裕祿之所以要打這個報告，還是想摸摸朝廷的底。一直以來，朝廷的態度模棱兩可，剿撫不定，如今義和團越鬧越大，竟連高級軍官也敢殺了。作為地方大員，如果不聞不問，將來朝廷追究起來，他要擔責，而一味鎮壓，殺人太多，又怕不符合朝廷的意圖，自己同樣吃不了兜著走。
這份報告是5月22日送上去的，25日朝廷便回複了。電諭摘要如下：
查拿首要，解散協從，辦法均是。此事，各處情形不同，遷就適足養奸，操切亦可滋變。該督務當嚴飭，派出文武，相機操縱，勿稍大意。[429]
裕祿接到電旨，看了半天，仍然一頭霧水。從字麵上看，朝廷似乎同意了他的主張，可又說各處情形不同，不能操切，需要“相機操縱”，而這“相機操縱”的背後似乎又充滿了玄機，意味深長。
就在裕祿向朝廷打報告的同時，聶士成按照裕祿的請求，分別派出楊慕時三營、邢長春馬隊趕往出事地點。與此同時，裕祿還令原駐津馬隊一營、原駐高碑店一哨，開往淶、定、涿一帶會同平亂。5月27日，楊慕時率部趕到淶水，四處張貼公示，要求拳民們自行解散。公告中說，大軍奉命平亂，爾等如“各保身家”，乃“國家之福”，如“仍橫肆抗拒，本統領唯以殺伐從事”。
可是，盡管楊慕時來勢洶洶，拳民們根本不買賬。隨著義和團聲勢不斷擴大，直隸地區的拳民如同滾雪球似的，人數越來越多，反抗的情緒也空前高漲。就在楊慕時率部抵達淶水同一天，三萬多拳民擁入涿州，“一時黃巾紅帶者流，城廂內外，蜂屯蟻聚”，城牆上“萬頭攢動，刀矛林立”。除了涿州之外，直隸其他地方的局麵也相繼出現大混亂。不少地方教堂被燒、傳教士和教民被殺，拳民們還拆毀鐵路，拔去電杆，焚毀車站和洋房。蘆保鐵路等多處告急。據一位目擊者記述：“（五月）初二日，由新城前進……見道傍電杆均經拆毀，火車道上煙火蔽天，詢之途人，始知馬家鋪至高保店（按：高碑店）二百餘裏鐵路，自廿九日燒起，火猶未熄”。[430]
義和團的行動引起了洋人的恐慌，各國使節紛紛提出要派兵保護使館和僑民，但遭到清政府的拒絕。此後不久，蘆保鐵路中斷，局勢越發敗壞。總署對此很不滿意，多次電令聶士成專派隊伍，對蘆保、津蘆鐵路“妥為保護”。接到指令後，聶士成便增派兵力，加強對鐵路沿線的巡視和防護。為了確保鐵路的安全，他令楊慕時、邢長春和張連芬各部對破壞鐵路的拳民“迎頭痛擊”，堅決製止。
5月28日，數千拳民聚集到玻璃橋至蘆溝橋一帶，拆毀鐵軌，砍斷電線，並放火焚毀長辛店、蘆溝橋車站、料廠。楊慕時接到報告，立即帶兵趕去。第二天一早來到出事地點，遠遠望去，隻見鐵路兩旁人頭攢動，人聲鼎沸。除了團民之外，還有許多看熱鬧的百姓。楊慕時當即下令驅趕，並鳴槍警告，可全無作用。人們聚集不散，繼續毀壞鐵路。官兵上前驅趕時，你往東趕，他往西跑；你往西趕，他往東跑，如同兒戲一般，且拳民與百姓混雜在一起，難分彼此。不久，有人放起火來。由於天刮北風，火勢順風燒了過來，眼看局麵失控，楊慕時便大開殺戒。官兵們連續三次排槍，拳民和百姓紛紛倒下，一時間死傷多人。
這一事件發生後，楊慕時遭到輿論猛烈抨擊。有人指責他濫殺無辜。朝廷明明有旨，查拿首要，解散協從，可楊慕時不但不分首從，竟連老百姓也不放過。對於這樣的指責，楊慕時不能接受，他在給聶士成的電報中為自己辯解：“外人以為殺百姓，慕時以為殺匪，即令非匪，而與匪相雜而燒鐵道，則亦匪也。”[431]
楊慕時的強硬態度得到了官方的支持，但義和團並沒有被嚇倒，反倒激起了更大的義憤。就在楊慕時下令開槍的第二天，涿州義和團數百人放火焚燒了定興車站和長辛店洋房，並把聶軍左營管帶聶汝康等十數名官兵扣押。楊慕時得知消息，連忙率部趕去，再次大開殺戒，並揚言要將拳匪“剿殺盡淨”，“凡附和之人一並槍擊”。
就在楊慕時大開殺戒之時，聶軍邢長春馬隊和張連芬所部也在鐵路沿線對義和團展開了強力會剿。
從5月底到6月上旬，聶士成的武衛軍多次清剿義和團，雙方發生激戰，義和團遭受重創，但是持續不斷的剿殺並未使破壞行動得到製止，相反愈演愈烈。保定、廊坊、定興以及高碑店、黃村、楊村等地的鐵路先後遭到破壞。6月6日，義和團燒毀落垡車站，京津鐵路中斷。由於事態嚴重，聶士成親自率部前往彈壓。這場清剿行動持續了兩個多小時，團民死傷百餘人。
拳民們並未屈服，三天之後，他們卷土重來。上千人接到傳帖，蜂擁聚集，在落垡一帶繼續拆毀沿線鐵路。恰巧這天，聶士成正陪鐵路總辦大臣張翼巡視鐵路，行至落垡時與拳民們遭遇。憤怒的拳民聽說聶士成來了，立即圍撲上來，向他發起攻擊。聶士成一邊派人保護張翼撤離，一邊下令進行還擊。雙方發生混戰。拳民們奮不顧身，猛撲聶軍。聶軍人少，但卻訓練有素，加上武器精良，頻頻放槍轟擊。團民死傷嚴重。《庚子記事》雲，此戰直隸提督聶士成之兵，“殲匪五百餘人”。《拳民紀聞》亦雲：“聶軍落垡之戰，炮毀匪村五處，斃匪六百餘名，而官兵僅陣亡十二名。”
落垡之戰可能是官軍殺傷拳民最多的一次。義和團由此對聶士成恨之入骨，罵他為聶鬼子。但在聶士成看來，保護鐵路，維護治安，這是遵旨行事，職責所在。然而，讓他不解的是，落垡之戰後，朝廷突然對他傳旨申斥，說他濫施殺戮，“不分良莠，不判首從”，並令他立即率隊返回蘆台。
聶士成感到困惑了。義和團罵他倒也罷了，可朝廷如何也這樣對他呢？就在幾天前，總署不是還來電要他保護好鐵路？裕祿也力主對義和團“厚集兵力”，嚴厲打擊嗎？可現在，怎麼說變就變了呢？