非常具有諷刺意味的是，1902年和1904年兩個學製親手培養了自己的“掘墓人”。早在兩個學製頒布之前，國內就掀起一股留學日本的熱潮，癸卯學製並沒有廢除科舉製度，規定對從高等小學堂直至通儒院的畢業生，按照等級獎勵進士、舉人等出身，並授予官職。而這一獎勵出身製度同樣適用於留學生，由此更加刺激了留學的熱潮，留日學生數最多的一年竟然有一萬多人。其中1905—1906年是留日學生的高潮，從1905年至1911年，中國僅留日學生總數即已達到38307人，這其中有清政府選拔出來公費資助的學生，也有去考察鍍金的封疆大吏，他們紛紛登上東渡日本的輪船，奔赴東瀛學習。由於留學日本和歐美的學生過多，清政府不得不下令整頓混亂的出國留學問題，乃至到了1906年，清政府規定隻有中學堂以上的畢業生才有資格出國留學。
民國第一任教育總長蔡元培的副手景耀月，就曾在1904年奔赴日本留學，並於1912年被任命為教育次長。民國第二任教育總長範源濂、第五任教育總長董鴻禕都曾留學日本，而第三任教育總長劉冠雄、第四任教育總長陳振先則都有留學歐美經曆。壬子癸卯學製的完成恰恰是在上述五位教育總長任職期間。在辛亥革命前後，已經有一批日本留學生歸國，而他們中的相當一部分人直接參加了1912年學製的製定，而出席臨時教育會議的代表中，赴日本考察或留學的人員就有16人，由此不難解釋民國新學製為什麼效仿日本和歐美了。
清政府讓學生留洋的初衷，是為了讓他們學習日本和歐美等國的先進技術，期待他們回來參與大清政府的建設，抵禦外侮，鎮壓內變，以圖天朝大國萬世永存。不承想，這批在國外長了見識的學生們，經曆歐風日雨新知識的滌蕩，對清政府的腐敗更加絕望，他們紛紛組建革命團體，成為要求國內變革的主力軍，東京則成為留學生在國外號召革命的中心。1906年，梁啟超在給康有為的信中說：“革命黨現在東京占極大之勢力，萬餘學生從之過半。”而這些清政府親手培養的留學生，回國之後的第一件事情就是要革掉政府大員們的辮子，廢除封建教育製度。
1912年4月22日，範源濂和魯迅分別收到民國教育部發來的電報，電文是由民國教育總長蔡元培發來的：“昨日國務院成立，教育部亟須組織，請即日北來，為盼。”
第二日，上海《民立報》特意刊發了這條電文，並且特意加上大字標題：教育部求賢若渴。蔡元培渴求賢才，完全撇開個人偏見和黨派的立場，這裏麵有留學歸國的人員，有地方知名人士，也有晚清教育界的名流。雖然這些人資曆不同、政見各異，但是，在蔡元培“能者在職”的用人思想指導下，迅速凝結成了一個富有學識、熱情能幹的教育行政班子，正是這些人完成了民國成立之後的教育學製的製定工作。
蔡元培曾在聘請蔣維喬與自己組閣教育部的時候，問他這樣的問題：現在天下紛亂，還沒有統一，應該如何著手開展教育工作？蔣維喬回答道：推翻了帝王之製，成立中華民國，是一個嶄新的開始，清朝的學製一直被天下人所詬病，所以前清學製不再適用於民國了，我們不如先草擬民國新學製，向全國頒發。蔣氏所言得到蔡元培極力認同。就這樣，一場針對民國教育學製積弊的教育法規悄然醞釀成熟，它裹挾著破除封建陳舊僵化體製的驚濤駭浪，在全國卷起一場前所未有的聲勢。蔡元培出任教育總長之後整飭教育的首要工作，正式拉開序幕。關於《壬子癸卯學製》，蔣維喬後來回憶說，當時教育部的重要工作，就在草擬新學製上。召集東洋西歐的留學生，各就所長，分別撰擬小學、中學、大學規程，每日辦公六小時，絕似書局之編輯所。計臨時政府三個月，而教育部之學製草案，也在這段時間內大功告成。時間之緊張，辦事效率之高效，實屬罕見。
