1927年，南京國民政府正式成立，中國完成了形式上的統一。蔣介石深知這樣的統一仍然無法徹底消除地方割據，為了加強對全國的控製，必須在意識形態內強化國民黨的領導權，灌輸民眾絕對服從國民政府領導的意識。承擔國民思想啟蒙重任的教育，就這樣成為這次政治意識形態強化的首要目標。
這一年的7月，國民政府在廣州舉行的中央教育行政大會上通過決議，要求全國所有大、中、小學的教職工和學生全部加入國民黨，另外，規定在縣級教育管理上，由督學兼任縣黨部組織部官員，負責直接宣傳國民黨的綱領，以灌輸對國民黨的絕對服從、打壓革命進步思想為主旨的黨化教育。此項決議如同一把緊箍咒，死死地套在廣東各級學校的師生頭上。
國民政府在全國教育領域強製推行“黨化教育”的主張，早在國民黨建立廣東政權之後，就開始在教育領域積極貫徹，灌輸國民黨專製統治思想。1923年，孫中山在廣州建立大元帥府之後，立刻任命親密戰友鄒魯整頓廣州的教育，他鄭重地對鄒魯說：現在廣東的教育不但瀕於破產，而且未能接受本黨主義，還是你出來擔任改進罷。隨後，鄒魯被任命籌辦廣東大學，孫中山對鄒魯的交代也非常清楚：使廣東整個高等教育能在黨的指導之下，免人滲入。
由於1927年之前的國民黨缺少對全國的控製力，其黨化教育思想隻集中在廣東地區，引起學界對黨化教育反對的聲音主要在廣東。當時的廣東大學就爆發了兩次著名的反對黨化教育的鬥爭。
先是1925年，廣東大學資深校長鄒魯遭到排擠出走，汪精衛在廣大大學內部肆無忌憚地推行黨化專製，引發廣大師生的強烈憤慨，文科學長陳鍾凡、法科學長程天固連同著名學者馮友蘭、周佛海等人集體辭職，此次事件被認為是民國曆史上教授們對黨化教育的第一次集體反抗。
黨化教育並沒有因為此次教授集體辭職得到緩解，相反，1926年廣東大學反對黨化教育鬥爭已經到了武力械鬥的混亂地步。當時學校的右派組織孫文主義學會每與其他組織發生爭執就直接拿棍子打人，由於棍子的英文stick廣州話稱為“士的”或“樹的”，這一組織當時被稱為“士的黨”或“樹的黨”。法科學生沈鴻慈是“士的黨”的一個重要頭目，他曾在《醒獅》報上瘋狂地叫囂：“高舉‘士的’的廣東大學打遍廣州，打遍全國！”此時的廣東和廣東大學在黨化教育灌輸下，已經成為隨時都要爆炸的火藥桶。
僅僅在這一年的4月份，“士的黨”就和廣東省學聯代表大會的代表、廣東大學預科選舉學生會中樞委員，多次大打出手。在如此混亂的情況下，接替陳鍾凡文科學長職位的郭沫若也被卷入派係鬥爭，乃至引發文科60名教師中的26人集體罷課，最終以15名教師辭職離開結束。這是廣東大學易名為中山大學之前的第二次反對黨化教育運動。
作為國民革命早期發源地的廣州，在這次黨化教育運動中顯示了積極支持的姿態。1926年8月，廣東大學正式改名為國立中山大學之後，蔣介石親自委培保守派戴季陶出任中山大學校長。戴季陶接任中山大學以後，采取極其嚴厲的政策強製強化黨化教育，致力於把當時的國立中山大學教育學研究所打造成為黨化教育的基地，由此奠定了此後三民主義教育的“徹底信仰者”。戴季陶主持中山大學期間，宣稱中山大學為中央最高學府，亟應實施純粹之黨化教育，養成革命之前驅，以樹建設之基礎。為了推行黨化教育，戴季陶對中山大學全體師生進行了徹底清洗，力圖鏟除所有激進和有革命思想的師生。全校2000多名師生中，最終隻有200多人得以留下，其餘人員全部清理出校。
戴季陶以鐵血政策在中山大學推行黨化教育，讓廣東和中山大學成為黨化教育的大本營。但是，隨著國民黨形式上統一全國，黨化教育麵臨著向全國推廣的問題，反對黨化教育的呼聲越來越高漲，越來越多的學界人士對赤裸裸的黨化教育提出批評和反對。在這種情況下，中山大學強製推行黨化教育的模式顯然不切實際。
1927年10月，著名學者胡適就直接寫信給當時主管教育工作的蔡元培，對黨化教育表示了堅決反對。10年之後，在蔣介石親自主持召開的廬山會議上，胡適依然強烈反對黨化教育對教育自主的粗暴幹涉。麵對蔣介石，他毫不客氣地批評黨化教育對中小學生健康思想的嚴重毒害，要求國民黨的勢力不得入侵學校，號召“教育應該要獨立”。胡適對國民政府教育政策的公然“唱反調”，曾讓蔣介石窘迫尷尬而惱火萬分。
