6月1日，盛宣懷來電，請他和劉坤一、張之洞等大員出麵，電奏朝廷剿殺義和團。盛在電報中說，現上意搖擺，如各位疆吏出麵說話，“九重乃可定見”。可李鴻章的回答是，這事恐怕不是外臣“所能匡救”，而且“內意主撫，電奏無益”，拒絕了盛的請求。
當然，他也不是一點態度都不表示。6月10日，總稅務司赫德來電，聲稱京城局勢危險已極，各國必將出兵，中國危亡即在旦夕。他請李鴻章電奏皇太後，務須保全各國使館，宣布廢止仇視洋人條陳。李鴻章便把這個來電，原封不動地照轉上去，隨電隻加了一句：“事關緊急”，不敢不向上報告——雖然沒有明確發表意見，但卻以此婉轉地表達了自己的看法[446]。
此後，形勢急轉直下。6月20日，朝廷對外宣戰。這個荒謬的決定讓人目瞪口呆。此時，遠在廣東的李鴻章再也坐不住了。他很快做出了反應，立即致電盛宣懷，聲稱此乃“亂命”，“粵斷不奉”。也就是說，兩廣堅決不執行。他還要盛宣懷把他的意見轉告劉坤一、張之洞。後來，他又積極參與東南互保，以此對抗朝廷的所謂“亂命”。
此時，李鴻章不能不再表態了。作為一個久經宦海的老臣，他敏感地意識到，一場大劫難即將來臨。
7月9日，聶士成戰死的消息傳來，李鴻章不禁老淚縱橫。戰局的不堪使他憂心忡忡。更讓他痛心的是，淮軍的最後一支隊伍打光了，他重振淮軍的最後一點希望也隨之破滅了。
早在6月15日，朝廷就電令李鴻章要他迅速來京，挽救局麵，此後又接二連三不斷電催。李鴻章雖然口頭上一再表示要遵旨北上，但卻一直磨磨蹭蹭，不願動身。7月15日，朝命下達，授李鴻章為直隸總督兼北洋大臣——此時，距李鴻章被撤職，已經五年有餘了！在將近兩千多個日日夜夜裏，李鴻章曾經無時無刻不在想著重返北洋，再造昔日的輝煌，但如今，這道任命來得卻不是時候。因為等待他的不是鋪滿鮮花的榮耀大道，而是布滿荊棘的坎坷之路。
9月18日，八國聯軍占領北京，兩宮出逃。朝廷在最絕望的時刻，又想到了李鴻章。戊戌變法後，李鴻章的親家楊崇伊曾提出讓李鴻章重返直隸，但卻被擱置不理。這讓李鴻章大感失望。後來他南下廣州，再度出山，依然夢寐以求有朝一日能夠重新返直。然而，眼下時過境遷，麵對這個姍姍來遲的任命，他卻如履薄冰，視作畏途。
一個多月後，李鴻章乘船抵達塘沽，下船後看到前來拱衛他的竟是一隊俄國官兵，心中更覺黯然。要在以往，前來迎接和保護他的一定是他最為信任的淮軍官兵。可是，如今，這支他親手締造的隊伍已經土崩瓦解。如果說兩個多月前，他還抱有一點希望的話，那麼隨著聶士成的戰死，這最後的一點希望也煙消雲散了。
李鴻章心裏充滿了悲哀和痛苦。但更讓他痛苦的是接下來的談判。各國公使照會清政府，要求賠償軍費四億五千萬兩，賠款以三十九年為期償還，年息四厘。李鴻章提出，如此巨款，“中國急切之中恐怕籌不到這麼多錢啊”。
英國公使答：“若由各國掌管財賦，此款尚可籌措。”
李說：“若是這樣，中國就沒有自主權了。”