根據1996年3月頒布的《中國共產黨普通高等學校基層組織工作條例》的規定，高校實行黨委領導下的校長負責製。校黨委統一領導學校工作，支持校長按照《中華人民共和國教育法》的規定積極主動、獨立負責地開展工作，保證教學、科研、行政管理等各項任務的完成。
東南大學於1997年10月23日，顧冠群校長上任時，開始實行這個新的領導體製，在這之前，已有10多年是試行校(院)長負責製。1999年6月22日至24日，按照黨委的工作章程，進行了校黨委換屆。在第十一次黨代會上，校黨委負責人進行了新老交替。
新選出的中共東南大學第十一屆委員會黨委書記胡淩雲，47歲;副書記三名:林萍華，44歲;王卓君，41歲;楊樹林，50歲。正、副書記四人，平均年齡不足46歲，比上屆班子年齡下降了10歲。這四位領導中有兩位兼任副校長工作，如王卓君副書記同時兼任分管學生工作的副校長，還負責學校的文科建設;林萍華副書記兼管教學工作，還兼任了材料科學研究院院長;楊樹林副書記兼任校紀委書記。校黨委常委9人，包括校長顧冠群院士、副校長黃衛、昊介一、鄒采榮，組織部長錢勤元。其中分管科研的黨委常委、副校長鄒采榮教授隻有36歲。38歲的黨委常委、常務副校長黃衛教授，因1999年11月被教育部評選為“長江學者”特聘教授，後辭去副校長職務。黨委新班子從總體上體現了年輕、高效、廉潔的特色。
世紀之交的我校新一屆領導集體，可以說是受命於新的危困之際。1999年，國家教育部為在中國建設若幹所世界一流大學和世界先進水平大學的目標，開展了人們稱之為“211工程”的舉措，將3年內每年國民經濟生產總值增幅的一個百分點，用來重點投資幾所高校，促使其盡快跨上國際先進水平。這“211中的十2 ，是清華大學、北京大學，每校各得18億元投資;而“X"，目前是7所大學:複旦大學、上海交通大學、浙江大學、西安交通大學、中國科技大學、南京大學、哈爾濱工業大學，每校各得12億元投資。這十幾億元交給學校，其中一部分可用於提高教職工的薪金收人。沒有進人“2十x工程”對於在《中國大學評價》報告中名列前茅的東南大學來說，不音是一枚巨型炸彈!教師在議論，幹部在議論，校領導集體更是壓力驟增:如何才能留住優秀人才?如何才能穩定東大人的心?東大向何處去?東大的定位在哪裏?1999年9月，清華、北大首先實施了人事分配製度改革，大學教師們依據崗位的不同，可享受9個等級的津貼，每人月收入增幅從300到5000元不等。其餘7校也在1999年底前陸續兌現。這是一場校園的薪金革命!可東南大學這次未能人圍，而近10年在浦口校區的投資建設以及近年為教師所購700多套住房又耗去了學校的積存資金。在這經費危機連同影響學校聲譽地位的困境麵前，東南大學黨委書記胡淩雲提出了“堅定信心，知難而進，努力創建世界一流大學”的目標，顧冠群校長作了“高舉旗幟，艱苦奮鬥，爭創一流”的報告。新一代領導集體力挽狂瀾，凝聚全校人心，並大刀闊斧進行了學校機構改革、人事分配製度改革、後勤社會化改革和產業集團改革。在世紀之交的校內管理機構改革中，由於有近10年校內綜合管理體製改革的良好基礎，因此機關人員精簡的矛盾並不突出，這次減去人員230001999年改革的重點是合並、合署、刪增機構以及精簡中層領導幹部，從原先的38個正處級機構，減為18個;47位正處職幹部，減為18人;高職低聘的中層幹部有41人，占總數的14.03。這無疑也是一次“職位革命”!全校的直屬單位依據對全校的服務職能，從12個減為5個(其中還包括新組建的“現代技術教育中心”):圖書館、檔案館、高教所、學報、信息中心(即“現代技術教育中心)。其餘直屬單位變為有關職能部門的附屬單位，實行獨立核算。改革後的直屬單位、附屬單位不再具有行政級別，其內部專業人員走各自的技術職稱晉升路線，其行政人員定以“科員”、“副主任科員”、“主任科員”等崗位。改革以後，在黨務口，校黨委的職能部門工作人員連同中層領導幹部，一共隻有20多人。在20多個院係黨組織中，對黨員人數相對較少的幾個係，從總支改為直屬支部。這樣，使管理機構更加“少而精”，而且淡化了“官念”，突出了崗位和職責。
在人事分配改革方麵，也是千方百計籌措資金，提高教師收人。1999年底，首先對突出成果的獎勵條例進行兌現，我校有599名在教學、科研上取得優秀成績的教師獲得總額為169.8萬元的獎勵。這599名教師，占了我校在教學、科研第一線工作的教師的近1/2，其中無線電係、生醫係、電子工程係、機械係和計算機係名列單位獲獎總和的前5名。
“疾風知勁草，板蕩識忠臣”，在世紀之交的種種挑戰和機遇麵前，東大新一屆領導集體正奮力帶領全校師生邁上新的高度!