在2003年舉世關注的“非典”防治工作中，我國傳統的中醫藥發揮了積極的作用，這更清楚地肯定了中醫藥在治療傳染病中的作用。“‘非典’這種全新的疾病，無論是對現代醫學還是傳統中醫學都是一個挑戰。而對後者，也可能成為一個突破和發展的重要契機。”87歲的廣州中醫藥大學教授鄧鐵濤說。從“非典”暴發初期中藥湯劑多用於預防和從向傳統中醫論著中尋求“非典”的理論解析，到與西醫協作正式介入“非典”治療，中醫藥發揮出廣受認可的獨特優勢。
2003年4月10日，國家中醫藥管理局出台“非典”中醫藥防治技術方案，但此時，中醫藥尚未充分參與對非典的治療。而廣東中醫院中西醫結合治療“非典”的嚐試和經驗，開始引起人們的關注。5月上旬，疫情仍舊嚴峻，北京“非典”死亡率明顯偏高，中醫藥參與治療“非典”的呼聲越來越高。到5月8日，國務院防治非典指揮部召開中醫藥專家座談會，要求中醫藥充分介入。以此為轉折點，5月11日，國家中醫藥管理局發布修訂了“非典”中醫藥治療方案。隨後，北京采取措施保障所有定點醫院都有中醫藥的參與。到5月中旬，多半患者使用中西醫結合治療，效果明顯，疫情開始得到控製。
9.3.2中醫藥防治甲型流感
2009年，甲型流感病毒肆虐，同年世界衛生組織認為新型的甲型H1N1流感已成為全球高度關注的突發公共衛生事件，中國衛生部2009年4月30日發布的2009年第8號公告中，明確將甲型H1N1流感納入傳染病防治法規定管理的乙類傳染病，並采取甲類傳染病的預防措施。甲型H1N1流感的傳播力強，大多數患者早期症狀與普通流行性感冒相似，如發熱、咳嗽、喉痛、流涕、頭痛、身體疼痛等，有的還會出現腹瀉或嘔吐等，部分患者病情來勢凶猛，體溫超過39℃，可發生肺炎、急性呼吸窘迫綜合征、肺出血、胸腔積液、全血細胞減少、腎衰竭、敗血症、休克、呼吸衰竭及多器官損傷等並發症，並導致死亡。
甲型H1N1流感屬於中醫學“疫癘”“瘟疫”範疇。與西醫直接殺死病毒不同，中醫更注重在改善症狀的同時提高機體的免疫力、調節內環境而起到治療作用。中藥抗流感病毒的基本原理在於祛邪與扶正。由於中藥組成成分比較複雜，各組分之間又相互作用，所以中藥治病的作用機製更為複雜。從現代藥理學角度分析，中藥抗病毒的途徑主要包括直接抑製病毒和間接抑製病毒。直接抑製病毒是藥物直接作用於病毒，繼而殺滅病毒或抑製病毒複製，從而達到抗病毒的目的。如由金蓮花、黃芩、野菊花組成的黃金菊提取物在MDCK細胞（狗腎傳代細胞）中可直接作用於甲型H1N1流感病毒而抑製病毒複製。間接抑製病毒是藥物通過提高機體的免疫功能，通過促進機體的特異性和非特異性免疫功能而達到抑製病毒的目的，也可通過誘生、促進誘生幹擾素作用等達到抗病毒的目的。
甲型H1N1流感疫情初起時，我國第一時間開始了探索中醫藥防治甲型H1N1流感之路，在全球率先從基礎研究和臨床研究兩方麵證實中醫藥防治甲型H1N1流感的有效性和安全性。實踐證明，中醫及中西醫結合治療甲型H1N1流感均具有很好的療效。
隨著人類疾病譜的不斷變化，新的病種相繼出現，病毒變異、菌株耐藥、免疫紊亂等新問題日益突出，人類醫學正麵臨著新的挑戰，我們必須努力提高發現新傳染病的能力和水平。中醫藥在傳染病治療方麵有著突出優勢，中醫的“藥食同源”理論和實踐用於預防傳染病有良好的效果。我國中醫藥資源多，中藥在傳染病的防治中具有較強的抗病毒作用，能夠抑製病菌、抗病毒、抑製炎症反應和解熱，且擁有增強機體免疫力的優勢。在今後的發展中，我們要加強與現代科技的結合，增強各學科相互交融滲透，促進傳統中藥向現代中藥的轉變，進一步突出中藥特色，強化中藥優勢。我們相信，中醫藥必將以其自身理論的科學性和獨有的優勢在流行病防治中起著舉足輕重的作用，並具有廣闊的發展前景。