此人在大明的功勞本上並沒有留下什麼，但在反對東林那些家夥的曆史上卻寫下了很濃重的一筆。他多次在奏疏中誣陷東林書院與顧憲成，在他的言辭中，不知道曆史的人還以為當時的執政政府是東林書院，而不是萬曆皇帝。自然，顧憲成是他首先衝擊的對象。他說，此人雖然遠在山林，卻能遙控朝廷事務，這種膽量如果再讓其發展下去，有一天不是要造反嗎？
為了徹底地搞臭“東林黨”，他捏造了東林書院的種種罪狀，比如，東林書院在滸墅關附近的小河向來往商船收稅，脅迫滸墅關的官吏以“修書院”的名義向東林書院送銀兩；東林書院的成員到各地講學，動輒一百多人，要縣衙門迎接款待，每次耗費銀子二百兩上下；東林書院的講會“雜以時事”，它的講義刊印出來，涉及地方政治事宜，各地方政府必須照辦。
如果我們對中國曆史有所了解，那麼，我們就會知道，事實往往被中國人所忽略，而有些人渣胡說出來的事情往往被人信任，尤其是在當時。
萬幸的是，萬曆皇帝對這種胡說並沒有如其他皇帝那樣很重視，原因是，他對任何事情都不重視。所以，隻剩下了徐兆瑞在那裏空喊，東林黨毫發無損。可李三才就倒黴了，因為顧憲成的那封信，他已經沒有任何理由入閣。並且，他原來的職位也無法保住，他隻好請求罷職。當他一連向皇上上了十五次辭職的疏章沒有得到回音後，他就不等皇上允許，自動離職卸任，回通州定居去了。
李三才事件拉開了東林黨與反對派的爭鬥，在這件事上，無論後人多麼想為顧憲成辯護，但一條不容質疑的事實卻是，他希望李三才入閣來提高東林書院在朝廷的影響。
雖然，他後來解釋說，自己所寫給葉向高的信的緣由隻不過是出於對李三才的了解與肯定，但在攻擊他的言辭裏，都有這樣一條：李三才本就是東林一夥的。
幾年後，發生了明末三案，直接引起了黨爭。這三案是梃擊案、紅丸案、移宮案。梃擊案我們在前有所介紹，這裏不再贅述。紅丸案發生在泰昌元年（1620年），萬曆皇帝的那位太子朱常洛即位後不久就得了重病，司禮監秉筆兼掌禦藥房太監崔文升進瀉藥，服後病益劇。鴻臚寺丞李可灼就獻上了兩顆紅色的丸子，說是仙方，可長生。朱常洛服後不但沒有永遠不死，卻立即就死了。朝臣群起彈劾崔、李二人，東林黨人立即懷疑是鄭貴妃指使下毒者，而反對派，其實這些人反對的目的就是因為東林黨讚成。爭論一起，大學士方從哲從中調護，事久決不下。最終，兩派誰也沒有取得勝利，朱常洛死後，兒子朱由校即位，撫養他的李選侍堅決居住在乾清宮，以把持朝政。東林黨一夥：都給事中楊漣、禦史左光鬥等聯合大太監王安迫其移宮鸞宮。朱由校正式即位後，此事引起爭論，成為官僚派係鬥爭的內容之一。
東林黨的勢力逐漸擴大，特別是當朱由校登基後，由於是他們的努力。所以皇帝對這些人很是器重。在這樣的情況下，一些失意的政客，善於鑽營的士大夫紛紛投進東林，而且，在這些人信誓旦旦的承諾下，東林也接納了他們。
在後期，東林黨之所以敵不過閹黨，有一部分原因即在此。諸多的政客發現自己所憑借的東林已經不是當初的東林時，他們立即掉轉，把槍口對準了真正的東林黨人。
我們回過來看，當初，萬曆皇帝下令全國開展礦監稅使活動，最先反對的就是東林黨。這並不是說，他們在為天下百姓著想。因為在萬曆皇帝最先派出的礦監時，老百姓的利益並沒有受到影響，而受到影響的是一些富民。那麼，東林黨的人是些什麼人呢？這些人大都是有功名、田地或是資產的中小地主階層。
稅使剛剛成立時，其所征稅的對象也無非是一些開旅店的店主，這些人自然也被稱為富戶。也就是萬曆皇帝侵犯了他們的利益，才使得他們奮起而反對之。
在天啟三年（公元1632年）的京察之中，東林黨人趙南星掌管吏部，力斥反對派官員亓詩教、趙興邦、官應震、吳亮嗣等，議當罷黜。吏科給事中魏應嘉堅決不同意。趙南星可不管，總之，不和自己站在一邊的就是敵人。他寫了《四凶論》攻擊亓詩教等，最終這些人在強大的東林勢力的打擊下被罷黜了。從各種史料來看，趙南星通過這次京察大肆打壓其他派別的人，完全是一種斬草除根的想法。的確，東林官員不與閹黨合作，從而獲得清譽之名。但東林黨人以“清流”、“正人”自詡，對三黨官員心存報複，對政見不合者均斥為“邪人”、“邪黨”，甚至直指為閹黨，卻也是他們的愚蠢之處。這樣造成的結果就是：被東林排斥的官員，便投依閹黨求存。東林執政後反而在朝官中日益孤立，而魏忠賢的閹黨的勢力卻得到了大大的增強。