聶士成的猜測沒有錯。1894年2月，朝鮮爆發了大規模的東學黨起義。起義引發自一場蔓延的大饑荒，加之貪官橫征暴斂，激起了民眾的反抗。3月，起義者占領全羅道古阜郡，之後又在白山取得大捷。眼看大勢不妙，朝鮮政府不得不向清政府乞援。李鴻章奏請朝廷後，決定派遣馬步兩千由直隸提督葉誌超統領，聶士成為先鋒，赴朝平叛。
據聶士成回憶說，當時軍情十分緊急，他返回蘆台，幾乎沒有休息，點起九百餘名精壯，立即開拔。6月6日，他拜別親慈，乘火車前往天津接受李鴻章的召見。
自中法戰爭之後，李鴻章一直關注著聶士成。他很喜歡這個來自家鄉的將官。他的話不多，舉止沉穩，忠勇性成。這讓他頗為欣賞。這次派兵前往朝鮮，任務重大，派誰前往，李鴻章顯然做過考慮。直隸提督葉誌超是他的老部下，由他統兵，不成問題。至於先鋒將由誰擔任，他首先想到的是聶士成，並立即電令他結束在東北邊境的勘察工作，從速返回。
聶士成是6日上午趕至天津的。李鴻章的召見前後約一小時。他仔細詢問了聶士成的準備情況，包括兵員、武器裝備等等，並交代他到了朝鮮該如何如何，特別提醒他要注意日本人的動向，不要輕開釁端。
聶士成點頭稱是。臨別前，李鴻章一直把他送到門口，並目送他離去。
告別了李鴻章，聶士成馬不停蹄地乘火車趕至塘沽。這時，營官魏家訓等已率部隊登上輪船。他飛馬趕到碼頭，然後乘小艇出口。其時，大沽各炮台皆升旗鳴炮送行。[393]
當晚七時，部隊開拔了。聶士成部所乘坐的輪船是招商局的“圖南”號，兩天後該船抵達朝鮮。部隊乘早潮在白石浦登陸，隨即進駐牙山縣。
聶軍入朝之初，局勢尚未惡化。據聶士成《東征日記》載，牙山是一座小城，環堵皆山，居民數百家，城內均為茅房，居民峨冠博帶，有上古遺風。聽說中國兵至，皆扶老攜幼往觀。次日，葉誌超率大隊一千一百餘人次第登陸。此時，淮軍兩千餘人全部順利抵達牙山。
為了盡快平息朝鮮起義，不給日本人以出兵的借口，抵達牙山第四日，聶士成便派人前往全州招撫義軍，同時安撫災民。由於戰亂，當時全州一帶災民流離失所，露宿街頭，衣不蔽體，食不果腹，其狀甚慘。聶士成一邊發布安民告示，一邊通過地方官發放銀元，按戶賑濟，並幫助修建廬舍。他還要求部隊嚴明紀律，公買公賣，秋毫無犯。
聶士成治軍一向嚴明。部隊進入朝鮮後，他更是嚴格要求。6月9日，他的部隊抵達朝鮮不久，就趕上連日陰雨。為了不騷擾地方，他下令部隊分紮各山崗。由於帳篷漏雨，不能舉炊，官兵們叫苦不迭。營官魏家訓來向他請示，能不能到老百姓家弄點吃的。聶士成一口拒絕，他說現在是非常時期，老百姓也很困難。
魏家訓說：
“眾有怨言。”
聶士成目光嚴厲，看著他說：
“汝有否？”
魏家訓默然。聶士成沉下臉來，向他重申紀律，嚴禁滋擾地方，違者將受重處。他還廣為布告，說明清軍入朝，是為了“保護藩屬，弁衛商民”，並重申軍令，“購買物件，照給錢文，如有騷擾，或犯別情，軍法從嚴，決不稍輕”。他還公開對朝鮮居民承諾，部隊“如有騷擾，喊稟來營，從重究治”。[394]聶士成說到做到，聶部駐安州時，有勇丁取民間一蔬，聶立令“割耳以徇，全軍肅然”。據史料記載，聶部是入朝清軍中軍紀最好的部隊。
就在聶部進入牙山後不久，朝鮮政府與義軍達成和解，並簽訂了停戰協議。12日，義軍退出全州。不久，李鴻章來電，稱東學黨已退兵，令我入朝軍隊著即整理服裝，訂期內渡；同時李又致電袁世凱，催促日軍一起撤兵。聶士成得到這一消息後，鬆了一口氣，原以為朝鮮危機已經解除，但殊不知，隨後形勢陡轉。不久便傳來中日撤兵談判破裂、日本大舉增兵的消息，朝鮮局勢由此再度緊張起來。當時，聶士成根據自己的觀察和判斷，認為日本以水陸大隊壓韓，據險尋釁，蓄謀已久，而敵眾我寡，地利人和，均於我不利，如戰正好中其詭計。因此，他多次向葉誌超建議，並致電李鴻章，稱“匪亂”已平，我軍應盡快班師，免啟釁端。
據聶士成回憶說，他致電李鴻章的時間是在7月11日晚，第二天李便回電稱，和議未定，著暫駐牙山。24日，李鴻章再次來電，聲稱“和議決裂，速備戰守”。[395]隨即調派江自康仁字營兩千餘人，分乘“愛仁”“飛鯨”“高升”三艘英國商船增援牙山。
聶士成接到李鴻章的電令，已是7月25日。次日便傳來“高升”號被擊沉的噩耗。
朝鮮局勢迅速惡化。