胡適的反戈一擊，讓國民政府意識到簡單粗暴地推行黨化教育，在未來必定還會麵臨更多的麻煩和反抗，如何改變策略瞞天過海推行黨化教育，而又不引起民眾反感，成為國民政府急需解決的難題。為此，1928年5月，在第一次全國教育會議上，國民政府確定了以後中華民國的教育宗旨就是“三民主義的教育”，以此代替原來專製思想過於赤裸暴露的“黨化教育”。
三民主義本是孫中山先生受到美國總統林肯的“民有、民治、民享”的啟發，根據中國現實而提出的“民族、民權、民生”的理論綱領。1905年，孫中山在《民報》上正式發表了“民族獨立、民權自由、民生幸福”的三民主義理論。此後，三民主義成為孫中山領導國內革命鬥爭的理論綱領。就當時國內社會矛盾現狀而言，孫中山的三民主義理論綱領是具有進步意義的。1924年，孫中山又提出了“聯俄、聯共、扶助農工”的主張，為三民主義注入了時代內涵，更加完善了三民主義理論綱領。
1927年，國民政府遷都南京，一直作為民國立國建國的理論綱領和政治綱領的三民主義，被蔣介石作為放之四海而皆準的真理運用於教育。蔣介石宣稱，中國要在20世紀的世界謀生存，沒有第二個合適的主義，隻有依照孫中山的三民主義，用三民主義來做一個中心思想，強調不僅要從政治上實現三民主義，還要以三民主義作為教育的宗旨，而且，隻有實現了教育上的三民主義，才能最終實現政治上的三民主義。第二年的全國教育會議通過了《中華民國教育宗旨說明書》，專門解釋了“三民主義的教育”就是各級行政機關的設施、各種教育機關的設備和各種教學科目都是以實現三民主義為目的的教育。
1929年3月，國民黨召開了第三次全國代表大會，會議通過了《確定教育宗旨及其實施方針案》，文件規定了全國各級學校均要實行三民主義教育，根據“總理遺教”，培養青少年“忠孝仁愛信義和平”之道德，要求中等及以上大學，必須進行相應的軍事訓練，培養強健之體魄。這意味著國民政府的黨化教育已經不再滿足於政治層麵上的黨義教育，還從思想道德、軍事訓練等其他方麵全麵展開黨化教育。一個月之後，國民政府正式發布通令，宣稱：“中華民國之教育，根據三民主義，以充實人民生活、扶植社會生存、發展國民生計、延續民族生命為目的，務期民族獨立、民權普遍、民生發展，以促進世界大同。”
此後，國民政府迫不及待地推行三民主義教育。1929年7月，從黨化教育的立場出發，國民政府頒布了《大學組織法》，這個法令摧毀了在中國已經形成的教授治校體製，就連北京大學也改行“校長治校”的方針，用行政領導占多數的校務會議取代評議會。現代大學精神的發育從而失去了體製基礎。
1930年，國民黨政府通過了“實施三民主義鄉村教育案”，把三民主義教育從城市推廣到鄉村，擴大黨化教育對鄉村教育的控製力和影響力，完成了對中國教育領域從城市到鄉村的地理空間上的全麵布控。第二年，頒布了《三民主義教育實施原則》，從目標、課程、訓育、設備等方麵對各級學校的“黨化教育”作了具體規定，完成了教育體係內部從表層到深層的全麵布控。
但是，國民政府推行的三民主義教育，並非孫中山真正意義上的三民主義理論綱領，不過是給此前臭名昭著的黨化教育披上了一件三民主義的合法外衣而已，其本質就是利用儒學、托古改製的文化複古潮流，以實現獨裁的政治目的，雖然與孫中山倡導的三民主義教育有著部分的關聯，但是卻有明顯的質的變化。這一點，在目前的教育界已經成為基本共識。當時擔任教育部長的朱家驊談論三民主義教育之時，毫不掩飾地道出了三民主義教育實乃黨化教育的本質：
我們要把我們的黨義，溶化在教育的核心裏，因為教育是能管教人生，指導人生，是幫助人生生活唯一的利器，倘若我們把我們黨義，和這個惟一利器的教育，並合為一個東西，那麼我們的黨義，一定是不脛而走，不推自行了。
這種把黨化教育溶化到三民主義教育之中的換湯不換藥的做法，倒是給國民黨政府推行黨化教育帶來了巨大便利，至少在具體落實過程中遭遇的阻力和摩擦，較之此前褊狹的黨化教育之名少了許多。因為三民主義比黨化教育更突出了革命的合法性，黨化教育的專製非常容易激起進步師生的反感，而三民主義的革命精神卻很具有權威性，既然要實現三民主義，必然要聽從國民黨的指揮，聽從國民黨指揮的就是革命；不服從國民黨指揮的，就是不革命，甚至是反革命。如此一來，國民政府的黨化教育就以三民主義的形式，成為一股席卷全國的狂潮，試圖通過灌輸國民黨黨義、封建道德和軍事訓練等手段，強化國民對國民黨的絕對服從。
