收孤兒681名，其中456人受洗入教，32人準備馬上受洗，193人未受洗而離院。456名已受洗者中，118人仍在院中，90人病歿，23人由教徒家庭收養，10人潛逃出院，7人被開除，89人屬於望教者家庭，暫寄養院中，初領聖體後回至原籍，119人在院外學手藝。在院外學手藝的119人中，75人已滿師，15人潛逃，29人仍在學藝。193名未受洗者中，19人被開除，11人由家屬領回，22人潛逃離院，5人由教徒家庭領養，4人暴卒，89人因缺乏恒心，交由家屬領回，46人因“聖嬰會”經費削減，於1884年底由家屬領回高龍鞶：《江南傳教史》第五冊卷二第二章第六節。又，分述193名未受洗者數字有誤，相加為196名。原稿如此。。可見，44.35%的孤兒或死或逃或被逐，不少孤兒重新流落街頭。
在不同時期，孤兒們從事不同的生產，但繪畫、印刷、木工等工種貫穿始終。1865年後，曾有80名孤兒在7名工人的指導下種植水稻。1867年，全院有342名孤兒，其中133人在各個工場，80人從事農業生產，20人從事園藝，109名年幼者在小學讀書讀經。不久，孤兒院不再種植水稻。1850至1877年，土山灣共有419名學徒滿師離院，他們分別學習了17種手藝。1900年，土山灣孤兒院共有四五百人；350人膳宿於土山灣，60多戶已婚孤兒，住在孤兒院附近；除教會所派管理者外，有師傅151人，學徒141人，年幼在學校讀書兒童60名。在工場中，有雕刻工人14人，學徒10人；製圖教師1人，學生10人；木作工人32人，學徒56人；鐵工工人3人，學徒3人；鋸木工人10人，學徒5人；鑄鉛工工人2人，學徒3人；成衣工人4人，學徒6人；製鞋工人8人，學徒8人；印刷所（刻字、鑄字、雕版、鉛印、石印）師傅3人，學徒3人；水彩畫及油畫教師19人，學徒13人；裱工師傅1人，由畫師及學徒協助；印刷所工人40人，學徒10人高龍鞶：《江南傳教史》第五冊卷二第二章第六節。。1940年，有工人和學徒317人。1948年，孤兒院學校部有兒童200多人；各工場有學徒一批，職工近100人，大多是成年孤兒；教員、神職人員等20多人。