自公元前7世紀至公元20世紀，中國較大規模的傳染病（古代稱瘟疫）暴發達700餘次，天花、鼠疫、白喉、猩紅熱、霍亂、斑疹傷寒、傷寒、肺結核、麻風、瘧疾、血吸蟲病等疾病災害都曾經發生過。而對於傳染病的預防在我國也由來已久，早在2000多年前的《黃帝內經》中就有預防傳染病的記載。漢代起，醫書已對傳染病重點加以關注。其後的醫書中對天花、狂犬病、瘧疾、麻疹、白喉、水痘、霍亂、痢疾、肺結核等急性傳染病及其辨證治療辦法都有明確記載。這些千百年傳承下來的防治經驗對近現代流行病的預防治療起到了一定的指導作用。近代中醫藥在抗擊“非典”（全稱傳染性非典型肺炎）、甲型流感中的顯著效果就驗證了這一點，也增強了我們對中醫藥的信心。
9.1東漢末年的傳染病防治
古語說，大災之後必有大疫。史料記載，東漢末年戰爭和自然災害頻發，這也是東漢末年成為我國傳染病流行的第一個高峰期的原因。重災區發生在長江以北地區，數十年間，傳染病連綿不斷，其死亡人數之多，簡直無從統計，家破人亡者比比皆是，後果十分悲慘，有的村莊村民幾乎全部死亡，以致出現了“田野空，朝廷空，倉庫空”的嚴重局麵。地方官將這些情況上報朝廷，但這時的朝廷正陷入腐敗和混亂之中，對老百姓的生死無暇顧及，結果由於缺乏有效的防治，傳染範圍進一步擴大。在曾經繁華的中原地區，一度出現了“家家有位屍之痛，室室有號泣之哀，或闔門而殪，或覆族而喪”的慘狀。東漢末年暴發的這種傳染病，當時人通稱其為“傷寒”。有關史料記載，這種疾病具有強烈的傳染性，發病急猛且死亡率很高，患者往往會高熱致喘，氣絕而死。在其發生初期，人們幾乎是束手無策，隻能在絕望中等待死亡。
鑒於傳染病對社會的巨大影響，古代中國從很早就開始進行了各種預防和控製嚐試，如順應節氣、巫術的精神控製、注意公共衛生、派遣醫生巡診及無償施藥、處理屍體、患者隔離等。當瘟疫流行時，一些醫學家紛紛行動起來，通過不斷的探索，總結出了一些有效的防治方法，這些方法都成為了醫學史上寶貴的財富。其中最著名的，當推東漢末年著名醫學家張仲景，他也是傳染病流行的受害者，他的家族本來有200餘人，但在不到10年的傳染病流行期間，竟有2/3的人死去了，而其中又有七成是死於傷寒。正是在不斷地與疾病抗爭的過程中，在總結治療疫病經驗的基礎上，張仲景寫成了《傷寒雜病論》，這也是對兩漢時期流行傳染病的治療方法的一部總結性著作，其中的方劑被人們稱為“經方”，沿用至今。
《傷寒雜病論》是中醫四大經典著作之一，是學習中醫必備的經典著作。該書係統地總結了漢代以前對傷寒和雜病在診斷與治療方麵的豐富經驗，是我國第一部論述多種外感熱性病的專著，共10卷。張仲景在書中提出用望、聞、問、切4種方法來分析疾病，以陰、陽、表、裏、寒、熱、虛、實8種方法來判斷病症的性質和發病的原因。它係統地分析了傷寒的原因、症狀、發展階段和處理方法，創造性地確立了對傷寒病的“六經分類”的辨證施治原則，奠定了理、法、方、藥的理論基礎。書中還精選了300多首方劑，這些方劑的藥物配伍比較精煉，主治明確。《傷寒雜病論》的貢獻，首先在於發展並確立了中醫辨證論治的基本法則。張仲景把疾病發生、發展過程中所出現的各種症狀，根據病邪入侵經絡、髒腑的深淺程度、患者體質的強弱、正氣的盛衰，以及病勢的進退緩急和有無宿疾等情況，加以綜合分析，尋找發病的規律，以便確定不同情況下的治療原則。《傷寒雜病論》是我國最早的理論聯係實際的臨床診療專書，被後世醫家譽為“萬世寶典”。
9.2金元明清時期的傳染病防治
金元明清是我國傳染病暴發流行的第二個高峰期，大規模的傳染病流行也造就出一大批傑出的防治傳染病的中醫學家，他們在與傳染病的不斷鬥爭中逐漸總結出了一整套中醫藥治療傳染病的理論，留下了很多寶貴臨床經驗。而其中最著名的就當屬吳有性和他的《瘟疫論》了。
吳有性，字又可，號澹齋，明末吳縣（今屬江蘇）人，居太湖洞庭山，吳有性生活於明王朝行將傾覆之際，當時饑荒戰亂，其中明崇禎十四年（1641年），山東、河南、河北、江蘇、浙江等省傳染病流行，蔓延勢烈。由於當時一般醫生墨守治傷寒的方法，沒有臨床效果，以致患者“不死於病，乃死於醫”。吳氏深感“守古法不合今病，以今病簡古書”，以致投劑無效。基於這一認識，他對傳染病“靜心窮理，格其所感之氣，所入之門，所受之處，及其傳變之體，平日所用曆驗方法”，於是其不辭勞苦，深入疫區，不顧個人安危，經過長期細致的觀察、比較，在總結前人有關論述的基礎上，認真探討實踐後，著成《溫疫論》2卷、《補遺》1卷（1642），為我國醫學提供了傳染病學的專門論著。