總之，這一時期原來依賴於社隊財務支持的鄉鎮衛生院，其運行越來越多地依靠提供醫藥服務的收費。農業集體生產組織解體之後，大隊合作醫療站(村衛生室)也由於失去穩定的資金紛紛解體，全國合作醫療覆蓋率急劇下降，從原來的90%多下降到4.8%，絕大多數中國農民又回到了自費醫療的老路。所以學者們認為的合作醫療的土壤是合作經濟組織，也是有一定道理的。合作醫療製度解體後，農民看病自費，最重要的是農村社會保障製度嚴重缺失，農民看病難、看病返窮的現象屢見不鮮。
（四）新型合作醫療的興起
長期以來，農村居民的醫療保障是個大問題。農村醫療保障製度缺失，而我國農村人口占全國人口的比重又大，因此解決這一關鍵民生問題是難以回避的。20世紀90年代後，國家重視農村醫療保障製度缺失問題，探尋解決農村醫療的途徑，其中把恢複和發展合作醫療作為一個重要方案。1991年1月17日國務院批轉了衛生部、農業部、人事部、國家教委、國家計委《〈關於改革和加強農村醫療衛生工作的請示〉的通知》，指出要“穩步推行合作醫療保健製度，為實現人人享有衛生保健提供社會保障”。在這以後每年的全國農村衛生工作會議上，農村合作醫療都會被作為一個重要議題提出。1997年1月，中共中央、國務院在《關於衛生改革與發展的決定》中，提出要“積極穩妥地發展和完善合作醫療製度”。“舉辦合作醫療，要在政府組織領導下，堅持民辦公助和自願參加的原則。籌資以個人為主、集體扶持、政府適當支持，逐步提高保障水平。力爭到2000年在農村多數地區建立起各種形式的合作醫療製度，並逐步提高社會化程度，有條件的地方可以逐步向社會醫療保險過渡”。為了貫徹上述決定，衛生部等部門於1997年3月向國務院提交了《關於發展和完善農村合作醫療的若幹意見》，得到國務院的批準。
1999年和2000年，農業部等五部委先後兩次聯合發文，指出:“合作醫療不得強製推行”，後又批評“合作醫療集資在一些地方仍未禁止”，把合作醫療費用看成是農民不合理的負擔。在實踐中，除少數地區外，新建起來的合作醫療“春辦秋黃”，加上地方政府不予扶持，製度的恢複和重建舉步維艱。隨著社會的發展，“三農”問題越來越嚴重，農民“因病致貧”、“因病返貧”的現象越來越多，嚴重影響到農民生活水平的改善和提高，影響到整個國家的發展。為農村居民建立社會保障體係的重要性日益凸顯，特別是醫療衛生保障的建設尤為緊迫。
2002年，農村問題被作為本屆政府的重點工作，重建農村合作醫療、為廣大農民提供醫療保障再次被提上議事日程。2002年10月19日，中共中央、國務院發布《關於進一步加強農村衛生工作的決定》，強調:政府衛生投入要向農村傾斜。確定了我國農村衛生工作的目標:到2010年，在全國農村基本建立起適應社會主義市場經濟體製要求和農村經濟社會發展水平的農村衛生服務體係和農村合作醫療製度。同年，國務院辦公廳轉發衛生部等部門頒發的《〈關於建立新型農村合作醫療製度的意見〉的通知》，這標誌著新型農村合作醫療製度正式開展。
2002年12月28日，第九屆全國人民代表大會常務委員會第二十一次會議通過了《中華人民共和國農業法》，其中第十章第八十四條規定:國家鼓勵、支持農民鞏固和發展農村合作醫療和其他醫療保障形式，提高農民的健康水平。
（五）新型合作醫療的新發展