1929年，國民政府為了便於黨化教育的管理和實施，在全國各省恢複教育廳製度，省內各級學校的黨化教育全部由教育廳專門下屬的處室負責。各級學校在具體實施上，一般開設教務處、訓育處和軍事訓練部三個專門教育部門。教務處負責黨義教育，訓育處負責黨化訓育，軍事訓練部負責軍訓。除了三個部門專人負責黨化教育之外，一般學校還有黨義教員若幹人，專門負責對學生進行黨義教育。此時的國民黨政府各級學校，如同被黨義教育嚴密包裹捆綁的一隻隻粽子，他們要把學生變成粽子裏的米粒，經過黨化教育的長時間熏蒸，讓他們反抗的硬度和質感全部消失。
按照國民政府黨化教育的辦法，各級學校均開設黨義課，要求每周的授課時間不少於2小時。當時的河北省，全省各級學校全部開設了黨義課，江西的所有小學也開設了三民主義課。雖然大學和小學在講授的內容上不盡相同，但是都是以赤裸裸灌輸國民黨的黨義為主旨。與之相配合，學校增加了黨義考試內容，黨義科目為學校必修課，中小學如此，連大學也必須遵照實行。當時國內最著名的兩大高校——北京大學和清華大學，均規定黨義為入學考試的必考科目或畢業的必要條件。另外，政府還加強了對教科書的審查，所有涉及黨義內容的教科書，必須接受國民政府嚴格的審查。對於編寫不合格的教科書不僅沒收和撕毀，而且對負責人進行嚴厲的處分。國民政府借助嚴密的審查製度和幹涉教育權力，對進步師生的共產主義宣傳嚴厲打擊，在教育領域建立了一道嚴密防範共產黨發展的監控網絡。
令國民政府惱火的是，費盡心機搞的黨義教育效果並不理想，相反，長期單調而機械的黨義教育，不僅引發了學生們強烈的抵觸情緒，而且最後連教育界的人士也看不下去。一度擔任清華大學教務長的潘光旦就對國民政府處處幹涉大學教育極其反感，他說自己最感覺痛苦的一點是，教育行政當局什麼都要過問，而學校行政黨軍什麼都要填報，並且動不動就要駁回，要再報。在他看來，這樣的行政幹預根本就是一個錯誤。
1932年，曾任北京大學教授、教育部司長的任鴻雋的批評，反映了當時教育界進步人士對黨化教育普遍的焦慮：
老實說來，教八九歲的小孩們，去念那些什麼“帝國主義”“不平等條約”“關稅自由”的教課文字，不但不能得他們的理解，簡直於小孩們心靈的發展有重大的妨害。
迫於強大的質疑和批評壓力，第二年，國民政府取消了各級學校均開設黨義課的規定。不過，這並沒有取消黨義教育，而是照搬了黨化教育變身三民主義教育的策略，把黨義教育融合到國文、曆史、地理等其他科目中，變相地繼續對“小孩們的心靈”進行摧殘。
其實，國民政府妨害“小孩們的心靈”的黨化教育遠不止於任鴻雋批評的黨義教育。為了配合政治信仰、思想道德層麵的黨化教育，國民政府還專門從軍事訓練層麵上加強對孩子們心靈的牽製。1929年之前，國民政府強調軍事體育訓練的重要性在於強健體魄，培養紀律遵從，激勵為國家風險之精神，規定參加軍訓的學生隻限於高級中學以上的學校，且隻限於學校男生。在1928年7月，國民政府發布了《高級中等以上學校軍事教育方案》，就是對學生軍事訓練教育的具體規定。
1929年之後，國際政治形勢突變，特別是1931年“九一八”事變爆發，國民政府的軍訓性質發生了巨大的轉變。此前較之黨義教育、道德教育一直唱配角的軍訓教育，因為抗日救國的現實形勢而凸顯其重要地位，參加軍訓的學生也呈現了低齡化特點。國民政府把初中和小學也納入為軍事訓練的對象，少年和兒童成了黨化教育的對象。為此，國民政府在初中專門開設了童子軍課程，小學生年滿12歲就加入童子軍。這一舉措把中國無數天真幼稚的孩童裹挾進了黨化教育的渾水之中。
針對童子軍的軍訓宗旨也開始從體格鍛煉轉移到精神奴化的層麵上來。1933年發布的《中國童子軍總章》規定，童子軍要奉行三件事情：一是勵行忠孝仁愛、信義和平，成為中華民國忠誠之國民；二是隨時隨地扶助他人服務公眾；三是力求自己智識道德體格之健全。不難看出，強健體魄並非軍訓的第一要旨，最重要的是培養少年兒童的封建道德，使其絕對服從國民黨的領導。此時學校軍訓的領導權已經被反共的特務組織“藍衣社”（或稱“複興社”）所控製，這一反動組織在對少年兒童的軍訓管理上，赤裸裸地宣稱重點就是“精神教育”、“精神講話”、“絕對服從”。就這樣，許多年幼無知的孩子，經過國民政府黨化教育的洗腦之後，如同被注射了雞血，亢奮激昂，蠢蠢欲動。