安童的不被忽必烈支持，讓阿合馬更為急功近利。至元九年（1272）正月，在阿合馬的鼓勵下，忽必烈將尚書省並入中書省，也就是說，原來平章尚書省事的阿合馬，如今又搖身一變而成了中書平章政事。這次兩省合並，表麵上是尚書省並入中書省，實際上使阿合馬得以進一步控製中書省。
由此，阿合馬登上了權力巔峰。他開始了向他人潑髒水的行動。至元十一年（1274）十一月，安童無法見阿合馬擅財賦權，蠹國害民。上奏彈劾阿合馬“凡所用非人，請別加選擇；其營作官殿，夤緣為奸，亦宜詰問”。忽必烈雖然裝腔作勢要嚴懲，但不久後不了了之。阿合馬在第二年七月向安童反擊，他汙蔑安童不理政事，徒行幹擾之能事。安童被忽必烈驅逐出了中書省。
這自然隻是阿合馬栽贓設阱的開始，至元十五年（1278年）四月，中書左丞崔斌上疏指責阿合馬“溺於私愛，一門子弟，並為要官”。忽必烈雖然下旨“並罷黜之”，但卻沒有給阿合馬絲毫懲罰。相反，經過阿合馬的運作，崔斌卻被驅逐出朝廷，到江淮任職。不久後，一年後，阿合馬栽贓崔斌貪汙，被忽必烈處死。至元十七年（1279）六月，阿合馬誣陷江淮行省平章阿裏伯，右丞燕鐵木兒錢穀二人，結果，二人於這年十二月遭到誅殺。
多年以來，阿合馬運用權力始終看不到極限，在忽必烈的支持下，他的臭名遠揚。人在權力的支配下，往往會暈頭轉向。阿合馬開始益肆貪橫，援引奸黨，驟升同列，陰謀交通。當然，他所以能如此橫行，還在於他對異己者的誣殺。洛陽宿衛士秦長卿之死就是典型的一例。
秦長卿是個正直無私的人，多年見阿合馬的飛揚跋扈，貪贓枉法令他做出一個驚人的舉動。他憤然上書忽必烈，揭露阿合馬為政擅權妄殺，並說：“觀其禁絕異議，杜塞忠言，其情似秦趙高，私蓄逾公家資，覬覦非望，其情似漢董卓”，他建立忽必烈“請及未發誅之為便”。
如果說之前的很多臣子對阿合馬進行彈劾而不會引起忽必烈的重視的話，那麼，秦長卿的彈劾書必可以引起忽必烈的重視，因為這裏有一個灌輸給忽必烈“危機”的因素存在。秦長卿可謂是危言聳聽的高手，他把阿合馬說成是秦朝的趙高與漢朝的董卓這兩位逆臣，恰好戳中了惟我獨尊的忽必烈的心。任何一個乾綱獨斷的皇帝都不可能允許這樣的人出現。秦長卿上書不久後，忽必烈派專人審查阿合馬。阿合馬對付這樣的審查自然是胸有成竹。他有錢有勢，可用以行賄，收買人心，又可以仗勢攝人。所以，朝中所有大臣都為他說好話，負責調查他的官員也在報告中稱讚他的忠誠與幹練。
秦長卿的厄運來了。
阿合馬立即展開報複行動。他先是把秦長卿提拔到興和宣德任同知鐵冶事。同知鐵冶事相當於現在的財務和辦公室主任，權力雖然不大，但卻相當實用。阿合馬所以要把秦長卿抬到這個位置上，就是想讓秦長卿有理由接收他潑過來的髒水。果然，不久後，阿合馬就誣秦長卿折閱課額數萬緡。這筆錢到底去了哪裏，曆史資料的缺乏使我們無法得到事實。但有一點毋庸置疑，廉潔的秦長卿不可能貪汙這筆錢。阿合馬的髒水潑出去後，開始動員各種關係，所以，秦長卿入獄後不但沒有出來，連自己的家產也被阿合馬剝奪。
這是當時的人所共知的一大冤案，當時的清明人士皇太子真金對阿合馬製造的這場冤案咬牙切齒。真金太子早就與阿合馬不合，隨著阿合馬的日益放肆，真金太子一黨都想除掉他。阿合馬自然知道自己作惡多端，人人恨不食其肉。所以他平日“極為小心和警惕，常有衛士隨從，其寢處不為人所知”，以防不測，但你若說他提心吊膽卻是臆說，大奸大惡之人都有一個優秀的素質，他們敢作惡，就敢快樂的活著。
至元十七年（1279）十一月，元朝的賢相，同時也是太子真金一黨的丞相廉希憲重病在身，與世長辭前，太子真金遣侍臣問治道。廉希憲其言也善：“臣病雖劇，委之於天。所甚憂者，大奸專柄，群邪蜂附，誤國害民，病之大者。”並建議真金太子：“殿下宜開聖意，急為屏除，不然，日以沈瘤，不可藥矣。”無疑，這段話是希望太子在登基前應該迅速把阿合馬除掉。