2003年1月國務院轉發了衛生部、財政部、農業部發布的《關於建立新型農村合作醫療製度的通知》，該《通知》對新型農村合作醫療的目標和原則、組織管理、籌資標準(包括籌資渠道、籌資水平)、資金管理等都作了詳細的要求。《通知》規定:新型合作醫療製度遵循“自願參加、多方籌資，農民以家庭為單位自願參加；以收定支、保障適度”的原則。在組織管理方麵，“新型合作醫療一般采取以縣為單位進行統籌:要按照精簡、效能的原則，建立合作醫療製度的管理體製；縣人民政府成立由有關部門和參加合作醫療的農民代表組成的農村合作醫療管理委員會，負責有關組織、協調、管理和指導工作”。在資金籌措方麵，“新型合作醫療製度實行個人繳費、集體扶持和政府資助鄉結合的籌資機製”，並規定:“農民個人每年的繳費標準不低於10元，經濟條件好的地區可相應提高繳費標準”;政府資助分為“地方財政每年對參加新型合作醫療的農民的資助不低於人均10元;中央財政以專項轉移支付的方式對中西部的農村參加新型合作醫療的農民按人均10元安排補助資金”。資金管理“由農村合作醫療管理委員會及其經辦機構進行管理”；補償機製為“主要補助參加新型合作醫療的大額醫療費用或住院費用”。
2003年12月4日至5日，全國新型農村合作醫療試點工作會議在湖北省宜昌市召開。黨中央、國務院對這次會議高度重視。中共中央總書記、國家主席胡錦濤和國務院總理溫家寶作了重要指示，強調做好新型農村合作醫療試點工作，是一件為民、便民、利民的大好事，要加強領導，完善試點，因地製宜，循序漸進，改善服務，造福農民。新型合作醫療的發展有了政策性的重視和鼓勵，在各地紛紛推廣開來。2006年新型農村合作醫療試點範圍擴展，同時加快了進度。2007年新型農村合作醫療製度的建立將從試點階段轉為在全國範圍內全麵推開，覆蓋麵將達到80%。到2010年，新型農村合作醫療製度要基本覆蓋農村居民。
二、合作醫療與新型合作醫療的比較
（一）兩次合作醫療的製度設計不同
社會中種種製度的變遷形式有兩種：一種是製度自發的演進，另一種就是人為地進行製度設計。製度設計是相對於製度形成的自發演進情形提出的概念，它是指人為設計新製度實現製度變遷，這樣能夠更好地滿足人們對有效製度的需求，製度自發演進與製度設計可以相互交叉而存在。也就是說，製度自發演進反映了社會發展的客觀規律，而製度設計則反映了人的主觀能動性，並且製度設計能夠在某種程度上克服製度自發演進的路徑依賴問題。
傳統的合作醫療製度設計主要體現在以下幾個方麵：
第一，在合作醫療的基金來源和受益對象上，自供自受。資金主要來自兩個方麵：一是農民個人的繳納和公社體製下的集體經濟(以大隊為基本單位)的公益金和公積金;合作醫療的受益對象人即資金的繳納人，合作範圍主要在村莊內，成員範圍是與合作醫療範圍(隊、社)對應的。此時的農村合作醫療的性質是人民公社社員依靠集體的力量，在自願互助的基礎上建立起來的一種社會主義性質的醫療製度，是社員群眾的集體福利事業，而這裏所稱的合作醫療，更多的是農民與集體之間的合作。
第二，采取的形式是隊辦隊管、社辦社管、社隊聯辦社管。合作手段從合醫合防不合藥向合醫合防又合藥發展。合作醫療的管理範圍基本上與合作醫療核算範圍一致，即合作醫療大都采用集體與農民群眾受益者共同管理的模式。這個集體有些地方是大隊，有些地方則是公社，所以其最大的範圍也不會超過公社。
第三，以保小病為主。上一點已經分析了其合作範圍狹小，資金來源有限，大多把保障的重點放在門診或小病上，對大病的保障程度不高，無法幫助農民抵禦大病風險。雖然在當時的宣傳報道上合作醫療解決了一些農民大病醫療費的問題，但不是普遍現象，其功能主要體現在初級衛生保健方麵。
新型農村合作醫療製度是由政府組織、引導、支持，農民自願參加，個人、集體和政府對資金的多方籌集，以大病統籌為主的農民醫療互助共濟製度。它以縣(市)為單位進行統籌，強調基金籌措以農民自願繳納、集體扶持和政府資助為主，突出大病保障統籌。在經濟發達、人口規模較大的地區，農村合作醫療開始向社會醫療保險的方向發展。新型合作醫療的製度安排和創新表現在以下幾個方麵：
第一，在保障對象上，明確規定要覆蓋到所有農村居民，與傳統合作醫療所表述的覆蓋對象僅為農民有很大區別。將“農民工”和農民子女包括在內。現在人口流動大，包括農村進城務工人員都在內，對解決城鎮職工與農村居民之間的“中間人群”的醫療保障具有重要的現實意義。