隨著農地流轉市場化進程的深入，農戶兼業對農地流轉的弊端逐漸顯現出來，農戶兼業經營現在已成為進一步推動農地流轉的一塊絆腳石，使土地規模經營難以實行，阻礙了農業現代化的進程。我國農村土地製度把農民的身份權和土地權利捆綁在一起。2003年頒布的《土地承包法》規定，農民進入小城鎮務工或定居，仍保留原土地的承包權，而進入大中城市務工定居，則要放棄原土地的承包權而得不到任何補償。因此，對於進入大中城市務工定居的新生代農民工來說，市民化就意味著要失去土地權利，卻又得不到相應補償，這在一定程度上增加了市民化的機會成本，從而降低了新生代農民工市民化的意願；對於進入小城鎮務工定居的新生代農民工來說，市民化雖然不會失去土地權利，但是，在中國現行土地產權製度安排下，農地流轉的內生機製還不健全、外部的市場環境也不成熟，農地流轉相當困難，大部分新生代農民工隻有將承包地交由家人耕種或拋荒。上述幾種結果要麼提高了市民化的成本（包括機會成本），降低了市民化意願，要麼降低了市民化的能力，從而阻礙了市民化進程。
（五）宅基地流轉受限，農民進城後在農村住宅和宅基地大量閑置浪費
宅基地是農村建設用地的重要組成部分。農村建設用地是指農村用於建設用途的非農業用地，主要包括鄉鎮企業用地、宅基地、鄉鎮公益事業和公共事業用地，宅基地占其總量的70%。由於人口和土地要素流動的嚴格限製，宅基地長期擔負著農村居民基本的生活保障功能。作為農村建設用地主體部分的農村宅基地的閑置，引發了兩個嚴重的宏觀經濟問題。一是土地配置失衡。當前城市化進程中的土地緊缺和農村宅基地閑置並存，土地資源在我國推進工業化和加速城市化的進程中並沒有從統籌城鄉的整體戰略上得到合理的配置。二是資產收益失衡。農村宅基地的閑置導致農民在參與城市化進程中收入結構中財產性收入的匱乏。當前城鄉居民收入差距日益拉大的一個重要根源是城市居民擁有各種財產性收入，而流入城市的農民則缺乏必要的財產性收益。農村宅基地及房產是農村居民最為重要的一項資產。在當前大力推進城市化和農民市民化的過程中，農村宅基地閑置問題如果被忽略，不僅會影響土地資產流動性和配置效率，而且影響宅基地使用者能否獲得合理的財產性收入。由此，我們可以得到如下結論：宅基地的保障功能已經弱化，資產功能正在增強。農民在城市化的推動下，已經逐漸成為城市居民，由職業和身份改變所引發的居住場所也已經發生變化。長期以來農村宅基地作為固定居所的保障功能弱化，其已經不能適應市場經濟條件下職業和身份變更的需要。而進入城市的農民在宅基地保障功能弱化的同時，對宅基地使用權流動性等相應的資產性功能的需求增加了。市場經濟背景下，農民在城市化後，目前所有解決的關鍵問題是宅基地資產形態的貨幣化問題。而長期計劃經濟時期形成的宅基地使用權的凝固化，如同股票等證券資產的非流通性一樣，土地財產權利的凝固化導致城市地價房價攀升的同時，數額巨大的農村宅基地資源不能得到資產變現，農民宅基地的持有成本即機會成本不斷增加，土地使用權人的資產性收益不能得到實現。
（六）土地補償標準過低，農民缺少利益表達權
隨著城鎮化、工業化進程的加速，大量農村集體所有的土地通過土地征用轉變為城市國有土地，從農業部門轉移到非農業部門。農村土地征用範圍和數量不斷擴大，征地製度也在不斷完善。但農民在征地過程中的弱勢地位沒有得到根本改變。從理論上講，征地過程實際上是政府購買農村集體土地所有權的過程，它是一種交易行為，隻有在雙方自願的基礎上形成的交易價格才是合理的，才能實現供求雙方的交易剩餘最大化。由於農民土地產權的不完整，實際上形成一種政府壟斷土地市場的交易價格。農民在土地價格形成中並沒有太多的發言權，隻是壟斷價格的被動接受者。製度缺陷客觀上造成了農民土地財產並沒有得到有效保護，也沒有獲得應當享有的土地增值收益。從實際操作來看，現行的征地製度缺陷主要表現在兩個方麵：（1）公共利益界定的模糊性。由於現行征地範圍既沒有明確的、羅列式的具體規定，也沒有法律明確的機關界定公共利益，所以存在“公共利益”征地被擴大和濫用的現象。在現實的理解和使用中，公共利益成為了一個可以容納任何虛假和貪婪的“筐”：隻要冠之以公共利益之名就可以蠻橫地征地，刻薄地補償。農民在各種“公共利益”麵前，往往缺少話語權。（2）土地征用補償標準不合理。現行的產值倍數法以及正在推廣的征地區片綜合地價法都是政府主導確定補償的具體標準，這些補償標準往往是不合理的。