那幾年攻擊洛克菲勒或整個集團的文章與演說就如同雨點一般不斷地打在他們的頭上，洛克菲勒終於忍無可忍，出麵反駁。有一本叫《國家》的雜誌，出來為洛克菲勒說話並指直塔貝爾的書不符合事實，淨是些誇大的毀謗。隨後，《宇宙》雜誌、《展望》雜誌及《婦女良伴》等都刊登了同情洛克菲勒的文章。
洛克菲勒不受人們歡迎的理由不外以下四點：第一，大家認為他欺壓弱小，如白克斯太太的故事。雖然幾經吹噓，已與事實相去甚遠，但一般人早已根深蒂固地相信洛克菲勒是這等無恥的人物了。
第二，洛克菲勒集團因商業上的關係，缺乏與廣大消費者的直接接觸，他們做生意的厲害手腕往往深植人心，叫人難以諒解。但一般人多半忘了這是當時商場上的普遍情形；一旦競爭鬆懈，企業馬上就有被淘汰的可能。
第三，他被形容為石油企業的暴君，一切不良的後果都推在他個人身上。殊不知他手下多員大將，個個都有自己的個性和待人處事的辦法。他隻是將中之王，怎能將大小罪過都推往他一人身上呢？
第四，大家並不稀罕洛克菲勒所創辦的慈善事業，認為它的慈善基金全部來自“標準石油公司”，目的是為了減少其個人與公司的罪惡感。然而他們並不明白，這位巨子並非今日才開始捐贈，早在他還是個窮小子的時候，就開始用他微薄的薪水捐獻給教會了。
在經年累月的攻擊與兒子的鼓動下，洛克菲勒終於在1905年，挺身而出，公開地為自己辯白，反駁許多偏激或不切實際的報導。他偶爾接受記者的訪問，允許報界刊登他的少數演講稿。在公開的場合，他從來沒有厲聲斥責任何攻擊過他的人，也未曾介入激烈的辯論或做任何憤怒的批評。他這種寬宏大量的風度曾受到《哈當雜誌》的讚揚。
在1906年到1909年之間，洛克菲勒集團遭受到他們創業以來最大的考驗。政府終於收集足夠資料，把炮口對著“標準石油公司”，開始實行掃蕩工作。聯邦政府一聲令下，政府的法律人員立即采取行動，傳訊洛克菲勒及其同仁出庭對質。很快地，政府開列了七大罪狀控告“標準石油公司”及其分布於德克薩斯、明尼蘇達、密蘇裏、田納西、俄亥俄及密西西比的下屬公司。
引導爆發此事的是由羅斯福提出，國會建立的商業管理局於1906年公布的一項報告，詳細地報道了“標準石油公司”運油的實情。這是洛克菲勒集團最害怕發生的事，沒想到政府一麵控告，一麵在報刊發表，給予“標準石油公司”當頭一棒，大大地傷了公司元氣。控訴的罪狀有二：一為指出“標準石油公司”與鐵路公司勾結，暗中減低運費並享受特別待遇；二為指出他們除了回扣之外還正式地享受各種好處。二者均有足夠的證據加以支持，不但使“標準石油公司”亂了手腳，也因而促成了日後的“鐵路法案”。