張之洞認為此文“太悖謬，閱者人人驚駭，恐招大禍”，立即電飭湖南巡撫陳寶箴“速告湘省送報之人，此冊千萬勿送”，禁止該期《時務報》在所轄地區發行。
張之洞對汪康年頻頻施壓，要他對《時務報》上的言論嚴加“檢對”。汪康年原係張之洞的幕僚，對張的督責不能無動於衷。1897年11月，梁啟超應黃遵憲等人之邀，赴長沙主講時務學堂（同時兼領《時務報》主筆）。汪康年在梁啟超離滬後，隻好“腰斬”了徐勤在《時務報》上連載的《中國除害議》，對梁啟超寄來的文章也“改正”數處，他還打算請鄭孝胥為總主筆（予梁啟超正主筆之名），並且改變編輯方針，報中“論說”以選登外來稿件為主。汪、梁之間早有芥蒂，汪的行為使矛盾驟然激化。1898年3月，梁啟超致函汪康年聲明決裂，“非兄辭，則弟辭；非弟辭，則兄辭”。汪康年自然不肯辭去，梁啟超也就從此辭去主筆一職，與《時務報》脫離了關係。
“百日維新”期間，康有為上奏朝廷，請將《時務報》改歸官辦，由梁啟超辦理，試圖借官報名義，強收《時務報》。光緒帝下諭：準改《時務報》為官報，派康有為督辦其事。但汪康年拒交報館，並以“商款仍歸商辦”為理由，改《時務報》為《昌言報》，另行出版，隻讓出《時務報》“空名”給康有為的官報。康有為劾汪康年私改報名是違旨非法，張之洞則為汪辯解說：“《時務報》乃汪康年募捐集貲所創辦，未領官款，天下皆知，事同商辦。”“康自辦官報，汪自辦商報，自應另立名目，何得誣為抗旨？”與此同時，梁啟超抓住汪康年在改《時務報》為《昌言報》所刊的啟事中，有“康年於丙申秋創辦《時務報》，延請新會梁卓如孝廉為主筆”等語，發表《創辦時務報原委記》駁之，聲明創辦《時務報》非汪康年一人之功。汪康年據理力爭，撰文相辯。雙方大打筆墨官司，一時沸沸揚揚。未幾，戊戌政變發生，這場爭執乃不了了之。
汪康年由此也看清了康梁辦報“實出於為清帝謀，亦為一身謀”。總的來說，汪康年等輩所辦的《時務報》雖然流產了，然而，畢竟達到了讓“閱者知新法實有利益”的目的，如今思來，“其日新月異之跡”，仍然可尋。仍然讓人耳目一新。