1912年1月19日，蔡元培就任民國第一任教育總長僅僅半個月，由他主持的教育部第一次正式向全國通令頒布了《普通教育暫行辦法》和《普通教育暫行課程標準》。新頒布的《普通教育暫行辦法》總計14條，被教育界稱為“民國教育史的開場白”。
民國教育史上的第一部普通教育通令出爐的速度，令人咋舌，難免引來後人對其製定倉促草率的質疑。事實上，這種質疑和批評聲音忽視了民國第一任教育總長蔡元培先生傑出的統籌能力。這一法規是蔣維喬早在去南京之前，就由他主持，與商務印書館編譯所的同事們一起草擬的法規，不僅在時間上搶先一步，而且參與製定法規的人員專業素質、水平能力都是當時國內同行業中首屈一指的。
1912年5月，北京教育部在上述暫行辦法的基礎上，又改定普通教育辦法9條，並且通告全國。7月，蔡元培主持召開了自稱為“全國教育改革的起點”的第一次民國臨時教育會議，蔡元培在發言詞中，一針見血地指出封建君主時代“利己主義”的教育本質：
君主時代之教育，不外利己主義。君主或少數人結合之政府，以其利己主義為目的物，乃揣摩國民之利己心，以一種方法投合之，引以遷就於君主或政府之主義，如前清時代，承科舉餘習，獎勵出身，為驅誘學生之計，而其目的，在使受教育者皆富於服從心，保守心，易受政府駕馭。現在此種主義已不合用，須立於國民之地位，而體驗其在世界、在社會有何等責任，應受何種教育。
這次大會對民國的教育方針展開了討論，同意了蔡元培關於教育要體現人的智德體美和諧發展的思想。會議決定重新修訂學製，為共和民國製定學校係統。
9月，教育部正式頒布《學校係統令》，這就是著名的“壬子學製”。從這一年的9月到1913年的8月，在不足一年的時間裏，民國教育部陸續公布了一係列教育法令、法規，包括《小學校令》、《中學校令》、《大學令》、《專門學校令》、《實業學校令》、《小學校教則及課堂表》、《中學校施行規則》、《師範學校規程》、《高等師範學校規程》、《公私立專門學校規程》、《大學規程》、《私立大學規程》、《實業學校規程》，等等。這次從壬子年延續到癸醜年的教育學製改革，就是民國曆史上教育學製的開篇——壬子癸醜學製。
與晚清的壬寅、癸卯學製相比，我們會對1912年的壬子癸醜學製唏噓感慨，感慨被奉行幾千年的“忠君、尊孔、尚公、尚武、尚實”為宗旨的封建教育，第一次從神壇跌落塵埃，取而代之的是資產階級民主共和國的教育宗旨，即注重道德教育，以實利教育、軍國民教育輔之，更以美感教育完成其道德。9月2日，這一教育宗旨正式向全國公布實施。
在新的教育宗旨引領之下，民國教育學製向壬寅、癸卯學製中殘留的封建教育毒素發動了猛烈進攻，晚清時代的科舉教育痕跡以及各種不科學的教育方式，遭到前所未有的衝擊和清洗。例如，清末各項學堂均改稱學校，監督、堂長一律改稱校長；各種教科書務合乎共和民國宗旨，禁用清學部頒布之教科書；小學讀經科一律廢止；清末各學堂獎勵出身製度一律廢止。學科設置也趨向於實用化、科學化。例如，新學製注重小學手工科；高等小學以上，體操科應注重兵式；初等小學算術科自第三學年始應兼課珠算；中學不分文、實科。
