第二，在資金籌措機製上，明確政府、集體和個人三方的責任。傳統合作醫療是農民與集體的合作，隻強調了個人和集體共同籌資，“實行農民個人繳費、集體扶持和政府資助相結合的籌資機製”。新型合作醫療“從2003年起，中央財政對中西部地區除市區以外的參加新型合作醫療的農民補助每年不低於人均10元，具體補助標準由省級人民政府確定”。
第三，在保障機製上，明確保障的重點是大病。這裏的“大病”是指由於患重大疾病而發生的大額醫療費用，而不是指疾病的“大”或“小”。這是符合保險學原理的。強調大病統籌為主，並不是“唯一”，“有條件的地方，可實行大額醫療費用補助與小額醫療費用補助結合的辦法”。如能實行健康保險，防治結合，更為理想。新型合作醫療的舉辦形式也是因地製宜，主要有以下兩種:風險型的合作醫療和福利風險型的合作醫療。所謂風險型的合作醫療就是“大病住院合作醫療”，即保大病不保小病。在這種模式下，參與者按期定額繳納一定費用，在患大病、重病時發生的大額費用經合作基金報銷，這種製度保證了大額支付的補償。另一種福利風險型的合作醫療，主要在經濟較發達的農村地區，如上海嘉定、江蘇蘇州采取這種做法，取得較好的效果。這種合作醫療實施內容是“小病合作醫療，大病住院統籌醫療”，即保大病也保小病。這種“小病合作醫療，大病住院統籌醫療”的福利風險型合作醫療，采用了合作醫療的集資機製，引用健康保險的經營管理方法。這種合作醫療對農民很有吸引力，群眾對其滿意率達93.9%，其中對大病風險統籌滿意率為84.3%，已經得到群眾的廣泛認同。
第四，在運作機製上，明確合作醫療、醫療救助、商業醫療保險的關係。《關於進一步加強農村衛生工作的決定》指出：“醫療救助形式可以是對救助對象患大病給予一定的醫療費補助，也可以是資助其參加當地合作醫療。醫療救助資金通過政府投入和社會各界資源捐助等多渠道籌集”。“經濟發達的農村可以鼓勵農民參加商業醫療保險”。這為農村構建多層次的醫療保障體係指明了方向。
第五，在管理體製上，縣(區)、鄉(鎮)政府部門都設立了專門的管理機構（管理委員會），合作區域提高到縣一級，增加了抗風險的能力。明確以縣(市)為單位統籌，就是在起步階段以鄉(鎮)進行統籌的，也要“逐步向縣(市)統籌過渡”。這有別於原初合作醫療的“隊辦隊管”、“隊辦社管”、“社隊聯辦”較低層次的統籌管理體製。在縣級組成農村合作醫療管理委員會，下設經辦機構，而且根據需要在鄉(鎮)可以設立派出機構(人員)或委托有關機構管理。特別強調經辦機構的人員和工作經費列入同級財政預算，不得從農村合作醫療基金中提取。
（二）兩次合作醫療中政府的角色不同
政府是組織製度實施的主體。在新舊兩次合作醫療製度的實施過程中，雖然中央政府在相關政策文件中，都強調要加強領導，規範管理和民主監督，但舊合作醫療中，政府主要是宣傳和發動，在經濟責任方麵從未做出規定。當時的合作醫療主要由村集體和農民承擔籌資責任，政府財政不予支持，醫生和衛生人員的勞動報酬采取的是在生產隊記工分，然後大隊給補貼的形式，由集體來支付;公社衛生院的運行主要依賴於社隊財務的支持，大隊衛生室則靠大隊的公積金維持，合作醫療站的房屋、器械和中草藥基地則由大隊投資;流動資金也是由大隊撥款。因其主要形式是“村辦村管”、“村辦鄉管”和“鄉村聯辦”，鄉(鎮)以上政府不承擔合作醫療製度的直接組織和管理的責任。
