第二，補償機製。補償機製是解決合作醫療的資金如何使參合農戶受益，如何補貼農戶，補貼多少等問題，它是新型合作醫療推廣效果好壞的評估標準之一，也是農戶出資參合的重要引導機製。補償機製解決的核心是受益問題，涉及的問題也比較複雜。在補償的模式上，目前采取的是農戶先付補償製，即農戶在指定的合作醫療點看病先自己掏錢，然後再找合作醫療補貼。2006年，參合農民實際補償比為27.80%，與2005年相比有所提高。但是總體來講，補償水平還比較低，農民受益的程度很有限。
目前補償模式主要有四種：住院補償+家庭賬戶、住院補償+門診統籌、住院補償+門診大額費用補償、隻補住院不補門診。在具體操作中仍有一些問題：
第一個就是醫療定點問題。據筆者調查，很多地區的指定醫療點是縣醫院，如在市醫院就診、住院就不能得到合作醫療的補貼。那麼就造成了真正的大病如需到市級醫院診治是無法從合作醫療中受益的。
第二個問題就是診治費用的真實性。很多地區的定點醫院也利用合作醫療的公共性質和作為醫療機構的知情性壟斷地位以及醫療這一完全無彈性的服務產品特性，賺取利潤。這無疑既加大了農戶個人負擔，同時也造成了利益流失和合作資源的浪費。
第三個問題就是農戶先付。如果保大不保小，那麼大病的診治費用非常高，貧困地區的農戶支付不起，也就無法得到合作醫療的補償。合作醫療在貧困地區發揮不出功效。因此，筆者認為農戶先付的補償模式必須改革。可以采用財政按比例先付製。即先讓地方財政和中央財政資金在每個農戶賬戶中存入資金，該資金按照大、中、小病比例進行分配。如可按照70%、20%、10%的比例由農戶個人專項使用，由患者或其代理人憑醫院證明開支。
第三，製衡機製。這裏的製衡是指監管機製。從以上的分析我們可以看出新型合作醫療的初衷是好的，也是有強大的生命力的。隻是希望在具體的操作程序設計上多加研究，盡可能地實現高效運作，既能提高合作醫療的實際預想效果，又能節省運作成本，包括監督成本和實際的醫療支出。從目前的情況來看，在出資這一環節，農戶出資、地方財政和中央財政是比較透明的；在使用和補償上，問題就比較大。對醫院的診治是否合理和恰當是最需要監督的，同時也是最難以監督的。因為醫生掌握的信息和農戶患者所掌握的信息不對稱，無法判斷醫生的診治是否合理恰當，所開出的診治方案是否最經濟有效，是否有利用合作醫療的風險分散性質來為醫院和自己賺取利益的行為。有的醫院提出由政府到醫院到醫生進行全程監督。我們建議組織專業性的專家獨立隊伍，對合作醫療中患者的診治方案進行監督和審查，對有謀私行為的診治進行處分，追究責任。這也隨即產生了監督成本問題，監督的成本會不會因此而增加，高過監督前的利益損失。這些問題還有待於進一步探討。
第四，信用機製。“誠信”是市場經濟條件下變得彌足珍貴的行為，在新型合作醫療的製度完善過程中，信任顯得尤為重要。以上機製的建立，我們看到仍有許多難以解決的問題，這些問題其實都和信任有關。信任包括農戶對基層政府的信任，會影響加入新農合的態度；中央政府對基層政府的信任，會影響中央政府財政支持的力度；農戶對醫院和醫生的信任，會影響就醫和參合行為，影響對補償效果的認知；政府對農戶的信任，會影響政府對農戶尋求補償行為時給予補償的效率。
第五，配套機製。我們雖然認為信任機製是最為核心的，但它也是一個需要長期建立的機製。在信任機製還不夠完善或者即使很完善的情況下，我們還要考慮能將新型合作醫療的服務質量提升檔次的空間。我們認為，在未來的發展過程中，新型合作醫療可以通過以下配套機製進行完善：信息交互、藥品流通、醫療機構改革等。信息交互一方麵提高信息交流的速度和準確性，提高患者辦理合作醫療補貼的效率；另一方麵有利於信息的透明和公開，有利於監督和製衡各方力量。藥品流通領域的改革是搞好合作醫療服務的又一重大配套改革。醫療機構的改革也會為合作醫療掃清體製上的障礙。