按照新學製，民國教育大大減輕了學生在校時間過於拖遝冗長的弊病，中學及初級師範學校修業年限由五年改為四年，初等教育、中等教育和高等教育整個學製的完成隻需要17—18年。也就是說，新學製下，一個孩童從6歲入小學，至23歲或者24歲就可以大學畢業。而在壬寅學製下，一個孩子5歲入蒙學堂，至25歲或26歲方可畢業。在癸卯學製下，一個孩子從7歲入學至通儒院畢業，則需要耗時29—30年，僅中小學就長達13年（蒙學院4年，初等小學5年，高等小學4年）。如此拖遝冗長的學製，既不利於學生的教育成長，也阻礙教育的普及。一個習慣了沒有危機感的安逸生活的民族，突然間被西方教育快速的節奏驚醒，不情願地被裹挾著進入了現代社會。
恩格斯有句名言，在任何社會中，婦女解放的程度是普遍解放的天然尺度。壬子癸醜學製在解放被禁錮了幾千年的中國婦女教育方麵，邁出了重要一步。新學製規定初等小學可以男女同校，由此開啟了中國教育在初等教育階段男女平等的先河。這項內容是民國第一次學製改革重大成就的一個標誌。幾千年來，中國女子教育一直受到封建製度的嚴厲壓製和禁錮，沒有獲得與男子平等的地位，張百熙的壬寅學製沒有解決這個問題，洋務運動領袖之一的張之洞也不可能在他的癸卯學製中解放婦女，相反，他始終念念不忘女子應該在家相夫教子的分內職責：
少年女子，不宜多讀西書，誤學外國習俗，……或受母教，或受保姆之教，令其能識應用之文字，通解家庭應用之書算物理及婦職應盡之道、女工應為之事，足以持家教子而已。故女子之無弊者，惟有家庭教育。
我們當然不能責怪張之洞的封建落後思想。讓一個在封建土壤中生長的帝國大員徹底放棄老祖宗的信條，這無異於抓著自己的頭發離開地球一樣困難。但是，新生的民國政府卻是有機會揪住晚清政府要員們的辮子離開曆史舞台，還給婦女們一個與男人平等的教育機會的。
在這一點上，從民國第一任大總統孫中山到教育部長蔡元培都存在共識。民國初建，孫中山專程到廣東女子師範演講，他大聲疾呼，中國女子雖有二萬萬，惟於教育一道，向來多不注意，故有學問者甚少，推廣女子教育“為最要之事”。在他看來，隻有實施了女子教育，使婦女界知識普及，才可以獲得與男子平等的權利，所謂“女界平權，然後可成此共和民國”。在新學製的影響下，專門的女子中學、女子師範學校、女子高等師範學校等紛紛湧現，即使普通中學、師範學校也都設立了女校，女子教育在當時民國教育中蔚然成風。
田正平先生曾專門對比了民國的壬子癸醜學製和日本學製的異同，發現壬子癸醜學製中的日本教育元素非常明顯。例如，1912年1月19日頒布的《普通教育暫行課程標準》，不僅其中的各級學校設置課程的名稱完全沿用日本的教育用語，例如修身、國文、算術、體操、圖畫、手工、裁縫、唱歌、曆史、地理、數學、博物、理化、外國語、法製、經濟、家政、音樂、習字、農業、工業、商業等，而且，在每周教學時間的分配上，也與明治三十三年（1900）八月二十一日頒布的日本文部省令第14號《新小學令施行規則》中的有關規定極相近。
對於這一現象，蔡元培先生的解釋是，日本學製本身就是效仿歐美列強，經過本土化的改造之後實施的產物，由於日本和中國之間文化傳統上的相似性，效仿日本教育當然比生搬硬套歐美的要更適宜中國。但是，這在當時遭到許多人的詬病，認為所謂的新學製不過是對日本學製的套用而已，並沒有鮮明體現民國政府自身的教育特點。其實，這樣評價過於殘忍。這正如一個剛學走路的孩子，急切地向身邊每一個成人學習走路的姿勢，對此我們會責備這個孩子為什麼不自己創造走路的姿勢嗎？如果我們明白了這個學製是在怎樣混亂的時局下白手起家的，也許就不會這麼苛求壬子癸醜學製的模仿問題了。