政府對農村合作醫療的支持主要表現為：安排城市的醫療器材和城市醫務人員無償地支援農村;政府利用其資金積累優勢迅速建立起了以縣醫院為龍頭，包括公社和生產大隊醫療機構的農村衛生網絡，政府擁有所有的醫療機構。在這三級衛生網絡中，作為龍頭的縣醫院和作為樞紐的公社衛生院，負有對大隊合作醫療站的衛生員和醫生的技術指導和業務培訓的責任;醫療基金一般由公社、大隊和公社信用社統一管理;禁止私人醫生開業和服務;政府控製了藥品渠道和藥品價格:政府負責衛生防疫和對地方病預防的資助;農村醫生的培養也由政府負責，等等。政府對合作醫療的外部幹預使合作醫療在資金規模小的情況下，也能夠運轉。
而新型農村合作醫療則由政府推動、組織和管理，省及省以下的政府部門都設立了管理機構或經辦機構。這些機構的人員和辦公經費需列入同級財政預算，這就使得組織和管理新型農村合作醫療製度成為政府日常工作的內容之一，政府成為組織實施新型農村合作醫療製度的主體。政府係統擁有強大的社會資源的動員力量和組織力量，在推行新製度方麵具有不可比擬的優勢。按照新型農村合作醫療製度的設計要求，政府還承擔著為農村合作醫療製度籌措主要資金的重要責任，地方政府的籌資責任有下限而無上限，農民和中央政府的籌資水平有明確標準，在農民籌資力量薄弱的情況下地方政府就要承擔新型農村合作醫療製度的主要籌資責任。例如，江西省規定:省財政每人每年補助4元；設區市財政每人每年補助不低於3元;試點縣(市)財政每人每年補助不低於3元;農民每人每年的繳費標準不低於10元，經濟條件好的地方可相應提高繳費標準。鼓勵鄉村集體經濟組織提供扶助經費。這樣一來，新型農村合作醫療製度的實施力度事實上成為考核地方政府執政績效的重要內容，地方政府具有推動和實施該製度的積極性，但另一方麵新型合作醫療的推行可能會受到地方財政實力的限製。
（三）兩次合作醫療製度的主要目標指向不同
合作醫療雖然提倡“合醫合防又合藥”，但由於集資範圍小、財力有限，合作醫療體係的資金來源主體——公社或大隊具有非常強烈的降低合作醫療體係開銷的動機。因次，改革前農村合作醫療主要是以保“小病”為主，在進行初級衛生保健的同時，加強疾病的預防工作。中央和地方政府鼓勵公社確保成功執行“預防為主”政策和開展公共衛生運動，以便減少公社範圍內疾病和疫情的發生，自然而然合作醫療體係的醫療費用就減少了。為了減少藥物的花費，合作醫療體係盡量避免過度使用或濫用藥物，公社種植、采集、加工、使用具有廣闊前景的當地藥草、藥材，而減少使用昂貴的西醫藥物。所以當時合作醫療的管理者和執行者在資金有限的狀況下，為了合作醫療的運轉和發展，盡量節省開支，使其目標指向是以保“小病”為主，加強初級衛生保健工作，但起到預防大病的作用。
而新型農村合作醫療主要內容之一是大病統籌，其目標指向是降低農民因生大病而造成的風險。這是由於近年來農戶因大病負擔返貧、致貧具有普遍化的趨勢，已經成為影響農村經濟發展和社會穩定的不利因素。從現實需要的緊迫性出發，政府明確規定實行大病統籌是新型農村合作醫療製度的主要內容之一，表明減輕農民的大病經濟負擔、遏製農村因病返貧和致貧是新型農村合作醫療製度設計的主要目標。
但在製度設計中，對“大病”標準並未作出明確界定，這就造成政策實際操作的困難。為便於操作，很多地方往往根據住院與否和住院費多少來界定“大病”和“小病”。在合作醫療的補償機製中，一些地方設計為在指定的鄉鎮衛生院住院治病報銷50%，在定點縣醫院報銷40%，在定點市一級醫院報銷30%，逐級減少。而且采取“按服務付費”的後付製，村民按規定到指定的鄉鎮衛生院或上級醫院看病，然後憑病曆和發票到合作醫療管理機構報銷，這就導致醫療服務機構和醫生過度提供服務以及過度用藥等現象。
目前遍布全國的醫療服務機構幾乎都是按照市場價格，以“按服務付費”的辦法向農民收費。醫療機構和醫生的過度用藥現象導致了小病花大錢，而且報銷的費用可能比不在指定醫院就診的費用還少。這也給判斷是否是大病和給予相應的報銷帶來了困難。