嘉靖在剛即皇帝位的時候，一切朝政大事主要是由楊廷和等輔政大臣處理，武宗遺留下來的許多弊政，如設置的豹房、宣府等，以及用於玩耍的珍禽異獸，或者革除，或者放逐，一些奸佞小人也受到了懲罰，使得政局煥然一新，一時天下之人無不稱頌天子之德。但這種新的景象僅僅維持了一年的光景就因為大禮儀之爭而終止了。嘉靖雖然做為孝宗朱佑堂的繼承人，但是他是以藩王的身份入登帝位的，按照慣例，每當新帝即位，都要推尊自己的父母，他應該推尊孝宗為皇父，還是應該推尊自己的生父獻王為皇父呢？從血緣關係上麵看，嘉靖當然希望自己的父親能夠被追尊為明朝的正宗皇帝。他雖然擁有號令天下，為所欲為的權力，但在這個問題上，他卻並沒有敢貿然的行事，而是下旨令群臣來商議決定。針對這個問題，朝臣中出現了兩大派，以楊廷和為首的多數人認為，嘉靖應該尊孝宗為皇考，以保證大明帝王的統嗣不致於中斷。而以張璁為首的少數人則迎合嘉靖的意圖，認為應該追尊生父，稱孝宗為皇伯考，隻繼大統而不做子嗣。兩派先後急診了長達三年半之久，雙方是各執一理，互不相讓，最終以有嘉靖支持的那一方取勝。而張璁本人也因甚合聖意而倍受寵信，做到了內閣首輔的高官；楊廷和和毛澄則被迫辭官，楊派在一次激烈的抗爭當中，有一百三十多人被廷杖，其中因為十六人傷勢過重而身死，另有一大批的官員被貶被奪俸祿。嘉靖帝也如願以償的將他的父親追封為皇帝，並將其附祭於明朝的太廟，牌位居於武宗之上。
嘉靖在這場爭論當中明白了許多的道理，他雖然沒有得到群臣的支持，但卻憑借著手中的權力達到了自己的根本目的，這使他感到朝臣們也不過是他手中可以任意玩耍的棋子，一切全都由他任意擺布，他可以為所欲為，群臣的諫諍根本就傷不了他的一根毫毛。這次爭論還使得他變得更加的剛愎自用，同時，這次棒杖加高壓的方法，讓他使用得那麼得心應手，以後還怕有誰敢反對嗎？在他看來，朝臣的廷議是形同虛設，一切皆由他一人決斷，於是他對朝政是越來越不關心，隻是隨意下令處理各種朝政，到了後來連早朝也不上了，大臣們有的甚至幾年也見不到皇帝的一麵了，久而久之，便形成了奸臣專權，朝政混亂的局麵。其實他的那位皇伯父孝宗皇帝能夠當上皇帝也是相當的不容易的，孝宗的父親憲宗皇帝在大婚之後，並不貪戀吳皇後的青春美色，而是常常宿在嬪妃萬氏的宮中，這使得吳皇後是又氣又羞，她不明白，自己是哪一點兒比不上徐娘半老的萬妃，無論是姿色才學還是門第修養？她更不明白的是，比皇帝年齡大十九歲之多的萬妃是用什麼手段把皇帝的心死死栓住的呢？