價值和補償低估通過兩種方式對農民工市民化產生影響。一是農地價值低估會降低農民工承包地流轉的願望和收益，從而降低農民工市民化的意願和能力；二是征地補償低降低了農民工從土地征用中獲取的收益，進而降低了農民工市民化的能力。
從第一種方式看，由於多年來，農產品價格偏低、農業生產成本偏高，而且農業稅負過重，各種提留繁多，農地淨收益很低，甚至為負值，再加上農地流轉受到很大限製，所以農地的流轉價格十分低廉，很多農民工選擇無償轉包甚至拋荒的方式，隻有極少數的農民工以很低的價格將農地轉包或租賃給他人。因此，由於農地價值低廉，農民工從農地流轉中獲取的收益相當有限，一方麵降低農民工對承包地流轉的願望，使農民工無法徹底割斷與承包地的聯係，降低農民工市民化的意願；另一方麵降低了農民工從農地流轉中獲取的收益，不利於農民工市民化能力的提高。
從第二種方式看，征地補償低降低了農民工從土地征用中獲取的收益，極大的降低了農民工市民化的能力。征地補償低，主要緣於兩方麵的原因：一是征地補償標準低。被征用土地的補償費根本不能反映土地作為稀缺資源的價值，補償標準的計算是基於農業用途的土地收益，完全沒有考慮土地增值收益權與失地農民和農民工市民化的問題。二是征地補償分配不合理。據調查，在征地補償分配格局中，農民僅得到青苗補償費、勞動安置費等，占整個補償費的5%，集體組織與政府部門分別得到25%和70%。
三、農村土地產權製度改革
農民工與土地的矛盾關係表明：一方麵，農民工正與鄉村社會漸行漸遠，另一方麵，他們又總是徘徊在城市化的大門之外。這無疑形成了城市化的一種悖論：需要農民工進城參與城市建設，但又不能滿足其進城需要；需要提高城市化率，但又無力承載農民工大量進入城市的負擔。歸根結底，就是農民工缺乏在城市立足的經濟基礎。從城市人口增加的角度來看，城市化水平的提高應體現為農業人口進城導致的城市絕對人口的增長。但城市化還有一個內涵提高的問題，即隨著城市化水平的提高，城市人口的生活質量隨之提升。而農民工身在城市卻不能享受城市文明，正是城市化外延和內涵兩種擴張步調不一的真實反映。可見，隻有對當前的農民工與土地之間的矛盾關係進行改革，才能破解中國城市化的困局。其中具有代表性模式有以下幾種：
（一）棗莊模式
2008年9月14日，山東棗莊成立了中國第一家農村土地使用產權交易所，首批為徐莊土地合作社的280戶農民頒發了土地使用產權證。
棗莊市農村土地製度改革由三個部分組成：發放土地使用產權證、建立農村土地使用產權交易市場、發展農村土地合作社。首先，發放土地使用產權證。持證人在產權期限內，可依法使用、經營、流轉、轉讓土地，也可作價、折股作為資本從事股份經營、合作經營或抵押擔保。其次，建立市、區、鄉鎮三級有形的農村土地使用產權交易市場。市建“三農”服務中心，區和鄉鎮分別建立農村土地使用產權交易服務中心和交易服務所，解決市場缺位問題。再次，發展農村土地合作社。在土地確權和建立產權交易市場的基礎上，政府引導農民走合作化經營的道路，農民把土地流轉給土地合作社，形成以土地為紐帶的緊密經濟聯合體。棗莊在改革過程中，為規避農民失地的風險，采取如下措施：一是規定合作社基本成員中農民不低於80%，出資獲得的附加表決權總票數不超過本社成員基本表決權總票數的20%，保障了農民對土地的長期控製權。二是在土地合作社中引入了農業保險機製，政府給予保費補貼，大大降低了合作社土地使用權的抵押風險。三是規定土地合作社隻有最多不超過1/3部分可抵押貸款，土地使用權抵押年限不能超過3年，保證農民不會長期全部失地。
（二）成都模式
成都作為城鄉統籌綜合配套改革試驗區，於2008年率先在全國啟動以“確權頒證”、“還權賦能”為核心的農村產權製度改革。一是“確權頒證”。成都市以實現農村資產資本化和建立健全歸屬清晰、權責明確、保護嚴格、流轉順暢的農村產權製度為目標，在全市範圍內開展農民承包地和宅基地確權頒證工作，進一步明晰了農民承包地、宅基地以及集體建設用地的權屬，從法律上確認和保障了農村集體與農民之間以及村民之間的利益關係，保障了農民權益，為市場配置資源基礎性作用在農村的有效發揮、促進城鄉生產要素自由流動奠定了基礎。二是“還權賦能”。“還權賦能”是成都市農村土地產權製度改革的核心，其中包含著兩個方麵的含義：還權，即不但要把農村集體土地的農戶使用權、經營權還給農民，而且要把由此派生出來的轉讓權也還給農民；賦能，即賦予農民產權以更為全麵和多樣的權能。三是“交易平台建設”。市場是實現產權交易優化資源配置和確保權能得以實現的有效手段和必經之路。成都市在基本完成“確權頒證”工作後，搭建了農村產權交易平台，以促進生產要素在城鄉之間的自由流動和優化配置，帶動土地資產的流動、集聚、資本升值，激活沉睡的農村資源，將農地潛在的土地權益變成現實的資本，變成農民的收入流。