1912—1913年的壬子癸醜學製前後曆時18個月，其製定時間之倉促自不待言。而比這個問題還嚴重的，則是時局的極度混亂。就在這18個月中，孫中山和袁世凱兩大政治集團之間的權力博弈、軍事鬥爭幾乎沒有消停過，教育總長一職也成為不同政治集團博弈勝負的風向標，18個月的時間內就先後五易其人：蔡元培、範源濂、劉冠雄、陳振先、董鴻禕，而這五位教育總長任職時間短促真可謂“席不暇暖”，即使第一任、第二任教育總長蔡元培和範源濂相對任職時間較長，也不過6個月而已。如此動蕩不寧的政局，如此頻繁的部門負責人調動，使大家很難坐下來思考一些更深層次的問題，甚至不可能有精力把清理地基的工作做得更深入、更紮實。這就注定了壬子癸醜學製與生俱來就帶著“阿喀琉斯之踵”的缺憾。
其實，上述不過是影響民國新學製的外部因素，對這個學製影響最大的則是製定者自身經驗的不足，尤其是國內教育界大學創辦經驗極度匱乏，因此隻能通過模仿日本和歐美大學教育體製的方式來推進國民高等教育。但是，我們並不應以此歸咎於民國教育部，正如在學製修訂中扮演重要角色的蔣維喬所說的，這不能全歸咎於教育部，“是蓋時代為之，一般人之經驗學識，隻有此程度也”。一句話，當時教育家的經驗水平隻能達到這個程度。既然自己缺少先進的教育經驗，那隻能通過模仿日本和歐美先進教育的方式來促進民國教育發展，這既是不得已而為之的事情，也是當時條件下唯一的出路。
1912年7月14日，蔡元培辭職。慶幸的是，此前蔡元培獨具慧眼相中的教育次長範源濂接任民國教育總長之職，雖然範源濂與蔡元培屬於不同黨派，且教育理念與蔡氏多有分歧，但是，範源濂真正做到了繼任者不詆毀前任者的君子之風。他明確要求教育部工作延續蔡元培教育學製改革之路，將蔡元培未竟之業得以完成，避免了因蔡元培的辭職而使其前期工作付之東流的局麵。1913年民國政府頒布的《壬子癸醜學製》（該學製乃對1912年公布的“壬子學製”進行補充和修改而成）的基本框架一直延續到1922年。
在某種意義上，民國壬子癸卯學製的製定具有秦始皇統一全國度量衡一樣的意義，此前如同軍閥割據一樣的混亂教育現狀得到了統一。經過整飭後的民國教育，在很短的時間內獲得了立竿見影的效果。長期受到國內軍閥混戰影響而被迫停課的許多學校重新恢複正常教學，一些新的學校也紛紛在各地興起。據統計，1905年以前，新式學堂學生人數最多不過258873人，1907年為258873人，1907年達到1024988人，1908年到1909年，每年淨增50萬人，1912年，全國學校數達87272所，學生數達2933387人，與1909年相比，學堂增加近28000所，在校人數增加近130萬人。1
此次教育整飭的最大作用不僅僅在於學堂、人數的增加，還有教育內容質量上的進步。蔡元培整飭教育的基本導向是廢除封建教育，倡導現代民主精神，例如廢止小學讀經科、廢除獎勵出身製度等不科學、不合理的製度，發展國民基本權利義務等道德理念，由此深入人民內心，並且成為民國教育的基本原則而在後來發揮積極的影響。早在教育部頒發《普通教育暫行辦法》的通電中就曾指出：民國既立，清政府之學製，最必須改革者。
1912年7月10日，也就是蔡元培辭職民國教育總長的前三天，他在中華民國成立後第一次中央教育會議上的發言，再次驗證了他這次整飭教育舉措的基本導向：
民國教育與君主時代之教育，其不同之點何在？君主時代之教育方針，不從受教育者本體上著想，用一個人主義或用一部分人主義，利用一種方法，驅使受教育者遷就他人主義。民國教育方針，應從教育者本體上著想，有如何能力，方能盡如何責任；受如何教育，始能具如何能力。